1248年，大蒙古国第三任大汗，窝阔台汗的长子贵由去世。大蒙古国的汗位再次空悬。
贵由汗在位不过三年，而他的即位实际便是其母亲乃马真皇后否定窝阔台汗遗愿的产物，因此其在位期间帝国动荡不宁。
贵由其人能力平平，并不被窝阔台汗所看好，本不在继承人的人选之列。窝阔台汗本属意于第三子阔出，但阔出先于窝阔台汗而死，于是窝阔台便将阔出的长子失烈门保养于自己身边，准备立为继承人。然而，窝阔台汗在1241年12月11日暴死，没有来得及公布其为继承人。
窝阔台汗去世后，其正妻木格皇后也随之病死，按照在新大汗确立前由长妻主政的传统，窝阔台汗的第二皇后乃马真皇后主持政务。在这个特殊的时刻，乃马真皇后充分展现了她的聪明，“用巧妙和狡猾的手腕，她控制了一切朝政，并且施给各种小恩小惠，请客送礼，赢得了她的族人的欢心，顺从和愉快地听着她的吩咐和指令，而且接受她的统治”。
在掌控了朝政后，乃马真皇后否定了窝阔台汗生前的决定，也取消了窝阔台汗另一个很有能力的儿子阔端的继承权，将自己的长子贵由推上汗位。
然而，贵由在登上汗位后，没有大的作为，施政紊乱，政出多门，《元史》记载：“诸王及各部又遣使于燕京迤南诸郡，征求货财、弓矢、鞍辔之物，或于西域回鹘索取珠玑，或于海东楼取鹰鹘，驲骑络绎，昼夜不绝，民力益困。然自壬寅以来，法度不一，内外离心，而太宗（窝阔台汗）之政衰矣。”
非但如此，贵由与术赤家族的大家长——术赤的次子拔都关系很恶劣，他的即位遭到术赤家族的抵制，甚至拔都都不出席“库里勒台”。而贵由也是在他率兵西进，意图偷袭拔都的途中蹊跷去世。帝国的局势已经在悬崖边上，稍一倾斜便是分裂。
贵由汗暴死，其母亲乃马真太后又早于他而死，窝阔台家族没有了强有力的大家长。贵由的皇后海迷失虽然宣布摄政掌控了朝政，但非常无能，“大部分时间单独与珊蛮们在一起，沉溺于他们的胡言乱语中而不认真治理国家”，贵由的两个儿子忽察和脑忽则各自为政，和母亲对抗，窝阔台家族一片混乱。
而拖雷家族的大家长唆鲁禾帖尼却在此时“恩赐她的族人和亲属，犒赏军队和百姓，获得了各方面的拥戴，因此使所有人听从她的旨意，并在每人的心灵中种下了感情和恩义”，准备为自己的儿子蒙哥争取大汗汗位了。
当然，仅靠拖雷家族的力量，还不足以抢夺窝阔台家族的继承权。唆鲁禾帖尼向拔都伸出了求援之手。而本就属意于蒙哥的拔都自然要全力以赴，他非常积极地参加了“库里勒台”，不但带了“整个术赤家族”参与投票，还带了三万大军。
在“库里勒台”上，拔都开宗明义：“宗王们之中，只有蒙哥合罕耳闻目睹过成吉思汗的札撒和诏敕，只有立他为合罕，才有利于兀鲁思、军队和我们这些宗王们！”同时，他还拉拢了察合台的孙子哈剌旭烈一起提出应该立蒙哥为汗。这么一来，成吉思汗四子家族中，有三个站在蒙哥一边，窝阔台家族虽然声称“帝位应当是我们的，你怎么能把它给别人呢”，但拔都断然回绝：“既然对此已有成言，就无论如何也不能取消它了。”
于是，蒙哥顺利即位，成为大蒙古国第四任大汗。
蒙哥的即位，标志着大蒙古国的汗统从窝阔台系转移到拖雷系。对于这次改宗，虽然有着武力的护持，也有很多贵族衷心拥护，但也为大蒙古国的最后分裂钉下了最后一颗钉子。
因为，拖雷系夺取汗位，其实是改变了成吉思汗的遗言，在法统上有相当的问题。
在《蒙古秘史》中，有关成吉思汗选定窝阔台为继承人的记载中，当窝阔台已经被确定为将来的大汗后，曾经和父亲成吉思汗有过这么一番对话。
窝阔台说：“如果今后我的子孙中出了尽管裹上草，牛也不吃，裹上油脂，狗也不吃的不肖子孙，出了麋鹿敢在他面前穿越、老鼠敢跟在后面走的无能子孙，那又怎么办？”
成吉思汗的回答是：“窝阔台的子孙中如果出了即便裹上草，牛也不吃，即便裹上油脂，狗也不吃的不肖子孙，难道朕的子孙中连一个好的也不会有吗？”
这番对话，成为日后拖雷家族抢夺汗位的合法性基础。既然圣祖成吉思汗都说，如果窝阔台的子孙中没有成器的，可以从其他子孙中选出大汗，那么在窝阔台家族人才凋零之际，拖雷家族挺身而出，岂不是遵照祖训，顺理成章吗？
不过且慢，如果仅有《蒙古秘史》，这就没什么问题，但把其他史书中的记载和《蒙古秘史》一对照，问题就出来了。
在《史集》中，有多处的记载与《蒙古秘史》不同，尤其在写到蒙哥继承汗位，受到忠于窝阔台家族的札剌亦儿部贵族额勒只带的质疑时，更是直接与《蒙古秘史》完全相反。
看到诸多宗王推举蒙哥为大汗，额勒只带站出来反对，说道：“你们曾全体一致决定并说道：直到那时，只要从窝阔台合罕诸子出来的，哪怕是一块臭肉，如果将它包上草，牛不会吃那草，如果将它涂上油脂，狗不会瞧一眼那油脂，我们仍要接受他为汗，任何其他人都不得登上宝位。为什么你们另搞一套呢？”虽然蒙哥的支持者们对这样的指责不以为意，但也承认额勒只带的话是真实的，忽必烈便回答：“是有过这样的约言……”
也就是说，在窝阔台汗登基之时，各家族宗王所发下的誓言，是永保窝阔台家族的汗位永固的。也就是说，虽然也要有“库里勒台”选举可汗，但候选人只能在窝阔台的子孙中找，成吉思汗其他儿子的子孙并无参选权。
《史集》的作者拉施特是伊朗人，是拖雷之子旭烈兀在伊朗建立的伊儿汗国的宰相，虽然伊儿汗国与元朝休戚与共，但他所效忠的伊儿汗廷并不是大汗之位的直接受益者，因此也就没有为尊者讳而故意篡改历史的必要，所以能够记载下对拖雷家族不利的“证言”。
用这条证据，我们可做如下推理：
首先，额勒只带作为臣子，绝不敢在各宗王面前伪造成吉思汗的遗训，忽必烈更不会承认，因此可以推定，额勒只带的话是真实的。
其次，如果额勒只带所说是真实的，那么《蒙古秘史》中的记载便不真实了，因为如果成吉思汗指出可以由其他家族的子孙来代替窝阔台家族，那么所有宗王在窝阔台登基时所发的誓言便是违背圣祖遗训，这对将成吉思汗视为神明的蒙古人来说是不可想象的。
再次，窝阔台汗即位时，其实力与拖雷相比是处于劣势的，他绝不敢，也没有力量让所有人违背成吉思汗遗训来向自己发誓。
于是，可以得出结论，《蒙古秘史》中成吉思汗指认继承人的记载，是被篡改了的。而篡改者，便是夺取了汗位的蒙哥。
那么，蒙哥汗为什么可以被定为嫌疑人呢？因为《蒙古秘史》的截止年份。
《蒙古秘史》的最后一章，写道：“汇聚一起举行了极为隆重盛大的最高国事会议后，鼠儿年七月……写毕此书。”这个鼠儿年，曾被认为是1240年，也就是窝阔台汗去世前一年。但这一年大蒙古国并无大事发生，拔都的西征大军还远在欧洲，根本不可能召开国事会议。那么，还比较合适的鼠儿年便只有1252年，这一年正是蒙哥登基为汗的年份，在他登基的“库里勒台”结束后，《蒙古秘史》也结束了。为了彰显自己的合法性，蒙哥在记载自己祖父言行的史书中篡改一点内容，并不是什么不可理解的事。
不过，书面的东西可以篡改，可以蒙蔽千百年之后的人，却无法掩得住当时人们的悠悠之口，更无法改变成吉思汗诸子家族从此离心内斗的现实。
蒙哥即位后，处死了海迷失皇后、窝阔台的孙子失列门及其母亲，流放了贵由的儿子忽察和脑忽，更先后处死支持窝阔台家族的重臣勋贵百余人，进行了大蒙古国立国以来从未有过的政治大清洗，这才勉强维持住了政局稳定。然而在七年之后，随着蒙哥的去世，各大家族各自为政，封疆自治，再也没有人能够将庞大的帝国重新统一了。