刘裕在府中为孟昶设了灵堂，整整一夜，都在灵堂内默默致哀。次日一早，有人来报，抚军将军刘毅在门外求见。
朱龄石穿着孝服，陪刘裕守灵，听到刘毅来了，恨得咬牙切齿，“都怪这个刘毅，不听主公的话，贸然出战，结果战败，让那贼人士气大振！要不然，贼人岂敢进逼建康，孟主簿他……也就不用……”朱龄石说着就哭了。
刘裕脸色冷峻，看着孟昶的牌位，对朱龄石说：“别再说了。来人，请抚军将军进来。”
刘毅大声嚷着就来了，“德舆，咱们到底是奉驾北巡，还是出城迎战，你倒是快拿个主意啊！”
刘裕从灵堂出来，看着他，“小点声。”
刘毅才看到有一座灵堂，把声音低了些，仍是抱怨：“谁死了？这么大面子？贼人都快杀到门口了，侍中大人还有心思在这里祭灵？”
刘裕面无表情：“孟昶死了。”
“什么？”刘毅一愣，赶忙闯进灵堂，看到一个棺材和一个牌位，上面写着孟昶的名字。他愣了片刻，也哭了，“前天还见他！怎么好好的就……”
刘毅哭了几声，擦了眼泪，问道：“德舆，逝者已矣，还得担心眼下啊。天师道贼人已快到石头城了，很快就要杀进建康了，咱们是战是走，得有个准主意啊!”
刘裕说：“我都已经安排好了。你跟我来。”
他说罢，便往府门外走。刘毅不知道他要去哪里，便只好跟着他，一直到了宫中。
皇上和琅琊王早就坐立不安，见刘裕来了，不等他行完礼，琅琊王便问是不是要奉驾南巡。
刘裕仍说：“臣以为不可。此时朝野上下恐惧，如果圣驾北巡，则人人自危，顷刻间就会土崩瓦解，再难收拾残局。若容臣一战，或有转机，所以，臣请陛下安坐宫中，看臣破敌。”
皇上有些失望。
琅琊王也说：“侍中大人言之有理，可是，你要把兵都带到石头城，谁来保卫京师啊？若你战败了，建康再无守军，贼人岂不是长驱直入？”
刘裕说：“石头城是建康屏障，在此一战，是为了御敌于国门之外。若臣战胜，则一切安然无恙。若战败，臣必死于战场，绝不生还，那样也可拖延数日，或许就能等到司马休之带兵入京，可保陛下无虞。如果他来不及赶到，臣以必死之心，也能重创贼人，到那时，圣驾再走，也不迟啊。”
皇上听他说的刚烈，也生出几分斗志，“好，侍中以身许国，朕又岂能弃宗庙而走。朕不走了，就在这里等你的捷报。侍中尽管全力一战，结果不必管他，如若不胜……那是天不佑我大晋，非人力可为，也便无可奈何。”
琅琊王见皇上这样说，也说道：“侍中大人要战，须分兵把守诸多要地。现在城中兵少，本王也可上阵，愿听侍中差遣。”
刘裕听他们这么说，心里多少有些安慰，笑道：“多谢王爷体谅。请王爷在御前侍奉，不必亲冒矢石。现在贼众我寡，若分兵守要地，贼人一眼便能看出我军虚实，二来，只要有一处失利，就会军心大乱，处处皆溃。臣以为当聚兵于石头城，全力阻敌。”
皇上准奏，将自己的性命和朝廷的希望寄托在刘裕身上。
刘裕告退出来，便按计划部署，准备带兵去石头城。
临行前，他将孟昶葬在侍中府内，在坟前，抚摸着墓碑，“兄弟，你刚走一天，我就把你埋了。不是不想给你风光大葬，只是我马上要去石头城，万一我回不来，就没人料理你的事了。要是我能回来，我就把你送回京口，给你办上七七四十九天，再把你葬进你家祖坟。要是我回不来，你就辛苦点，自己飘回去吧。我走了。”
刘裕说完，拍了拍孟昶的墓碑，就像是拍他的肩膀。
刘裕转身出了侍中府，在门前上马，吩咐王弘坐镇府中，代自己处理军机事务，吩咐朱龄石保护府内安全，然后便带其他兵将，加上囚徒、民间勇士一千五百人左右，开赴石头城。
一到石头城，刘裕命人立刻修补城池，又修筑堡垒、水栅和外城，然后带众将登上城头，观望敌情。
只见江上徐徐来了十来艘战舰，朝新亭方向驶去，倒没有绵延百里，可能是前锋。
新亭是建康西南要塞，是一座回环险阻的大山，地势高峻，山顶开阔，山上有新建的亭子，便称为新亭山。
此刻建康城中无一兵一卒，刘裕远望那些战舰朝新亭去了，登时一惊。身边诸将都大惊失色。
刘裕强自镇定，打算命人回建康，请御驾秘密出京，来石头城避难。此令刚发出，就见那些战船调转方向，靠往西岸去了。
刘裕悬着的心终于放到肚子里，收回了那道移驾的秘令，指着那些战船，对众人笑道：“天助我也！贼众终是犹豫不进，再无先机，这些人马上就是我们的俘虏了。”
从城头下来，又见刘敬宣等诸将带了北府军一万精兵赶来助战。刘裕信心大振，分派众将沿石头城布防：冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘默屯建阳门外，宁朔将军索邈和朱龄石率俘虏的南燕重甲骑兵二百人，往来警戒。还建了查浦、药园、廷尉三个前沿阵地。
刘裕做好准备，严阵以待，等着贼众到来。
他每天在城头观阵，看着贼人陆续聚集到对岸，不再有船只驶来。对岸集结已毕，舰船绵延百里，都打着“替天行道”的大旗，贼众下船，挤满了江岸，纷纷观望朝廷的军阵。刘裕的将士，刀剑出鞘，满弓搭箭，做好了准备。
就在双方隔江对望的时候，江上忽然风起云涌，大浪排空，继而红日西落，晚霞漫天，一派壮丽景色。夜里，风停了，江水倒映着满天星斗，就像一条星河，缓缓东流，与天相接，让人心旷神怡，仿佛置身银河。
朝廷军队、天师道军队，仿佛都不忍心破坏这美景，度过了宁静的一天。
次日，天一亮，战斗打响。
几艘敌舰缓缓离岸，朝石头城驶来。快到城外水栅时，刘裕下令以硬弩长箭射击，那长箭箭头用混铁制成，巨大无比，敌船中箭便立刻崩坏，船只解体，船上兵将落入水中。敌舰便不敢再向前来。
刘裕又命北府军旧将魏顺之领兵一百多人在南岸一个险要之地埋伏，然后率刘毅、王镇恶等乘船出兵，船上高挂着刘裕的旗号，吸引贼众向他围攻而来。
刘裕亲自去当诱饵，苦战半日，便且战且退，不少贼众被引到埋伏处，伏兵齐出，与贼众交战。贼众人数上万，一百多人的伏兵哪里能敌？魏顺之见一仗下来，手下只剩二十几人，便害怕了，也不管其他人，自己就乘船逃了。数万贼人便从这里过境，直取丹阳郡。
等刘裕率军赶来，已经晚了。众将等他下令追敌，刘裕却擦了一把脸上的血汗：“孟怀玉在丹阳驻守，尚能支持。”他把军队都带回石头城，全体休整，沐浴更衣，饱餐一顿。
然后全军列队，清点人数，已不足两千。
刘裕站在这些将士面前，说：“弟兄们，你们中间有些人是从流民营就跟我的，有些人是北府军的旧部。弟兄们不弃，跟我征战多年，打了不少胜仗，也吃了不少苦头，我刘裕谢谢大家。”刘裕说着，向将士们拱手行礼。
众将士都齐声大呼：“誓死追随刘将军！”
刘裕说：“咱们北府军，自建军以来，就是跟北方胡人打仗，跟天师道妖贼打仗，前些年，咱们转战会稽、建康、永嘉，打得贼人望风而逃，匪首孙恩自尽，卢循是我的手下败将！去年，咱们北伐伪燕，斩获无数，杀了伪燕王公三千人，伪燕王被我们抓到建康砍了人头！你们说，哪一仗，我们怕过？哪一仗，不是大获全胜！”
众将士大喊：“将军威武！”
“弟兄们，现在，卢循和一个叫徐道覆的小贼，趁我们北伐，不在国中，为乱天下，杀害何无忌将军，很快，他们要奔袭建康，危害社稷！你们能坐视不管吗？”
“不能！不能！不能！”
将士们的吼声渐渐平息，刘裕大喊一声，“来人，押上来！”
他一声令下，两个士兵把五花大绑的魏顺之押了上来。
魏顺之跪爬到他身旁，磕头求饶道：“主公，饶命啊，贼兵上万，末将当时只剩了二十多人，实在是挡不住啊。”
刘裕看都不看他，眼睛直视着全军将士，道：“我给你的军令，是要你死守，就算只剩下你一个人，也得给我守着！何况，你还扔下兄弟们，自己逃了！”
魏顺之哭道：“主公，饶命啊，您千不念，万不念，念在当日您从京口起兵诛杀桓玄，末将也鞍前马后地效力了呀！求主公饶命啊！”
刘裕叹了口气，“我能饶你，军法能饶你吗？弟兄们能饶你吗？不要再说了，是条汉子，死也给我站着！”
魏顺之知道自己必死无疑，便忍下泪水，从地上艰难地站了起来，“主公保重，末将先走一步。”
刘裕转过身去，把手一挥，便有人动手，杀了魏顺之。
将士们震动，没人敢不听命。
随后，刘裕拔出宝剑，“弟兄们，成败在此一举，跟我开赴丹阳，全歼贼众！”
丹阳一战，总让刘裕想起了句章，同样是极少的兵力，同样是几十万贼寇，只是句章一战，他可以输，可以战死，而现在，背后就是建康，他非但不能输，不能死，连一步都不能退。
他麾下所有的将士，都知道他们面临的是生死关头，默默地埋葬战友遗体，然后擦掉铠甲兵器上沾满的鲜血，随后追随刘裕，再上战场厮杀。
丹阳的老百姓都被动员起来，拿起锄头扁担，也来助战。
所有人放下了一切分歧，一切杂念，只有一个念头，不能输。
这一战，刘裕绞尽了脑汁，用尽了平生所学，想了一切办法去拖延战局。好在，他从贼寇的行军布阵中，感到卢循和徐道覆的分歧。
战略意图方面，徐道覆大概想绕开丹阳，进军建康，而卢循则一定要消灭刘裕，免除后患。战术方面，丹阳之战，徐道覆想速战速决，卢循则想稳扎稳打。
他们的分歧，给了刘裕一点点喘息之机。然而，数十倍的贼寇，仍给他巨大的压力。刘裕甚至暗暗希望司马休之神兵天降，解除这个困局，哪怕破局之后，休之下一个就会对付他自己。
贼寇最终放弃了围城的念头，发起了猛烈的冲击。
在这最后关头，一切阴谋阳谋都失去了意义，双方只剩下体力和意志的较量，是勇气和责任支持着北府军和丹阳百姓，咬牙坚持。
这一战，刘裕抱着必死之心，付出惨重的代价，终于在丹阳顶住天师道几轮进攻。
卢循和徐道覆久攻不下，乱了心智，慌了手脚，全然忘记了自己的目标本是建康。
最后，诸葛长民率领在京口休整的北府军赶到丹阳，还有一支荆州军前来助阵。卢、徐二人见状，便放弃丹阳，率天师道残兵败将转攻建康，却发现司马休之已带兵入城，完全控制了局面，贼寇已是疲惫之师，不是司马休之的对手，便败退逃向广州去了。
这一仗，朝廷军大获全胜，可刘裕身负重伤，手下的北府军损失惨重，伤亡殆尽。
司马休之几乎没费一兵一卒，尽享渔人之利。