太后可足浑氏素恨慕容垂，遂毁其战功，与慕容评相谋，欲杀慕容垂。
慕容恪之子慕容楷及慕容垂舅兰建知道后，告诉慕容垂说：“先发制人，但除评及乐安王臧，馀无能为矣。”慕容垂心中不忍，说：“骨肉相残而首乱于国，吾有死而已，不忍为也。”
（《资治通鉴·卷第一百二》）不久，二人又告诉慕容垂说：“内意已决，不可不早发。”慕容垂说：“必不可弥缝，吾宁避之于外，馀非所议。”（《资治通鉴·卷第一百二》）
慕容垂心中忧虑，未敢将此事告诉诸子，同时也是怕引起诸子的骚动。
世子慕容令说：“尊比者如有忧色，岂非以主上幼冲，太傅疾贤，功高望重，愈见猜邪？”
慕容垂说：“然。吾竭力致命以破强寇，本欲保全家国，岂知功成之后，返令身无所容。汝既知吾心，何以为吾谋？”慕容令说：“主上暗弱，委任太傅，一旦祸发，疾于骇机。
今欲保族全身，不失大义，莫若逃之龙城，逊辞谢罪，以待主上之察，若周公之居东，庶几可以感寤而得还，此幸之大者也。
如其不然，则内抚燕、代，外怀群夷，守肥如之险以自保，亦其次也。”（《资治通鉴·卷第一百二》）慕容垂觉得这个办法很好，遂同意。十一月，慕容垂以打猎为由，微服出邺，准备回故都龙城。
到邯郸时，却出了意外，幼子慕容麟向来不为慕容垂所宠爱，便向慕容评告状，慕容垂左右也多有离去。
慕容评知道后，在慕容暐面前尽说慕容垂坏话，遂派西平公慕容强率精骑追之，到范阳（今北京）时，慕容垂派慕容令断后，慕容强不敢追赶。
时天将晚慕容令对慕容垂说：“本欲保东都以自全，今事已泄，谋不及设。秦主方招延英杰，不如往归之。”慕容垂说：“如今之计，舍此安之。”（《资治通鉴·卷第一百二》）
慕容垂“乃散骑灭迹，傍南山复还邺，隐于赵之显原陵”（《资治通鉴·卷第一百二》）。又杀白马以祭天。慕容令对慕容垂说：“太傅忌贤疾能，构事以来，人尤忿恨。
今邺城之中，莫知尊处，如婴儿之思母，夷、夏同之。若顺众心，袭其无备，取之如指掌耳。事定之后，革弊简能，大匡朝政，以辅主上，安国存家，功之大者也。
现今之便，诚不可失，愿给骑数人，足以办之。”慕容垂说：“如汝之谋，事成诚为大福，不成悔之何及！不如西奔，可以万全。”（《资治通鉴·卷第一百二》）慕容垂遂率部西行，至河阳，斩津吏而渡。
遂自洛阳与段夫人，子慕容令、慕容宝、慕容农、慕容隆，慕容恪之子慕容楷，舅兰建，郎中令高弼一起投奔前秦，只留夫人可足浑氏于邺城。乙泉戌主吴归率兵追击，被慕容令击退。
自慕容恪死后，前秦王苻坚便有伐燕之意，但一直未成，一是因内乱，二是忌惮慕容垂之威名。
苻坚闻慕容垂来归，大喜，亲自到郊外迎接，执其手说：“天生贤杰，必相与共成大功，此自然之数也。要当与卿共定天下，告成岱宗，然后还卿本邦，世封幽州，使卿去国不失为子之孝，归朕不失事君之忠，不亦美乎！”
慕容垂感谢地说：“羁旅之臣，免罪为幸。本邦之荣，非所敢望！”（《资治通鉴·卷第一百二》）苻坚爱慕容令及慕容楷之才，皆厚相待，赏赐巨万，每次进见，都属目观之。关中士民素闻慕容垂父子名，皆向慕之。
秦相王猛深知慕容垂有雄略，怕将来引以为患，便对苻坚说：“慕容垂，燕之戚属，世雄东夏，宽仁惠下，恩结士庶，燕、赵之间咸有奉戴之意。观其才略，权智无方，兼其诸子明毅有干艺，人之杰也。蛟龙猛兽，非可驯之物，不如除之。”
苻坚未从，说：“吾方以义致英豪，建不世之功。且其初至，吾告之至诚，今而害之，人将谓我何！”（《晋书·苻坚载记》）并以慕容垂为冠军将军，封宾都侯，食华阴五百户。
时前燕纲颓纪紊，日益腐败。
桓温攻燕结束后，前燕反悔食言，未将虎牢（今河南荥阳西北汜水镇）以西土地割让给前秦，前秦遂以此为借口，于十一月派王猛统将军梁成、邓羌等率步骑3万，进攻前燕（参见前秦灭前燕之战），并以慕容令为参军，充当向导。
慕容令逃回前燕后，因忽叛忽归，而慕容垂又无恙，反而受到猜疑。
燕廷将慕容令变相发配，派到极北的沙城去戍守，严加监视。慕容令欲在沙城联络旧部，准备起事，又被慕容麟告了密，慕容令被诛杀。（参见金刀计）
太和四年（369年）十一月，王猛灭前燕，慕容垂随苻坚入邺，收集诸子，相对而哭。慕容垂见燕公卿大夫及故时僚吏，慕容垂想起当年的窘迫，有不悦之色。前郎中令高弼暗中对慕容垂曰：“大王以命世之姿，遭无妄之运，迍邅凄伏，艰亦至矣。
天启嘉会，灵命暂迁，此乃鸿渐之始，龙变之初，深愿仁慈有以慰之。且夫高世之略必怀遗俗之规，方当网漏吞舟，以弘苞养之义；收纳旧臣之胄，以成为山之功，奈何以一怒捐之？窃为大王不取。”
（《晋书·慕容垂载记》）慕容垂深纳其言。但慕容垂对慕容评却怨气难消，咸安二年（372）二月，慕容垂便对苻坚说：“臣叔父评，燕之恶来辈也，不宜复污圣朝，愿陛下为燕戮之。”
但苻坚未同意，还让慕容评为范阳太守，前燕诸王也悉补边郡。
时苻坚已统一中国北方大部，宁康二年（373年），有彗星出现，太史令张孟认为不详，便对苻坚说：“彗起尾箕，而扫东井，此燕灭秦之象。”
（《晋书·苻坚载记》）并劝苻坚诛杀慕容氏，苻坚未从。并以慕容暐为尚书，慕容垂为京兆尹，慕容冲为平阳太守。