就在李建成领兵平定河北之际，李世民上表李渊，请求带兵北上并州边境，在那里实施屯田。李渊很高兴李世民有此心，于是下令拨给他两万人马，让他前去屯田。
屯田之策，最早始于秦朝，始皇帝嬴政派蒙恬领兵三十万，北却匈奴，在河套平原屯田，从此匈奴不敢南下牧马。屯田之策确实是一个绝佳政策，既可以解决军队给养，又可以起到巩固边防的作用。
秦朝由于享国太短，实际上执行屯田政策最为成功的当属汉代。汉代自武帝北却匈奴，打通河西走廊之后，开始积极介入与匈奴争夺西域，经过五争车师、计斩楼兰等战役后，于汉宣帝神爵二年在轮台设立西域都护府，将屯田作为国策推行，以维持西汉在西域的长治久安。
在汉宣帝时代，名将赵充国常年驻守陇右，与羌族杂居，边境时有冲突。百战名将赵充国也是通过屯田国策，既解决了边塞驻军的给养问题，也通过与诸羌的边境贸易化干戈为玉帛，从而化解了敌我双方矛盾，维持了河西到陇右一带与诸羌少数民族长久的和平共处。
赵充国主持推行的屯田国策很好地诠释了什么叫做善战者无赫赫之功，屯田国策也构成了西汉昭宣中兴，国力强盛的一个重要的历史丰碑。
之后的东汉班超，三国曹操莫不因大力推行屯田，取得了极大的历史功绩。
李世民建立文学馆，锐意史册，在历史中寻找对于唐王朝长治久安的国策，这令李渊感到莫大的欣慰。只是，屯田是一项长久的事业，短期之内很难见效。
而此时，颉利可汗渐渐雄起，向东征服了契丹和奚，向南又使得吐谷浑和党项臣服，在他反对唐朝的大背景下，李世民的这一提议渐渐被大唐频繁的用兵给冲散了。
颉利可汗阴鸷，他虽然领兵返回草原，但他兵戈不止，继续征服草原上其他的部族。而且鼓动吐谷浑和党项与唐朝为敌，李渊的女儿平阳公主，就是在此时与吐谷浑的作战中战死沙场。
平阳公主巾帼不让须眉，李渊为亲生女儿哀痛的同时，给予他极高的礼遇，命令将她按照军礼下葬，以褒扬他的英烈事迹。此外，还将她曾经带兵驻守过的苇泽关命名为‘娘子关’，以为永久的纪念。
正当李渊准备大举对吐谷浑用兵之时，吐谷浑却因为李渊失去了爱女，害怕罹难于兵患转而求和。李渊心怀怨怒，当然不想答应，但此时江南的辅公祏叛唐，已经使李渊无暇顾及私仇，不得不命大军集中兵力前往镇压。
李渊原本还想让李世民统兵，但此时李世民在并州屯田练兵，突厥兵马不时南下入寇马邑边城，不能成行。于是李渊以李孝恭为此次征讨江南的行军元帅，以李靖副之。
武德五年七月，杜伏威与猛将阚棱入朝参拜，从此留在长安，官拜太保，受封吴王。他留下辅公祏守丹阳，并以养子王雄诞掌兵权，私下里给王雄诞交代：“我此去长安，如果不失权位，不可让辅公祏反叛。”
一年后，辅公祏以计谋取得兵权，缢杀王雄诞，并诈称杜伏威在长安写信给他，让他起兵。于是大肆制造铠甲兵器，运粮储备，在丹阳称帝，国号为宋。
李渊得报，以李孝恭为襄州道行台仆射，率领水军沿江而下直驱九江，命杜伏威故将阚棱参加东征；以岭南道大使李靖，率领交州、广州、泉州、桂州兵勇，取道宣州，向北进发；以齐州总管李世绩领兵前往寿阳；以怀州总管黄君汉前往寿阳后归李世绩节制；以舒州总管张镇周前往猷州，策应李靖用兵；以上五路大军，均于当涂会师，参加决战。
诸路大军各自作战，相继攻破辅公祏外围州县的势力，至武德七年三月，大军汇集在当涂，遂准备发起决战。
辅公祏为了固守当涂要地，以铁索横江，以截断江路。另外在江面东岸筑起却月城绵延十余里；又在江面西岸修筑军事堡垒。为加固防守，又命部将冯慧亮、陈当世，带领水师三万屯驻博望山；命部将陈政通、许绍宗，带领步骑兵三万屯驻青林山；水师与步骑互为犄角，相互为奥援。
唐朝大军抵达当涂之时，舟师为铁索所拒，于是大军全部上岸，安营扎寨。久历沙场的李靖一眼就看出了敌军此次摆出的是却月阵，并力劝李孝恭说，此阵不可强攻，当诱敌兵出阵，伺机破敌。
却月阵为南朝宋武帝刘裕所首创，刘裕一生从军将近三十年，是历史上公认的战神皇帝。他不但凭自己卓越的军事才能为东晋王朝续命二十年，而且带兵北伐，差一点就统一了中原，若不是大司马刘穆之病故导致朝中变局，中华历史或许会是另一个景象也说不定。
李孝恭素来深通史籍，他知道刘裕的威名，刘裕曾以却月阵用步兵两千大破北魏三万骑兵，以此来看，却月阵的威力不可小觑。
此时，诸将有人建议，绕过当涂，领大军直驱石头城，捣破辅公祏的老巢，则当涂的敌兵不战自溃。李靖反对说：“辅公祏在石头城驻守，亲军皆是劲旅，我军绕道必然远行，如果到石头城不能及时攻克，而当涂的驻军又会攻击我军敌后，势必腹背受敌。不如我们在当涂攻其城栅，然后将他们诱出却月阵，出其不意，一举破敌。”
李孝恭于是命令黄君汉带领老弱兵勇先攻打敌军城栅，另外派遣卢祖尚、阚棱带领精兵于却月阵后埋伏。一连好几天，黄君汉拼尽全力攻不下敌军城栅，于是败退，冯慧亮、陈政通耻笑唐军羸弱，想要建功。于是出兵追击，追逐数里之后，与唐军卢尚祖激战。
阚棱原本就是辅公祏军中大将，威望很高，他此时脱去铠甲，对众兵勇说：“你们难道不认识我了吗？吴王（指杜伏威）此时还在长安，你们怎么能于他为敌？”辅公祏的兵勇有很多都是阚棱的部曲，当时就扔下武器，前来拜见他们的老长官。敌军自此没有了斗志，大败而逃。
归降者有人熟悉此地地形，带领唐军深入敌军水寨，大破敌军，又转战百余里，大破冯慧亮、陈政通余众，二人只带领十余骑兵逃回石头城。
李靖又带领轻骑兵追往石头城（丹阳），辅公祏眼看他精心布置的却月阵没有发挥丝毫作用（此可谓地利不如人和）。于是无心恋战，带领数万兵勇弃城出逃，想前往会稽与左游仙汇合，没想到士兵看他大势已去，一路逃亡，最后只剩下五百骑兵追随在他左右。
李世绩奉命带领骑兵追击辅公祏余众，到武康一带，辅公祏被乡间兵勇俘获，献给了李世绩。辅公祏的亲随西门君仪战死，而辅公祏被执送丹阳，李孝恭奉命在丹阳将辅公祏处斩，并分兵将其余党全部捕获，系数处死。
至此，江南平定，大唐基本完成了统一大业。
战后，李渊诏令李靖和李世绩带兵回到长安，只留李孝恭留在丹阳主持战后行政事宜。此时突厥颉利可汗兵马强盛，常常侵扰大唐北部边境，大唐用兵的主要方向转移到了北部边境，而李靖和李世绩两位将军，则是李渊心中能够抵御突厥兵马的名将。