绘制基因组图谱

22、集成基因组浏览器(Integrated Genome Browser, IGB)。绘制人类基因组图谱的竞赛始于1990年,并在13年后结束。当时,医学研究人员成功地对生物技术专家Craig Venter的30亿个DNA碱基对进行了测序,这项工作历时10年,涉及3,000人,耗资30亿美元。测序完成后,科学家们很想深入研究我们这个物种的源代码,但是怎么做呢?进入基于Java的基因组浏览器,这是一个由包括生物信息学教授Ann Loraine在内的团队开发的可视化工具,可用于探索基础数据集和参考基因注解。开源的集成基因组浏览器(Integrated Genome Browser)允许研究人员放大、平移和绘制基因组数据,以便识别和注解遗传特征。为了配合这一全球努力,加州大学圣克鲁兹分校(University of California Santa Cruz)提供了一个类似的工具,即由Jim Kent管理的基因组浏览器(Genome Browser)。

23、BioJava。BioJava于2000年启动,至今仍很强大,它是一个用于处理生物数据的开源库,生物数据领域也被称为生物信息学。科学家使用该库可以处理蛋白质和核苷酸序列,并可以研究有关基因到蛋白质翻译、基因组学、系统发育和大分子结构的数据。该项目得到了开放生物信息学基金会(Open Bioinformatics Foundation, OBF)的支持,其全球范围的贡献者得到了各种制药、医学和基因组学领域的资助。“BioJava是方法论和软件开发的一个热门选择,这要归功于Java的可用工具及其跨平台的可移植性,”Aleix Lafita及其同事在2019年发表的一篇题为“BioJava 5:社区驱动的开源生物信息库”的论文中写道。该论文进一步指出,自2009年以来,BioJava已经接受了65个不同开发人员的贡献,并且在过去的一年中,它已在GitHub上累积了224个fork和270个star,并且下载次数超过了19,000次。