在唐朝，教育体制从总体上分为中央和地方两大类。中央政府直接设立的学校又分为直系和旁系两种，医学教育属旁系范畴，由中书省下辖的太医属直接管辖，而直系学校则由国子监直接管辖；地方政府设立的学校，也分直系和旁系两类，医学亦属旁系，由各府、州设置，直隶于中央，受太医属管辖。这时医学校性质属专科学校。

太医署是全国医疗、医学教育的最高管理机构，分医学和药学两部分，令学生分科学习。

太医署设太医令（从七品下），掌管医疗之法，为太医署的最高行政官吏；丞（从八品下）为其助理，还有医监（从八品下）及医正（从九品下）负责管理教学。

唐代太医署医学部分为医、针、按摩和咒禁四个部门。每个部门都设有博士以教授学生，其下设有助教、师、工等以辅助教学。《唐六典》记载，还有典学一职，专管抄录课业。关于各项分工和具体人数，在《唐六典》、《旧唐书》和《新唐书》中记载不一，总体而言，博士、助教人数较少，且按摩和咒禁科不设助教；师、工人数较多，多者可逾百人。

太医署药学部设有管理药物的府2人，管理文书的史4人，此外还有主药8人、药园师2人、药童24人、掌固4人。

太医署集医学教育、医疗卫生管理和医学研究于一体，这种把医、教、研结合起来的组织形式，对提高教育的质量和效率，促进医学教育和医学科学的发展都是非常有益的。

唐代将全国划分为十道，每道下设州县；塞外则成立六都护府，下设都督府及州。

唐贞观三年（公元629年），在全国各州府设立医学，有医学博士及学生。开元十一年（公元723年），因僻远州郡缺乏医学，便令各州设置职事医学博士1名，阶品与录事相同；各州要求需备本草和《百一集验方》与经史一同贮藏，并置助教以辅导医学。之后，医学管理机构的设置及人员配备有消涨的调整和变化，但基本框架始终未改。需要说明的是，在唐代，官府所设的医务人员毕竟数量很少，这些设置名义上掌管百姓的医疗事务，实际上只是为州府官僚服务；在当时，作为行政基层组织的县并没有设立医学组织的具体规定。

由上述管理体制及机构设置可以看出，唐代从中央到各地州府普遍设立医学管理机构，把正规医学教育推广到全国范围，这是我国医学教育史上的一大进步。

唐代医学分为四科：

又分为五科。体疗科修业年限为七年；疮肿科修业年限为五年；小少科修业年限为五年；耳目口齿科修业年限为四年；角法科修业年限为三年。学生40人。

专习人体经脉、孔穴之道，辨别浮沉涩滑之候，以针灸手术治疗疾病。学生20人。

研究人体各种疾病，应用消息导引之术来治疗疾病；包括体疗、按摩、伤科、整骨等。学生15人。

学习宗教仪式和符咒治病，有时也加上一些民间疗法。学生10人。

此外，在京师还设置药园，药园生学习药物的产地、性状、种类、栽培、采集、贮存和配伍禁忌等知识，目的是培养药园师。

这一时期课程设置的总体框架是共同基础课加临症各科内容，具体设置如下：

共同基础课的主要课程和内容有：《黄帝内经素问》《神农本草经》《针灸甲乙经》《脉经》等。

临症各科课程内容各不相同：针科学生要学《皇帝内经素问》《黄帝针经》《明堂脉诀》；按摩科学生则要在按摩博士和按摩师指导下，学习消息导引的方法，其中包括体疗、按摩、伤科以及和整骨有关的整复和宣导方法等；咒禁科学生，须先禁食荤腥，沐浴斋戒，然后在坊场受法利用宗教仪式和禁咒，加上一些民间疗法解治疾病。

唐代医学教育已经非常重视理论与临床实践相结合。各科学生除学习理论知识外，还需进行临床实习。比如，为了帮助学生学习，盛唐名医孙思邈首创彩色经络穴位图，把“十二经脉，五色作之；奇经八脉，以绿色为之”；唐太医署医官苏敬等20人编纂的药典《新修本草》，采用图文对照的形式，使学生能看图识药，并帮助学生加深记忆和增强理解，该书为我国古代最早由政府颁布的药典，它比纽伦堡政府1542年颁布的药典早了800多年。

唐代太医署的考核制度非常严格，分月考、季考和年考，分别由博士、太医令、太常丞主持。考试成绩突出，医术卓越者，可以提前毕业；反之，学习成绩很差，九年内仍不合格者，则令其退学。及格者（旁系）毕业后，待遇与国子监的毕业生（直系）相同。

此外，不论医师、医正、医工，为人治病时必须记录其治疗效果，以此作为考核的依据之一。

以上可见，唐代医学教育考试制度比较灵活，不同考试方法与考核手段穿插使用，有利于综合评价学生学习能力与学习情况。

太医署及地方医官选取成绩优异的学生，送太常寺，经考试合格者，授予相应官职；太医署在每届年终时亦由太常丞主持总试，选取其中学业技术优良者补授医官。

未入学而先在州县考试及格，再至京师经太常寺考试合格的医生。

除以上两种途径外，如有医术特别优异的人，可由帝王自行选拔，委以官职。

三种途径选拔医师，有利于多渠道培养和发现人才，这对以后中国的医学教育，乃至日本、朝鲜古代医学教育的发展均产生过积极的影响。