自11世纪至13世纪，欧洲许多城市建起大学，截至14世纪，欧洲已有40多所大学。其中，12世纪意大利波伦亚大学、12世纪法国巴黎大学（1180年，也有资料记载为1208年）、13世纪法国蒙彼利埃大学、13世纪（另一说法1168年）英国牛津大学、15世纪（1453年，另一说法1218年）英国剑桥大学等，均于这一时期兴建。

欧洲最早的大学——意大利萨勒诺大学建于公元11世纪，它与意大利帕多瓦大学一起为中世纪欧洲医学科学发展和医学教育进步做出了重大的贡献。

萨勒诺位于那不勒斯半岛以南。萨勒诺大学的最早记载始于公元9世纪，到公元11世纪已建成包括医学在内的综合性大学。

萨勒诺大学医学教育的学制为9年，专习外科者为10年，包括3年预科，5年理论，然后是实习。该校医学教育将古希腊与阿拉伯经典医学知识结合起来，出版了许多医学著作，其教学大纲也曾为其他大学广泛采用。到13世纪，萨勒诺大学已发展成国际性学校，是欧洲医学的中心。

意大利波伦亚大学于1156年开始提供医学课程，主要以阿拉伯医学著作的拉丁文译本为教材，14世纪初开始向学生讲授解剖学，并将其从外科中独立出来。

关于外科学的教学问题，直到12世纪末才将内科医生与外科医生的教育分开，两者都冠以医学的称呼。但是，有两点具体规定，一是牧师不能从事外科，二是外科医生不能在大学中培训，从而导致外科学及外科医生的社会地位很低。在当时，外科被看作是一种通过实践，而不是通过学习书本知识即可学到的技艺。在英国，不论是牛津还是剑桥都不准开设外科方面的课程，外科教学首先在受宗教势力影响较小的意大利大学中逐渐发展起来。在意大利以及欧洲其他一些地区的大学之外，有自己的外科学院，这种外科学院有自己的训练标准，但需接受大学内科医生的领导。

大学的兴起并没有终止修道院医学教育，教会对医学和医学教育的控制还远未结束，“经院哲学”和教条式的灌输仍为大学教育的主要形式，希波克拉底、盖伦、阿维森纳等的权威著作仍然是大学医科学生的基本教材。甚至如果尸解结果与权威著作的描述有所不同，则说死者生长有误；说胫骨是直的，不是弯的，是由于人们穿窄腿裤的结果；说男性肋骨比女性少一根，是因为亚当用一根肋骨创造了夏娃，等等，实在是荒诞至极。