中世纪的欧洲完全处于教会的统治之下，神学渗透到一切部门，医学也由僧侣掌管。因为他们精通拉丁文，只有他们才能讲授一些用拉丁文写成的医学知识。他们替人看病，也为人祈祷，他们认为疾病来自上帝的惩罚，并把治愈与圣迹联系起来，这就是所谓的“修道院医学”或“寺院医学”。

在11世纪欧洲大学出现之前，医生就是在这种具有浓厚神秘色彩的修道院中培养的，医生都是修道士医生（牧师医生）。即使在11世纪欧洲大学兴建之后的很长一段时期，医学教育的宗教色彩仍然十分浓厚。

从修道院图书馆所藏医学著作来看，当时的医学知识均采用问答的方式传授。各种问答式医学著作不仅涉及医学理论方面的知识，也涉及医学实践方面的内容。

修道院医学教育在理论教学方面深受“经院哲学”的影响，反映在教学实践中即是受训者必须死记希波克拉底、盖伦，后来还有阿维森纳等权威著作的教条，以及空洞的理论性注释，反对进行人体解剖。

在实践教学方面，涉及了怎样切脉，怎样从小便诊断疾病，怎样从病理症状认识疾病等。然而，这些实践均来自书面描述，学习医学的人并不完全付诸实践，医生有时甚至不直接看病人，只凭病人家属送来的尿液，指示如何治疗，或凭盖伦研究出来的脉象做出诊断，而治疗则是在教堂内忏悔和祈祷。