伊朗史学家志费尼在他所著的《世界征服者史》中，曾对成吉思汗的宗教态度有过评价，认为“他没有偏见，不舍一种而取另一种，也不尊此而抑彼；不如说，他尊敬的是各教中有学识的、虔诚的人”。
成吉思汗信仰的是萨满教。萨满教信仰的核心是“万物有灵”，无论是天、地、日、月、山、水、火等自然事物，还是熊、虎、貂、蛇、鹰等动物，一切均有灵魂，人们的生老病死、悲欢离合都受到神灵的影响。在萨满教中，也有着主宰一切的主神，这便是“天神”或者“长生天”。对天的崇拜是信仰中最重要也是最核心的，因为天诞生万物及诸神，世间的一切都由天来主导。
长生天是主宰一切和包容一切的，在这样的信仰基础上，成吉思汗对其他宗教的接纳与包容在历史中达到空前绝后的程度。
成吉思汗制定的《大札撒》（“札撒”意为“法典”）中明确规定：“尊重任何一种宗教信仰，任何一种宗教都不得享有特权。每个人都有信仰宗教的自由。”并且免征托钵僧、诵古兰经者、法官、医师、学者、献身祈祷与隐遁生活者的租税与差役，免除祭神寺庙及居住于该等寺庙之僧人的一切租税，以示尊敬。
成吉思汗及其子孙都与当世最著名的宗教人士有过交往，而且大多数时候都留下美谈。而最早参与互动的宗教人士，便是道教全真派第五任掌教丘处机。
拜金庸《射雕英雄传》《神雕侠侣》所赐，原本只在宗教界声名显赫的丘处机在民间社会也有极大知名度。不过，与小说中刚烈勇猛、武艺高强的侠客形象不同，历史上的丘处机则是一位清静无为、道行高深的道教高人。
1148年（南宋高宗绍兴十八年，金熙宗皇统八年），丘处机生于山东登州栖霞县一个农人之家，字通密。自幼失去双亲，由兄嫂抚养成人。
1166年，18岁的丘处机开始修道，独自到山东文登县西北的昆嵛山烟霞洞修行。翌年，全真教创始人王重阳到山东宁海县传道，收丘处机为徒，赐道号长春子。丘处机拜师虽晚，却因勤勉好学、虔诚机敏而深得王重阳的器重，迅速成为王重阳七大得意弟子之一。
1170年正月，王重阳仙逝，丘处机为其师守墓长达三年之久。守孝结束后，丘处机便在宝鸡磻溪自修六年，后又去陇州龙门山龙门洞潜修七年。这十三年的苦修，丘处机坚持穴居、乞食，以禁欲断情、苦己利人、清静无为修行根本。苦修结束后，他出山传道，很快声名大振，皈依者摩肩接踵。
全真教在北方传播极为迅速，甚至到了“南际淮，北至朔漠，西向秦，东向海，山林城市，庐舍相望，什百为偶，甲乙授受，牢不可破”的程度。而全真教的发展壮大，丘处机居功至伟，后世评价“是教也，源于东华，流于重阳，派于长春，而今而后，滔滔溢溢，未可得而知其极也”。
当时丘处机虽不是全真教的掌教，却是全真教中名声最大、信众最多的道人，而他的声名也引起了金朝朝廷的注意。1188年（金大定二十八年），金世宗诏请丘处机赴燕京（今北京），敕馆于十方大天长观。
与金庸小说中的描写不同，丘处机对金朝并没有什么刻骨仇恨，相反，对被后世称为“小尧舜”的金世宗很崇敬，他欣然奉诏至燕京主持“万春节”醮事。在燕京期间，丘处机多次与金世宗面谈，丘处机“剖析天人之理，演明道德之宗，甚惬上意”。离开燕京时，金世宗特赐钱十万作为供养，丘处机道家本色，予以拒绝，反而得到金世宗赞赏。
1189年（金大定二十九年），金世宗去世，丘处机特撰《挽世宗词》悼念：哀诏从天降，悲风到陕来。
黄河卷霜雪，白日翳尘埃。
自念长松晚，天恩再诏回。
金盘赐桃食，厚德实伤哀。
既获得民间信仰，又有皇室推崇，丘处机已经是全真教的代表了。1203年，全真教第四任掌教刘处玄去世后，丘处机毫无争议地接任，成为全真教第五任掌教。成为掌教后，丘处机使全真教的影响进一步扩大，全真教成为中国北方居于主导地位的道教教派。
然而，随着金世宗的去世，继承其位的金章宗对日益壮大的全真教十分警惕，着手予以压制。先是以“惑众乱民”为名，“禁罢全真及五行、毗卢”。之后，“又禁太一混元受箓、私建庵堂者，并禁止王亲及三品以上官员与之往来”。
面对打压，丘处机回到故乡栖霞隐居起来。而金章宗的作为使全真教与金朝朝廷原本融洽的关系遭到破坏，也为日后丘处机面见成吉思汗埋下了伏笔。
1206年，成吉思汗统一草原各部，建立“大蒙古国”，随后便开始了对金朝的征伐。
金朝从建立以来，与蒙古人互相攻伐百余年，虽然蒙古曾在合不勒可汗时击败过金朝，迫使金朝割地赔款，但更多的时候，占有优势地位的金朝总是能将蒙古人击败、屠杀、侮辱，成吉思汗的祖先俺巴孩汗和斡勤巴儿合黑亲王被金熙宗钉死在木驴之上，金朝更是每三年便发兵向北剿杀一次蒙古的男女老幼。
双方的仇恨，注定要在成吉思汗时代予以清算。
公元1211年（蒙古太祖六年，金卫绍王大安三年），成吉思汗来到蒙古的圣山不儿罕山，“脱帽，解带搭于肩，三次以头叩地”，祈祷道：“长生天在上，朕决意整顿军马，为被金王卑鄙残害致死之斡勤巴儿合黑亲王与俺巴孩汗报此血海深仇。天若许朕复仇，则助朕一臂之力，命下界所有人神齐集而助我一战。”
是年九月，蒙古铁骑扬鞭南下。金朝虽有百万大军，却早已腐朽不堪，“军政不修几三十年，阙额不补者过半，其见存者皆疲老之余，不堪战阵”。蒙古军势如破竹，连下金朝北疆边城，破居庸关直至中都城下。
到了国破山河碎的时候，金朝朝廷又想起丘处机来。此时的皇帝金宣宗已经被逼得迁都南京（汴京，今河南开封），面对一筹莫展的局势，希望得到“神仙”的指点，于是多次遣使诏请丘处机进京商讨国是，并赐给“自然应化弘教大师”之号，可丘处机已经对金朝不抱希望，婉言谢绝。
与此同时，南宋的宋宁宗也多次遣使诏请丘处机为南宋效力，他也辞不赴命。
丘处机拒绝金、宋皇帝的延请，并不是因为清静无为，否则他为何会与金世宗有良性互动呢？作为一教掌教，要为自己教派的生存和发展负责，所谓“不依国主，法事难立”，总要获得当权者的支持。只是丘处机已经看出，无论是颟顸混乱的金，还是苟安软弱的宋，都不会是日后的主角，而曾经地处偏远、时人不知其名的蒙古人，倒是蒸蒸日上，大有并吞天下之势。
而在戎马倥偬间的成吉思汗也早已得知“丘神仙”的大名，虽然他此时开疆拓土，所向无敌，但毕竟已经年老，有着对生命逝去的恐惧，因此希望得到长生不老的法术或仙药。于是，成吉思汗也派人延请丘处机。
对于成吉思汗的邀请，丘处机起先也是拒绝的。成吉思汗与金、宋皇帝不同，没有因拒绝而作罢，先后三次相邀，并在给丘处机的信中说道，“朕心仰怀无已，岂不闻渭水同车，茅庐三顾之事，奈何山川悬阔，有失躬迎之礼”，并表示，他延请丘处机，目的是“或以忧民当世之务，或以恤朕保身之术”，只要丘处机愿意与他相见，他会“亲侍仙座，钦惟先生将咳唾之余，但授一言，斯可矣”。
如此诚意相请，丘处机不好再拒绝，于是起身前往漠北草原，面见成吉思汗。
然而，当丘处机动身之时，成吉思汗已经率蒙古大军西征，不在漠北草原了。已经年过古稀的丘处机得知这一情况后，决定留在燕京等成吉思汗东返后陛见，并自草《陈情表》奏请成吉思汗裁决。
可成吉思汗没有允准，再次下诏恳切催促丘处机西行。
经过考虑，丘处机决定不顾年迈体衰，西行谒见。
如果说，接受成吉思汗的邀请，从山东前往燕京，丘处机的考虑是出于身为全真教掌教，为自己的教派争取权力支持的话，那么，不顾自己七十三岁的高龄万里西行，就不再是简单的政治上的考量，而是出于出家人的慈悲与坚持。在决定冒险启程时，丘处机一定想到了成吉思汗诏书中的那句“以忧民当世之务”。在启程时，他给燕京的道友留下了一首诗，或可是他心境的写照：
十年兵火万民愁，千万中无一二留。
去岁幸逢慈诏下，今春须合冒寒游。
不辞岭北三千里，仍念山东二百州。
穷极漏诛残喘在，早教身命得消忧。
1221年（金兴定五年、南宋嘉定十四年、蒙古太祖十六年）二月八日，丘处机踏上征途。虽然此次西行有成吉思汗的官员一路护送，但行程数万里，跨高山，过大河，穿沙漠，只能靠畜力和双腿，其中的艰辛也可想而知。
丘处机一行经宣德（今河北宣化），越野狐岭至呼伦贝尔，再沿克鲁伦河向西，穿越蒙古高原、金山，经别失八里（今新疆吉木萨尔）、昌八剌（今新疆昌吉）、阿力麻里（今新疆伊犁）、塔剌思河、塞蓝（今哈萨克斯坦奇姆肯特）、霍阐没辇（今锡尔河）、撒马尔罕、碣石（今乌兹别克斯坦沙赫里·沙勃兹），然后越过有“疯狂的河流”之称的阿姆河南行，终于在1222年初夏到达大雪山（今阿富汗兴都库什山），谒见了成吉思汗。
成吉思汗一见丘处机，便开门见山地求取长生之术：“真人远来，有何长生之药以资朕乎？”丘处机也不隐瞒，直接回答自己只有养生之道而无长生之药。成吉思汗虽然遗憾，却也十分欣赏他的诚实，从而十分礼遇，尊称他为“神仙”，赐爵“宗师”，掌管天下宗教。
两人相处了一年之久，丘处机不断地对成吉思汗讲授“敬天爱民”的道理，指出“少杀戮，减嗜欲”才是长生之道，并提出“欲一天下者，必不嗜杀人”，成吉思汗都欣然接受。
丘处机以止杀为念劝谏成吉思汗，从而留下了“一言止杀”的佳话。
其实，“一言止杀”是后世的美化，成吉思汗在见过丘处机之后，其征服世界的脚步并未停止，其子孙更是不断征战，几乎征服了当时已知世界的三分之二。战争是免不了杀戮的，战争机器一旦开动，即使其发动者想要“止杀”都难以办到，又岂能因丘处机一言而止？
丘处机的劝谏也并非没有作用，之后蒙古军的作战，尤其在中原一带，无端杀戮确实有所减少。据《元史》记载，在成吉思汗生前最后一战，也就是灭亡西夏的战争中，成吉思汗病重，在临终前留下遗言：“朕自去冬五星聚时，已尝许不杀掠，遽忘下诏耶。今可布告中外，令彼行人亦知朕意。”
虽然，这个“止杀”未必与丘处机直接相关，但又何尝不能说是丘处机当年种下的心锚呢？
1224年，七十七岁的丘处机返归燕京，将燕京太极宫修缮后作为自己的居住地。成吉思汗亲自为其改名“长春宫”，这里从此便成为全真教的祖庭，即今天北京的白云观。1227年，八十岁的丘处机在长春宫去世，道教信众和百姓将他的诞辰正月十九定为“燕九节”。
同年，成吉思汗也离开人世，但君王与教主的故事还远没有结束。丘处机之后，与蒙古可汗乃至元朝皇帝互动的宗教人士源源不断，虽然教派不同，信仰各异，但似乎都与丘处机和成吉思汗的交往有着一般的情节——以“弘法”为初衷，以“安民”为成果。