影响癫痫的预后因素包括癫痫的自然病史、病因、病情和治疗情况等。由于大多数癫痫患者（尤其在发达国家）在诊断后接受了治疗，有关癫痫自然病程的认识还很少。总体看来，大多数癫痫患者抗癫痫药物治疗的预后较好，约2/3病例可获得长期的发作缓解，其中部分患者可完全停药仍长期无发作。

通常情况下，在出现两次及以上非诱发性癫痫发作时才诊断癫痫，并开始药物治疗。在随诊观察10年和20年时，经治疗的癫痫累积5年发作缓解率分别为58%～65%和70%。在随诊10年时，经治疗的成人癫痫5年发作缓解率为61%。在随诊12～30年时，经治疗的儿童癫痫3～5年发作缓解率为74%～78%。对于儿童期发病的癫痫患者，在随诊30年时，有64%的病例可以达到5年终点无发作，其中74%的患者摆脱了药物。

最主要的影响因素是癫痫的病因。总体上，特发性癫痫要比症状性或隐源性癫痫更容易达到发作缓解。在儿童癫痫中，能找到明确癫痫病因的患者预后差。其他影响癫痫预后的因素有癫痫早期的发作频率、脑电图是否有局灶性慢波或癫痫样放电、是否有全面强直-阵挛发作、首次发作后6个月内出现再次发作的次数。一般认为，起病年龄和性别对预后影响不大。

根据综合征的本身性质和对治疗的反应，癫痫综合征的预后大体上可分为如下四种：

约占20%～30%，属良性癫痫。通常发作稀疏，可以自发缓解，不一定需要药物治疗。这类综合征包括新生儿良性发作、良性部分性癫痫（儿童良性癫痫伴中央颞区棘波/儿童良性枕叶癫痫等）、婴儿良性肌阵挛癫痫以及某些有特殊原因促发的癫痫。

约占30%～40%。癫痫发作很容易用药控制，癫痫也有自发缓解的可能性。这类综合征包括儿童失神癫痫、仅有全面强直-阵挛性发作的癫痫和某些局灶性癫痫等。

约占10%～20%。抗癫痫药物能控制发作，但停药后容易复发。这类综合征包括青少年肌阵挛癫痫、大多数部分性癫痫（隐源性或症状性）。

约占20%。尽管进行了积极的药物治疗，仍有明显的癫痫发作，甚至出现进行性神经精神功能衰退。这类综合征包括各种癫痫性脑病、进行性肌阵挛癫痫和某些症状性或隐源性部分性癫痫。

目前的证据显示，抗癫痫药物治疗通常只能控制发作，似乎不能阻止潜在致痫性（epileptogenesis）的形成和进展。一线抗癫痫药物之间没有明显的疗效差别。如果正确选择一种抗癫痫药物，新诊断癫痫患者的无发作率能达到60%～70%。有研究显示，使用第一种单药治疗后有47%的新诊断癫痫患者能达到无发作，再使用第二种及第三种单药治疗时则仅有13%和1%的患者可达到无发作。如果单药治疗效果不佳，可考虑联合用药。但即使经过积极治疗，新诊断的癫痫患者中有约20%～30%发作最终控制不佳。需注意的是，上述数据主要来自传统抗癫痫药物，新型抗癫痫药物对癫痫长期预后的影响尚缺乏可靠的研究。

一项基于人群的长期研究显示，在停止药物治疗后，癫痫的5年终点缓解率为61%。因此，对于已有2年或2年以上无癫痫发作的患者而言，可以尝试减停药物。在减药过程中或停药后，癫痫复发的风险从12%至66%不等。荟萃分析显示，停药后1年和2年的复发风险分别为25%和29%。在停药后1年和2年时，保持无发作的患者累积比例在儿童中分别是66%～96%和61%～91%，而在成人中则分别是39%～74%和35%～57%，说明成人癫痫要比儿童癫痫的复发率高。复发比例在停药后12个月内最高（尤其是前6个月），随后逐渐下降。

青少年期起病的癫痫、局灶性发作、有潜在的神经系统病变、异常脑电图（儿童）。举例：青少年肌阵挛癫痫、伴外伤后脑软化灶的额叶癫痫。

儿童期起病的癫痫、特发性全面性癫痫、正常脑电图（儿童）。举例：儿童良性癫痫伴中央-颞区棘波、儿童失神癫痫。