废除丞相虽然使得朱元璋一人大权独揽，牢牢地将权力控制在自己手中，满足了他个人强烈的权力欲，但此后六部处理的政务，事无巨细，最后全都汇总到他的手里。有人做过一个统计，废相之后，以洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日为例，8天之间，内外诸司奏札共1660份，合计3291桩事。也就是说，朱元璋每天平均要看200个报告，处理400多件事情。如此繁多的政务，朱元璋即便是精力过人，也仍然会因应接不暇而心力交瘁。尤其是定制、拟旨、批示等都要笔之于书，写成文件，此类的文书工作，更不是一个人所能操持应付的。故而朱元璋也不得不承认：“朕尝思之，人主以一身统御天下，不可无辅臣。”为了解决这一新的难题，洪武十三年（1380年）九月和十五年（1382年）十一月，独裁勤政的朱元璋先后设置了“四辅官”和“殿阁大学士”，让他们襄助侍从，以备顾问，并协助自己批阅奏章，处理政务。殿阁大学士的设立，标志着明代内阁制度的萌发。内阁制度的萌发绝不是偶然的，它是朱元璋要大权独揽而又无法不任用辅臣的必然结果。
自秦始皇统一中国时起，相权便作为皇权的补充而存在着，并且在一定程度上还是皇权的制约机制。尽管历朝历代在皇权与相权的分配上存在一定的差异，但是相权作为皇权的重要制约机制的作用是一直存在的。朱元璋废除丞相制度，使皇权在不受任何制约的条件下运作，标志着专制制度达到了极致。
废除了丞相制，君权与相权之间的矛盾得以基本解决。君权空前膨胀，这对于大明朱氏江山的稳固，自然是极为有利的。在明代将近三百年的历史中，前后在位的皇帝十六名，其中，有好几位是在童年时代便成为九五至尊的，有好几位则多年避居深宫，倦于理事。但尽管如此，君权还是极为牢固，并不曾出现过权倾一朝、觊觎皇位的人物。这自然与丞相制的废除有着莫大的关系。而与君权的空前膨胀相比，阁臣的作为则相形见绌。明代的阁臣绝大多数是由进士而翰林，然后再拜命入阁。这些人的人生道路基本是靠书本铺砌的，一生久在翰苑，舞文弄墨，从总体上看，他们都缺少长袖善舞的政治实践经验。像宣德年间的“三杨”和万历朝张居正那样的权臣，毕竟是凤毛麟角。在张居正当朝的时期，内阁权威曾发展到了顶峰，但这个“震主”的权臣却最终祸发身后，惨遭抄家之祸。其他的内阁辅臣大多庸庸碌碌，只知恪守皇明旧章，而极少勇于任事、敢言直谏者。于是，明代阁辅有许许多多的绰号，如“纸糊三阁老”“万岁阁老”“刘棉花”“伴食中书”“青词阁老”“土木偶”“魏家阁老”“门生宰相”和“清客宰相”等。
朱元璋一方面大力推行中央集权制度，一方面又实行与之相矛盾的政策，分封诸皇子为王，使其“屏藩皇室”。朱元璋实行分封制度的目的，一是在于加强对北方蒙古的防御，一是为了防止朝中奸臣篡夺皇位。朱元璋规定诸王可以“移文取奸臣，举兵清君侧”。虽然为防止诸王跋扈难制，朱元璋又允许以后皇帝在必要时可以下令“削藩”，但分封诸王为后来的皇位之争埋下了祸根。
7.封王建藩，加强皇室力量
在处理“国”和“家”的问题方面，朱元璋算得上是处理得最好的一个。通过封王建藩，朱元璋把“国”和“家”很好地融合在了一起，使“国”变成了“家”，使“家”变成了“国”，“国”和“家”真正变成了一个“国家”。不但巩固和加强了朱氏家族的统治，而且使朱氏家族的统治也演变成了国家的统治。
为了确保朱明王朝千秋万代地统治下去，朱元璋一方面加强君主专制统治，把军政大权牢牢地掌握在皇帝一人手中，另一方面，想方设法加强皇室本身的力量，其具体的办法就是分封诸王。从洪武三年（1370年）开始，他分三次把自己的24个儿子和1个孙子都封为亲王，分驻全国各战略要地，想通过他们来屏藩王室。朱元璋说：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。朕非私其亲，乃遵古先哲王之制，为久安长治之计”。（《明太祖实录》卷五一）群臣对此自然都不敢反对，逢迎朱元璋是“封建诸王，以卫宗社，天下万世之公议”。
元朝有户领分封制度，这种制度实际上是源于蒙古时期对战争中俘获的人口、财产的分配。元代诸王主要是从封地分取赋税收入，并非裂土为王。朱元璋继承元朝旧制而有所损益，明代藩王“列爵而不临民，分藩而不锡土”（《明史稿》列传三，诸王）。诸王虽分封各地，拥有爵位，但藩府之外，没有封地和臣民。由朝廷颁给“宗禄”。除宁王、燕王、晋王拥军防边外，其余诸王只能拥有少数护卫军。在朱元璋看来，分封皇室子孙控驭各地，防止外姓臣僚跋扈，便足以“外卫边陲，内资夹辅”，使国家固若金汤，而长久之计，莫过于此了。
明初封建诸王除了屏藩国家之外，还要对付残存的北元势力。所以，朱元璋赋予了某些藩王带兵统军的大权，分封习兵事的皇子于北边军事要地，皆预军务，习称“塞王”。他们中间的诸如燕王朱棣等人在长期的军事活动中得到应有的锻炼，军事指挥才能日益提高，而政治野心也随之膨胀起来。
朱元璋虽然分封诸王，但是对诸王的要求一直是很严格的，所以，诸王尽管权力比较大，然而对于朱元璋一直都是敬畏有加的。朱元璋作为他们的父亲和皇上，也自然很难站在另外的角度来考虑诸王对于国家的某种潜在威胁。然而，有识之士对此却是洞若观火，明初著名能臣卓敬、叶伯巨等就曾先后上书过分封的弊端。
卓敬说：“京师，天下视效。陛下于诸王不早辨等威，而使服饰与太子埒，嫡庶相乱，尊卑无序，何以令天下？”而叶伯巨的论证就更加理论化了。早在洪武九年（1376年），训导叶伯巨就“应诏陈言”，极论朱元璋“分封太侈”的隐患：“《传》曰：‘都城过百雉，国之害也’。国家惩宋、元孤立，宗室不竟之弊，秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、闽诸国，各尽其地而封之，都城宫室之制，广狭大小，亚于天子之都，赐之以甲兵卫士之盛，臣恐数世之后，尾大不掉。然后削之地而夺之权则起其怨，如汉之七国，晋之诸王。否则恃险争衡，否则拥众入朝，甚则缘间而起，防之无及也。”
在点明了诸侯藩王尾大不掉的隐忧之后，叶伯巨进一步力排众议，深入分析了“疏不间亲”论点的害处：“今议者曰‘诸王皆天子亲子也，皆皇太子亲也’。何不摭汉、晋之事以观之乎？孝景皇帝，汉高帝之孙也。七国之王，皆景帝之同宗又兄弟子孙也。当时一削其地，则构兵西向。晋之诸王，皆武帝之亲子孙也。易世之后，迭相拥兵，以危皇室，遂成五胡云扰之患。由此言之，分封逾制，祸患立生。援古记今，昭昭然矣。”
在举出了西汉“七国之乱”和西晋“八王之乱”的鲜明例证后，叶伯巨还在奏表中为朱元璋出主意：“昔贾谊劝汉文帝早分诸国之地，空之以待诸王子孙，谓力少则易使以义，国小则无邪心。愿诸王未国之先，节其都邑之制，减其卫兵，限其疆里，亦以待封诸王之子孙。此制一定，然后诸王有圣贤之德行者，入为辅相，其余世为藩辅，可以与国同休，世世无穷矣！”
然而，此奏章却激怒了朱元璋，他认为叶伯巨居心叵测，离间皇室，马上将叶伯巨从家中逮入大狱，拷打至死。此后，就分封诸王之事再无敢言者。
叶伯巨的远见在后来得到了充分的证实。其实，就朱元璋自己而言，他也不是不知道分封的利弊所在，然而由于他地位的特殊，所以他并没有把这件事看得如何之大，直到卓敬等人一再指出后，他也不得不承认“尔言是，朕虑未及此”。当时朱元璋肯定也知道会有这种后果，但是为什么他还这么做呢？或许朱元璋是这么想的：让自己的儿子割据一方，即使发起战争，也还是自己的子孙当皇帝，总比别人抢去要好得多。而这也直接导致了他选择的接班人被自己的儿子抢走了皇位，酿就了靖难的苦果。
8.杀功臣，除后顾之忧
同样是为了巩固和加强家族的统治，唐玄宗李隆基外贬功臣使其悠闲自保，宋太祖赵匡胤则杯酒释兵权，而朱元璋却是疯狂地屠杀功臣。与他们相比，朱元璋手段真是狠毒至极。
朱元璋收兵权就同他废相一样，并非一步到位，而是首先着眼于机构的调整，阶段性地削弱中央军事机构的权力。这其中最费脑筋的，是军队和统帅的关系问题。要打仗必须任命统帅，但是在战事结束以后，如何收回这个统帅权呢？不收回，将帅有固定的直属大军，一旦有变故，他的统治是不牢靠的。要收回，采取什么方法？
元朝兵权主要由大都督府所掌握，任何将领调动都需要通过大都督府，这无形中会对皇帝的权威造成影响，鉴于此，朱元璋在废除了中书省的同时，就借势把大都督府也撤销了，同时又设立了前、后、左、中、右五个都督府，每个都督府又设了两个长官，即左、右都督，两人都有自己的都司及卫所。朱元璋又明确规定：五军都督府管理兵籍及军政，但是没有调动军队的权力，兵部掌管军官的提拔并且制定军令，但不能直接指挥军队。如果要调动军队，则由皇帝直接负责，然后从卫所中调动部队并且委派将领。将领出征时有印在身，以示皇帝的权威；战事如果结束，印必须交回，各个卫后的士兵则各回本队。这些办法的施行，达到了永久性削弱中央军事机构权力的目的。
但朱元璋并不满足，原因是在国家趋于安定后，随之而来的是功臣武将骄横放肆，皇权与将权的矛盾不断激化。洪武年间发生了蓝玉案，正是这种矛盾激化的结果。
蓝玉，凤阳定远（今属安徽）回族人，洪武后期的主要将领。关于蓝玉早期的历史，史籍记载不详，只说他是常遇春的妻弟，作战勇敢，所向皆捷。常遇春经常在朱元璋面前夸奖他，从而受到朱元璋的器重，初授管军镇抚，后升武德卫千户，旋改任亲军千户，积功至武德卫指挥使，地位不断上升。洪武三年（1370年），蓝玉被擢为大都督府佥事，进入明朝最高军事行政机构。
洪武十一年（1378年）秋，蓝玉率兵出征甘、青，次年取得胜利。朱元璋命置洮州卫，设官领兵驻守。师还以后，蓝玉被封为永昌侯，食禄二千五百石，进入明初新贵公侯行列。
甘、青平定以后，朱元璋用兵西南和东北，蓝玉在这一过程中发挥了重大的作用。云南梁王巴扎剌瓦尔密在元朝灭亡以后，负隅顽抗，一再拒绝明朝招降，最后竟将明使杀掉，朱元璋于是决定派兵征讨。洪武十四年（1381年）九月，蓝玉为左副将军，跟右副将军沐英一起，随征南将军傅友德率三十万兵征讨云南。“自九月朔出师，迄下云南，仅百余日”，次年闰二月，蓝玉、沐英率兵西攻大理，取得了战争的胜利。其他一些民族地区，遣人招抚，大部不经战斗便归顺明朝。奉诏班师后，蓝玉因功加禄五百石，其女被册为蜀王妃。
东北的纳哈出是元朝世将，曾被明军俘获过，放还后仍与明朝作对为敌，据金山（今内蒙古哲里木盟东境西辽河南岸）一带屯兵蓄锐，待机南下，从东北方面构成对明的威胁。洪武二十年（1387年）正月，蓝玉为右副将军，和大将军冯胜、左副将军傅友德率兵出击。六月，蓝玉率大军直趋前进，一路胜利，到达金山之西。纳哈出见久战不胜，便派人到大将军冯胜处请降，冯胜派蓝玉前往受降。蓝玉设酒宴款待纳哈出。纳哈出斟酒谢蓝玉，蓝玉不喝，一定让纳哈出先穿上他的衣服，才喝纳哈出斟的酒。纳哈出不肯，双方争执不下，形成僵局。纳哈出将酒洒在地上，和随从密语几句后想走。在场有人明白纳哈出话的意思，告诉常茂（常遇春子，冯胜婿，蓝玉外甥），常茂急忙上前阻拦，将纳哈出砍伤。回军路上，明军遭藏匿起来的纳哈出余众的伏击，损失惨重，三千殿后骑兵全部覆没。冯胜让常茂承担这个责任，常茂向朱元璋说明了情况，朱元璋说：“如尔言，胜亦不得无罪。”收回了冯胜的总兵印，命蓝玉行总兵官事。不久又在军中拜蓝玉为大将军，蓝玉成为明朝战时统兵的最高将领。
扩廓帖木儿死后，纳哈出降。此时的北元势力虽经明军一再打击，但败而未灭，仍然构成了对明的威胁。击败纳哈出的当年，蓝玉为大将军，率兵征讨北元。洪武二十一年（1388年）四月，蓝玉率兵出发，自大宁进至庆州，闻元主脱古思帖木儿在捕鱼儿海（今贝尔湖），抄近路兼程而进。后经侦察得知元主营在捕鱼儿海东北八十里处。蓝玉命王弼为前锋，疾驰直击其营。元军仓促应战，伤亡惨重，元主脱古思帖木儿与太子天保奴等数十人向北逃跑，蓝玉率精骑追赶，没有赶上，俘获其次子地保奴及妃、公主等数万人和大量牲畜，并得其传国玺、宝玉、金银印章等物，取得巨大胜利。元主北逃以后被人杀死，北元因此而四分五裂，不久灭亡。
蓝玉胜利班师，朱元璋闻讯兴奋异常，将蓝玉比作卫青、李靖，大加褒奖，回来后封凉国公。蓝玉的政治生涯、军事武功至此达到巅峰。