史料记载，首先得这种病的是庇里尤斯的居民，由于征战的缘故，他们当时只是以为那是伯罗奔尼撒人为了获取他们的土地所使用的阴谋，那只不过是可恶的伯罗奔尼撒人在蓄水池里放了毒药引起的中毒反应。但不久这种想法便被摧毁了，因为这种奇怪的疾病在上城也开始出现了，疾病在不断蔓延，任何防范措施都起不到丝毫效果。这时候，死亡的人数大大增加。阴云、恶臭和尸体使整个雅典城陷入了恐慌。
侥幸从这场可怕的灾难中逃生的人大都承认，那年很特别，没有其他病症，纵然有一些以前患别种疾病的人，结果都染上了这种瘟疫。但是有另外一些人，似乎没有受这种病症侵袭的理由。身体完全健康的人突然开始头部发烧，眼睛变红，发炎，口内从喉中和舌上出血，呼吸不自然，不舒服；其次就是打喷嚏，嗓子变哑，不久之后，胸部痛，接着就是咳嗽，再以后就是肚子痛，呕吐出胆汁，这一切都是很痛苦的。但大部分时间人们并不能呕吐出来，而只是出现干呕症状，并且伴随着强烈的抽筋。抚摸时，身体外部的热度不高，皮肤为红色和土色，表面呈现小脓包和烂疮。身体内部发高热，但体表却没法表现出来，所以即使是穿着最薄的亚麻布，病者也不能忍耐，必须裸体，甚至大部分患者喜欢跳进冷水中，希望借此来达到散热的目的。文献还记载，在雅典城中没有人照顾的病人不得不自己跳进大水桶中，以消除不可抑制的干渴。因为无论喝多少水都是一样，体内的高热灼烧着他们，使之无法安静下来。干渴、高温、疼痛和烦躁让他们陷入困境。当这种疾病达到顶点的时候，病人的身体表现出来的症状不是衰弱，而是惊人的力量，他们似乎可以抵抗所有的痛苦，所以在疾病发生到第七天或第八天的时候，他们还有一些力量；也正是在这个时候，他们多半会因为难以抵抗内部的高热而死亡。但是如果患者度过了这个危险时期没有死亡的话，他们的肠胃也会产生强烈的溃烂和不可控制的大泻，就是在高危期还存在的那点力量也会因此消耗掉，他们的身体急剧衰弱，经过这场折磨，大部分人都会死亡。
这种可怕的疾病首先是从头部开始，进而影响到身体的各个部分，纵使有的患者逃脱了死亡，经过病变的折磨他们的身体也不再健全，而是会长期留下疾病的影子，因为它会影响到包括头面部、生殖器、手指和脚趾等各个身体组织和器官，许多病后复原的人因此丧失了某些器官的功能。他们中，有的病愈后再不具备生殖能力；有的因此而失明；也有一些人，眼看着疾病开始好转却因此丧失了自己的记忆力……
这种疾病的表现症状不是用语言文字所能描写得出的，至于那些痛苦，似乎也不是人所能忍受的。这场可怕的瘟疫和其他疾病最大的差别还在于：虽然有许多死者的尸体被摆放在地上没有埋葬，但食肉的鸟兽不是根本不靠近尸体，就是尝过了尸体的肉之后不久便死亡。因此在很长的一段时间里，这里所有的食肉鸟类基本绝迹了，而在以前，它们是长期和人类生活在一起的。
以上只是关于这场疾病一般情况的描述，但实际上疾病在作用于人体的时候，每个病人所表现出来的现象各有差异。更值得关注的是，在这场瘟疫发生的过程中，不曾发现有任何其他普通疾病在流行，可能是在其他普通疾病发生的时候，最终也被转化成了瘟疫。疾病没有对任何人手下留情，有人可能因为一时疏忽，就被夺走了生命。也有人，虽然经过精心调理也没能逃脱死神的召唤。那些生来就身体强壮的人不见得就比身体衰弱的人更能抵抗这种疾病，强者和弱者同样因这种疾病而死亡，医治和不医治的结果也都是死亡。更可怕的是人们在心理上已经被这种疾病打倒了，他们几乎陷入了绝望，似乎已没有力量抵抗，就这样他们只能选择屈服。而那些看护者，也不约而同地感染了疾病，他们像羊群一样地死亡着。这样死亡的，比因为任何其他原因死亡的都多。因此人们害怕看护患者，也害怕去看望病人，大批的病人因无人照顾而提早死亡。
使得雅典人的情况更加恶劣的一个重要因素是他们把乡村居民迁移到城市里来。对于这些新来到城市的居民而言，在炎热的季节里，住在空气不流通的茅舍中，死亡随时会光顾他们，他们就像苍蝇一样地死亡着。垂死者的身体互相堆积起来，半死的人在街上到处打滚，或者群集于泉水的周围，因为他们想喝水。他们所居住的神庙中，堆满了死难者的尸体，这些人就这样一个个地死掉。
由于瘟疫的缘故，雅典开始出现了空前的违法乱纪行为。人们看见幸运变更得这样迅速、这样突然，有些富有的人忽然死亡，有些过去一文不名的人现在继承了他们的财富。但面对疾病，财富起不了丝毫作用，金子还是留在那里，没有人能真正将它带走，也没有人知道明天的自己会不会成为下一个躺在火堆上的尸体。麻木的人们开始公开地进行一切放纵的行为。他们决定迅速地花掉金钱，以追求快乐，因为金钱和生命都是暂时的。至于所谓荣誉，没有人表示自己愿意遵守它的规则，因为一个人是不是能够活到享受光荣称号的那一天是不确定的。面对可怕的瘟疫，神权和法律都没有了拘束的力量。他们认为敬神和不敬神结果都是一样的，因为他们看见好人和坏人毫无区别地一样死亡。人们开始肆无忌惮地犯罪，因为他们看到没有一个人能够预料自己是否能真正活到受审判和处罚的那一天，在他们心中，瘟疫已经为所有人下了一个更为沉重的判决，前面的路似乎只能看见死亡。疾病摧毁了雅典人最后的心理防线。这座古希腊的文明城邦中呈现出一派令人生畏的景象：一边是尸体，一边是在尸体边上醉生梦死、等待死亡的人……
至于这场可怕的瘟疫最初是怎样产生的，为什么这种病症对于身体会产生如此剧烈的影响等问题，至今仍然是个谜团。之前，雅典人从来没有遇到过那样可怕的疾病，是谁把疾病带到了他们的身边？最终还是要归结到人类的迁徙和战争中来。据修昔底德的记载，这种瘟疫起源于埃塞俄比亚的一些地方，疾病再从那儿传播到埃及和利比亚，以及波斯王国的大部分领土内。
据史料分析，公元前525—公元前404年，古埃及的确被波斯王国所统治，因此和波斯帝国统治范围内的人员往来密切，这样便为疾病自北非向外扩散提供了途径。此外约公元前460年，埃及边境上的利比亚人发动了几乎遍及埃及全境的反波斯国王的暴动，并请求雅典人给予援助。当时雅典的一支拥有200艘舰船的舰队正准备出征塞浦路斯，接到命令后便转而开往埃及，这一场长达六年的远征，也促使瘟疫得以自北非向波斯王国的大部分土地扩散，同时也为瘟疫传播到雅典提供了条件。雅典经历了公元前492—公元前449的希波战争并取得胜利之后，建立起了一个拥有200多个城邦的庞大帝国，军事上的胜利促使其海上贸易日渐繁荣，令雅典本土同远至西亚沿岸、北非等地殖民点的交往更为频繁，而散布其间的其他诸多希腊人城邦或殖民点，在往返交往中构成了瘟疫向希腊本土传播的跳板，从而成就了瘟疫能够首先在雅典著名海港比雷埃夫斯登陆这一事实。瘟疫抵达比雷埃夫斯后，之所以能够很快蔓延开来，同雅典人口的密度、流动性、居住环境以及生活习惯均有关系。
在伯罗奔尼撒战争爆发前夕，大批的乡下人从乡村奔向雅典城，导致雅典城人满为患，有人投寄在亲戚家中，但更多的人不得不在城中搭建简单的茅舍，或是在神殿、庙宇中栖居。本来就拥挤的城市中来了如此多的人，这样恶劣的生活环境更加剧了瘟疫的传播。
雅典人的生活习惯也为这次瘟疫传播起了推波助澜的作用。在雅典城中有着许多泉水池和雨水池，那是些不流动的死水，而且也是炎热季节里雅典人最主要的生活饮水处，但这些水池并没有得到保护，不管是什么人、什么动物都可以在这里取水喝，甚至还可以在水中沐浴。人口的加剧，居住环境的恶化，生活饮水遭到污染，使得这场瘟疫一发不可收拾。
这场可怕的瘟疫夺走了雅典数以万计的生灵，但奇怪的是它的传染好像是有选择性的，因为在伯罗奔尼撒战争中，雅典人曾经多次俘获伯罗奔尼撒人，并把他们押到雅典城中然后交换俘虏，但在修昔底德的记载中却没有看到伯罗奔尼撒人被传染的迹象，而雅典城和雅典较大的邦国中都不断有人被感染，瘟疫在不断扩散。这一次大的瘟疫在雅典城中蔓延了两年，两年的恐慌让整座城陷入了绝境，然而这场瘟疫还没有离开惊恐中的雅典人，公元前427年末的冬天，也就是伯罗奔尼撒战争爆发后的第五年，第二场瘟疫又在雅典开始了。根据修昔底德的记载，这场瘟疫尽管也曾给雅典带来恐慌，但它却不像第一次那样，这场瘟疫很快就结束了，也没有对雅典造成更大的损害。公元前426年底，瘟疫似乎真正地跟雅典人作了告别，从此雅典未再发生过如此大规模的瘟疫。
这场可怕的瘟疫到底是由什么引起的，它为何来也匆匆，去也匆匆。我们没法从修昔底德的记载中寻到更多的根据，关于它的离开更是历史留下来的一个谜团。曾经有很多人对于瘟疫的离去作了自己的猜想。
有一种猜想认为，那是神灵的宽恕。据说在瘟疫刚发生的时候，雅典的市民们便推举了一些代表去爱琴海中的提洛岛请示阿波罗神的旨意，神说，要想遏止瘟疫，得将阿波罗神殿中那个祭坛加大一倍。祭坛是个正立方体。人们对神谕欣然接受，便把祭坛每一边加长了一倍，可是瘟疫依旧在雅典城中蔓延。情急之下，人们忽然想到或许神的意思是要把祭坛的体积增大一倍，于是他们就继续扩大祭坛的体积。可能是太阳神为雅典人的举动所感动，于是驱散了笼罩着他们的瘟疫。但用神来解释瘟疫的退去多少显得有些牵强附会，不能使人信服，另外一种说法倒更可信。
在雅典城中有这样一尊铁铸肖像，上面镌刻着这样一段铭文——“谨以此纪念全城居民的拯救者和恩人”，铁像的主人便是被世人誉为“西方医学奠基人”的希波克拉底，人们相信他就是那个为雅典瘟疫终结作出巨大贡献的伟大医学家。
希波克拉底出生于小亚细亚科斯岛一个医学世家，生活在约公元前460—前377年。自小随父学医，成人后便在希腊半岛、小亚细亚、黑海沿岸和北非等地游历行医。依靠自己的聪明才智、广博见识和日积月累的行医实践，逐步建立了不同于巫术的科学意义上的医疗知识体系。一段流传于民间的诊治雅典瘟疫的传说，就同他的名字紧密联系在一起。传说中讲述说，雅典瘟疫发生不久，希腊北边马其顿国王的御医，甘冒生命危险前往雅典救治。这位御医到了雅典后，一面调查疫情，一面探寻病因，试图找到一种解救的方法。经过四处查访后御医发现，全城只有一种人没有染上可怕的瘟疫，这种人就是每天同火打交道的铁匠。由此他暗自揣测，难不成大火可以阻止瘟疫的肆虐？紧急的疫情不允许他慢条斯理地弄清其中道理，必须尽快行动起来，于是他便让人们在全城各处燃起了火堆。炙热的火焰在阵阵海风中卷动，扬起的浓浓烟雾在城内四处飘散。在火与烟的逼迫下，疫情开始缓解，雅典终于被拯救。这位御医便被认为是希波克拉底。虽然这只是民间传说，但结合后世流传的《希波克拉底格言》就能增加它的可信度，格言中有着这样的话语：“用药治疗不了的疾病，手术刀可以做到；手术刀治疗不了的，火可以治疗；用火治疗不了的，那就一定没治了。”同时在希波克拉底的《流行病》中也有这样一段话可以佐证，他说：“大自然就是医生，大自然会找到自己的办法。雅典瘟疫中那些染病者自愈，似乎正是如此。”由此可见，希波克拉底真有可能是用火帮助雅典人摆脱了瘟疫的困扰，或者不是希波克拉底，仅仅是一个不知名的人利用火的力量解除了雅典的疫情。因为燃烧产生的火和浓烟的确在一定程度上起到了隔绝城区的作用，可能对空气起到一定的消毒作用。
但从现代医学和流行病学的角度来看，雅典瘟疫之所以会停止蔓延并消失，这跟疾病引起的死亡直接导致城区相对空间内人口密度直线降低有很大关系；而且当时雅典正处在战争中，随着战争形势的深入发展，雅典一方出兵远征的频率也自然会增多，这在客观上促使了城区人口向外疏散；在尸体的处理问题上，雅典多采用火化，这一行为直接减少了病体传染源对活着的人群继续传染的概率；就修昔底德的记载来看，在这场可怕的瘟疫当中治愈的人没有再次感染疾病的情况出现，由此可见这些痊愈者自身应该是产生了对抗瘟疫的抗体，活着的这些人自然就形成免疫群体从而切断了瘟疫的传染链……总之这场瘟疫应该是在众多综合因素相互作用下才离开了雅典城的。