李秀成却已选好了这同治二年（1863年）二月，重新发动攻势。他亲自率领大批人马，于二月初一攻占南京之北、长江中心的九袱洲，初三攻占浦口，十三日再占巢县，十九日攻庐江，二十一日攻舒城，二十三日在桐城县的孔城镇，与捻军首领张宗禹（清方公文中的张宗禹）及由陕回师的陈得才军之马融和部会师。
三月二十五日，李秀成攻六安，一直攻到四月二日。他的计划是，进入河南南部，由河南南部袭取汉口武昌。
这个计划他不能实现。守六安的两营湘军（属于李续宜的部下蒋凝学）死力抵抗，鲍超已被曾国藩调来，开进舒城。后路的石涧埠（在无为州与巢县之间），又有很坚强的毛有铭与刘连捷（也都是李续宜的部下），李秀成于是不再攻六安，撤回南京。（李续宜从同治元年正月起被任命为安徽巡抚，这时候因病请假回籍，职务由唐训方署理。）
曾国藩见到李秀成撤退，也就命令水师与陆军反攻，在四月初七“收复”东关，初十收复铜城闸，二十二日收复巢县，二十四日收复含山，二十五日收复和州。
曾国荃也在二十七日攻下了雨花台大营附近的石城，与东西南三个石垒。
李秀成这一次的攻势，可谓半途而废，甚不可解。他已经打到六安城下，何至于一听到鲍超快来，便吓得抽军而退，放弃由豫袭鄂的计划？况且，他已与捻军首领张宗禹（总愚）会师？可能是，他的军队沿途找不到粮食。曾国藩于施行以碉逼碉的战术以后，想出了坚壁清野的办法。
另一个重大的原因，是太平军在浙江与苏常的军事处于逆势。
左宗棠于咸丰十一年十月，受命赴浙作战，十二月受任浙江巡抚，同治元年三月攻进遂安，六月解衢州之围。
闰八月，蒋益澧一军由广西开到浙江，打下寿昌，十二月打下严州（建德），同治二年正月，受汤溪太平军之降。
这位蒋益澧与左宗棠并非小同乡，是湘乡人而不是湘阴人。他少年时候落拓不羁，为家乡父老所轻，投效了王錱以后却学会了军事，在岳州立下战功，其后入于罗泽南麾下，收复广信（上饶）、义宁（修水），回援武汉，屯扎鲁港，与罗泽南的继任者李续宾不相得，愤而引退，曾国藩亦对他不加理睬。倒是左宗棠看得起他，在骆秉章面前保荐他，让他招了一些兵去广西，果然就在广西颇有表现，削平各路反抗力量，坐镇柳州，积功升至广西布政使。石达开南围桂林，也是他会同刘长佑与萧启江解的围。左宗棠于奉命入浙之时，上疏给清廷，把蒋益澧调任浙江布政使，令他增募八千名湖南乡勇。果然，他一来到浙江，局面便大不相同。
有了他，左宗棠在浙江就完全占了上风，把李世贤逼得惨。在同治二年正月这一个月里面，除了汤溪县一县以外，左宗棠又“收复”了金华、龙游、兰豀、武义、永康、东阳、义乌。次月，蒋益澧大战太平军于富阳，开始围城；围到八月间，会同“常捷军”（中法混合部队），将富阳拿下，获得决定性的胜利。
左宗棠的另一爱将刘典，于二月间拿下诸暨，分兵支援皖南。常捷军电在二月间取得绍兴。清廷升任左宗棠为闽浙总督，命曾国荃遥领浙江巡抚。
曾国藩这一边，水师在四月初七“收复”东关，二十二日收复巢县，陆军在二十四日收复含山，二十五日收复和州，五月初十收复江浦、浦口，十五日收复九洑洲，九月间受古隆贤之降，收复太平、石埭、旌德。
曾国荃也在四月二十七日进占雨花台大营附近的石城，八月十二日进占江东桥，九月二十五日收复秣陵关，同治三年正月二十日进占紫金山上的天保城，开始对南京的包围。围城的军队共有五万人左右。
二月，左宗棠攻下杭州，四月，李鸿章攻下常州；五月，曾国荃取得龙脖子山的地保城，完成对南京的合围。
六月十六日，南京城破。清廷封曾国藩为一等侯，官文、曾国荃、李鸿章为一等伯。左宗棠在七月二十七日“收复”湖州与安吉二城，到了十月间也受封为一等伯。骆秉章、杨岳斌（载福）、彭玉麟、鲍超，封了一等轻车都尉。蒋益澧被赏了一个云骑尉。