1939年　生理教研室开始招收研究生，同时接受日本籍插班生。

1939年1月　由俄侨开办的哈尔滨第一、第二齿科专门学校合并而成的哈尔滨齿科医学院，并入哈尔滨医科大学，改称哈尔滨医科大学齿科医学部，学制三年。附属齿科医院设在道里石头道街，聘请东京齿科医学专门学校的福岛秀策任齿科学教授，植村秀一任院长。自此哈尔滨医科大学建制分设医学部与齿科医学部。学生中有中、日、俄不同国籍，男女兼收。

1939年1月　哈尔滨医科大学更名为伪国立哈尔滨医科大学，学生免缴学费。

1939年1月31日　植村秀一任哈尔滨医科大学代理校长职务，原校长阎德润改任首席教授，主持生理学教研室工作。

1939年2月　哈尔滨医科大学医学部第4期学员入学。

1939年7月　应届毕业班在毕业前，由教授带领赴日本修学旅行1个月。

1939年9月1日　学校增建工程竣工，举行增建落成仪式。

1939年10月　哈尔滨医科大学开始对中国学生实行半年预科学习制，医学部第5期中国学员早于日本学员半年入学。

1939年10月　哈尔滨医科大学齿科医学部第4期新学员入学。

1939年12月25日　哈尔滨医科大学医学部第一届53名学员毕业（入学时为哈尔滨医学专门学校第9期学员，为哈尔滨医科大学第二届毕业生）。

1939年12月　哈尔滨医科大学齿科医学部第一届58名学员毕业（本届毕业学员于1937年2月入学）。