天子被劫走后，崔胤便使太子太师卢渥等二百余人共同列状，请朱温西迎车驾，又派王溥来到朱温帐中议事。为向世人掩饰自己内心真正的企图，让人们为自己的“忠诚”感动，朱温狡诈的回书道：“我若前进则惧有胁君之谤，若退则有负国之愧。进退两难，审之再三，吾宁遭诽谤亦不能使吾之赤心有愧于国家。“于是朱温发兵向长安进发。
到达长安，宰相帅百官迎接于长乐坡。朱温赏李继昭之功，赐给甚厚，继昭则全部分赏给其兵八千人。随后朱温就西击凤翔。李茂贞遣其将符道昭屯兵武功以拒，朱温派其将康怀英一战击破李继远之众。
十月二十，朱温大军来到凤翔，在城东驻扎。李茂贞登城说道：“天子是因避灾才来到这里，并非是臣下无礼，请明公误听谗言，我实不愿与公为敌。“朱温回道：“韩全诲劫持天子，怎能说无罪？真是可笑。岐王若没有预谋，怕是天子也来不到你这吧！我今番就要问罪贼臣，接陛下回宫。“唐昭宗李晔这时也感觉出了朱温之心难测，便下诏使朱温还镇，可朱温怎肯听旨？他心想很快你这个皇帝就要唯我之命是听了，老子现在还听你的？煮熟的鸭子怎能让它飞了？他必欲夺凤翔、挟天子而后快。
朱温先分兵去攻李茂贞的邠州。邠州节度使原名杨崇本，自幼便为李茂贞做事，李茂贞养以为子，变名姓为李继徽。李继徽见汴军势重，识相的他赶忙向朱温请降。朱温不战而得邠州，很是高兴，就让李继徽继续守邠州，恢复他的原名杨崇本。但是，狡猾的朱温留了一手，为防杨崇本背叛自己，他把杨崇本的妻子等族人全部迁往河中作为人质。
十二月，朱温又派侄子朱友宁攻盩厔，一连攻打了十天仍未攻下。朱温恼了，亲自前往督战，汴军凡是作战不力、稍有返顾、退后者立即斩首。于是汴军奋力而前，前赴后继。前排倒下，后排踩着前者的尸体继续向前，蜂拥蚁附，盩厔终于被克。残暴的朱温竟图杀一城之民以发泄其怒气。
在朱温西入关时，韩全诲曾使皇帝下诏书，遣中使二十余人分道往征江、淮兵，以威胁朱温，附于朱温的戎昭节度使冯行袭得知后将这二十余人全部杀掉，收其诏书送给了朱温。韩全诲又遣中使征兵于蜀地王建，而朱温知蜀地与李茂贞相接，王建势力不可小视，也遣使修好于王建。王建心想，鹬蚌相争，正是渔人得利之时。他表面上答应修好于全忠，上表列李茂贞之罪。暗中却劝李茂贞坚守，许诺会提供救援。而事实上王建却是趁李茂贞有危之际，派出大将王宗佶、王宗涤，将兵五万，声言要迎天子车驾，实则是去袭击李茂贞山南诸州县。
朱温西入关前，韩全诲还与李茂贞让天子作诏书，令河东出兵勤王。李茂贞还以私书求援于李克用。晋王就先派周德威将三千骑兵自沁州前往攻打晋州，以牵制汴兵，正好也可以收复失地。守晋州的氏叔琮带领数千兵士出城，在州北的平阳与周德威对阵，汴军被杀的大败，斩首五百级，周德威临阵生擒汴将王友通。氏叔琮只得婴城固守，向朱温求援兵。此战后，周德威在蒲县扎营。不久后，晋王又派李嗣昭带步骑兵二万前来与周德威合军。
朱温听说河东兵攻打晋州、绛州，心想若失此两地，河东军会向河中地区进发，断了自己的后路，届时当腹背受敌。于是他赶忙派侄子朱友宁带军前往去援助晋州刺史氏叔琮，自己将带余众随后而进。
902年二月中旬，朱友宁带汴军大众与氏叔琮相会，汴军十万扎营于蒲南。夜晚，氏叔琮率勇士夜袭河东军营垒，杀百余人而退。十日后，朱温也统领大军来到，汴军列阵，四面云和，将河东营垒围的铁通也似。身陷重围，汴军数倍于己，众寡悬殊，河东军人人心生畏怯。月末这天，又有白虹贯日，穿河东军营而过，这更加给人一种不祥之兆。李嗣昭决定与周德威连夜突围退军。然而还未做好准备，汴军已经发动总攻。李嗣昭、周德威血战不解，只得保军而退。汴军乘势进击，河东军已然溃散，无复行列，被追杀的极惨。周德威对李嗣昭说道：“公请带军先退，我领精骑断后。不然，吾辈无遗类矣。”周德威挥舞大刀拼命挡住狂追之敌，然而汴军四面八方都是，挡得了这边，挡不了那边。周德威也只得且占且退，河东军损失甚为惨重。李克用听闻李嗣昭之败，赶忙派李存信带千余骑兵前往接应，然而来到清源时就遭遇一股汴军，被击溃后，李存信逃回了晋阳。
这一战，河东军被杀被俘者数千，还有不少路上逃散的，李嗣昭、周德威回到晋阳城时所带的残军仅剩一万。汴军乘胜又拿下了慈州、隰州、汾州。晋阳已是孤城一座，氏叔琮长驱而进，朱温大喜道：“哈哈，破晋阳，非氏老不可。”就令他再次包围晋阳。氏叔琮扎营于晋祠，令兵士治攻城器具于西北角，四面营栅相望。氏叔琮时常令人在城下喊话道：“晋王，你们沙陀本塞外一小部落，赖我朝多难，立了些小功，做到河东节度使已是天大造化了。你们不该贪得无厌，屡攻邻镇。更不该得罪我们粱王。如今十余万大军围城，你们插翅也难飞。晋王你若听劝的话，早早开门迎降。梁王宽怀，定能选一小镇给你做养老之地。若负隅顽抗，到时城破被俘，恐性命休矣，尔沙陀一族也要灭亡！”
三月中旬，攻城器械都打造完毕，氏叔琮即刻开始急攻晋阳城之西门。自恃兵多将广，此城不日即下，氏叔琮每于城下巡视之时，宽衣缓带，以示闲暇，意气甚骄。李克用则日夜登城指挥防御，吃饭睡觉的时间都没有。