又一天后，刘裕被放了出来。原来朝廷的诏命到了，册封刘牢之为建威将军，代替王恭接管兖、青、冀、幽、并、徐、扬七州及晋陵的军务。司马休之代表朝廷，与刘牢之握手言和，两下罢兵，各自拔营起寨，准备撤军。
刘牢之从军多年，虽然骁勇善战，却一直地位不高，只能任人驱使，今天骤得大权，十分高兴，提拔刘裕做了副将，将他引为心腹。
刘敬宣对父亲如此倚重刘裕十分不满。刘牢之嘱咐他和何无忌说：“无忌，敬宣，你们一个是我的外甥，一个是我的儿子，我难道不会为你们打算？当今虽然朝廷一统，可州郡各拥兵马，谁的兵多将广，谁的拳头硬，谁就能前途无量。无忌是个君子，敬宣，也不要再针对刘裕了。以后得以大事为重，咱们用得着他。”
刘敬宣道：“父亲，刘裕是个市井小人，您怎么知道他能为咱们所用？”
“为父大半辈子纵横沙场，难道连这么个毛头小子都收服不了？！敬宣，做大事，要大度，你想收服人心，那就得用人不疑，还得真金白银地去买，我就不信，我给他高官厚禄，给他兵马实权，他会不在我手下老实待着，还想投奔谁去？”
何无忌见刘牢之动气了，便想结束这番谈话，拱手答应下来。
刘敬宣也只得嘴上先答应，可他心里却始终记恨刘裕放走了桓道芝，坏了他的好事。
刘牢之随后提拔何无忌和刘敬宣也做了副将，而且立即在北府军大肆清洗，略有些同情王恭的人，都被他撤掉，换上了自己的人，北府军彻底姓“刘”了。
这一天，军队准备已毕，随时可以回京口。中军帐中，刘牢之例行公事，对满营众将嘱咐了几句，正要命人各自回营带兵，依次序陆续启程，有人送来一封军报。
刘牢之看罢，站起来，把军报扔到地上，一拍桌子，大怒道：“岂有此理！桓玄小儿，岂敢欺我！”
刘敬宣忙捡起军报一看，也惊怒道：“父亲，桓玄与我们好歹是亲戚，他竟上表为王恭申辩，请求朝廷诛杀我们！”
众将哗然。
刘裕问：“荆州兵现在到哪里了？”
刘敬宣又看了一眼军报。“桓玄与杨佺期已至石头城，殷仲堪已至芜湖。他们离建康已经不远了。”
众将纷纷议论。
刘牢之大怒：“传令，兵进石头城，老夫要与桓玄决一死战！”
众将皆惊。刘敬宣说：“父亲息怒，听说侍中司马元显已亲自去督战，还有前将军王珣。他们足以抵挡荆州，不会危及建康，我们还要插手吗？”
“谁管他建康怎样！桓玄与老夫作对，老夫要亲手砍下他的狗头！”刘牢之仍是十分震怒。
众将只得领命，大军集结，立刻出发，浩浩荡荡地向石头城方向开进。
走了不到一刻钟，司马休之就骑着快马追了上来。他只身一人，立马军前，拦住了北府军大军前行的方向。
司马休之在马上，向刘牢之行礼道：“听闻北府军开拔，却不是朝京口方向，晚辈想请教刘将军，您率军意欲何往？”
刘牢之对司马休之还礼，仍是怒气冲冲地说道：“本将军要去石头城，与桓玄决战。”
司马休之笑道：“将军，朝廷给您的是诏命，并非调令，将军当如约回京口。石头城，晚辈随后会去料理，不劳将军。”
刘牢之不客气地说破了休之的心思：“平西将军何必阻拦？本将军去石头城，是为国杀敌，并不是要假道伐虢，对朝廷不利。”
“将军不会这么做，晚辈也不会这么想。京口是我朝防御重镇，如今前线空虚，只怕北方会有异动。还请将军回去坐镇。”
“若有异动，早就动了。北方防线上，又不止京口一处重镇，连豫州都空虚了，平西将军还怕京口无人？”
“晚辈已奏请朝廷，新派了豫州刺史谢峻，现已到任，总揽军务。现在北边防线，只有京口空虚了。还请将军回师。”司马休之十分坚定。
刘牢之这才认真地看了他一眼，“平西将军可知道，老夫为何一定要去石头城。”
“王恭的首级现在悬于建康城门示众，足见朝廷信任将军，无论桓玄说了什么，朝廷都不会听，还请将军也不必在意。”司马休之仍是坚定地看着他。
刘牢之听了这番话，一腔怒火，才略有缓和。
“将军护国心切，晚辈会如实上奏，朝廷会明白您的一片忠心，还请将军以北府军防务为重，返回京口。晚辈送走将军，便立刻奔赴石头城助战，桓玄、殷仲堪之辈犯上作乱，晚辈也不会善罢甘休。”
刘牢之虽未与休之交过手，但听人说过，司马休之平日一介书生模样，上了战场却如凶神恶煞，令敌人闻风丧胆，有他替自己出这口恶气，自己又何必一定要去蹚那浑水？
刘牢之当下笑道，“好，老夫这就率军回京口驻防。平西将军，你单枪匹马，敢来阻拦老夫这数万大军，果然是有胆有识，名不虚传，老夫佩服。”
“不敢。晚辈只是想，将军与我同殿称臣，必然不会加害于我。将军，请！”休之伸出手臂，往京口方向指去。
刘牢之大笑，马上行礼：“告辞。”然后传令北府军调转方向，后队变前队，撤回京口。
司马休之目送北府军浩浩荡荡走了，他的随从才率一队人马追了过来。他们跑的气喘吁吁，上来行礼说道：“将军，好险！我们大军已出发往石头城去了，您自己一个人就折返回来，万一那刘牢之翻脸，我等还来不及赶到救援，将军可就危险了。”
休之说：“事发突然，来不及等你们了。走。”休之说完，一挥马鞭，带随从人马，折返向东，追上大队人马，然后星夜兼程，赶赴石头城。
待他风尘仆仆地赶到，都督司马元显已在议事厅里愁了两天了。前将军王珣也是一员老将，竟几次被桓玄和杨佺期杀败，全军军心动摇，竟有传言说桓玄才是真命天子，要攻入建康，代晋自立。元显大怒，杀了几个带头传谣的，还是止不住谣言。每天看帐中诸将人人哭丧脸的样子，若不是敌兵压境，元显恨不得把他们都杀了了事。
张法顺也在，仍是那一身青衣，一把羽扇，正向元显进言，“都督，如今豫州已败，北府军已降，只剩荆州军，他们孤立无援，不能长久，不如派人与他们媾和，以示朝廷恩义。”张法顺深知元显早就不想打了，可又要面子，只能捧着元显说他仁义，千万不能说打不过荆州。
休之从门外走进，闻言大怒，“张先生，你一介门人清客，何敢干预军事！”
张法顺被训得老脸一红，又怒又惊，不住地向元显使眼色。
元显见休之来了，就是见了援兵，这时也不觉得被打脸，更不会为了面子得罪休之，便也训斥张法顺说，“还不退下！”
张法顺只得灰溜溜地走了。他这次随军来，本来是想在军营里露个脸，将来好捞些功劳，谋个前途，却被司马休之当众训斥，前途就堪忧了，可眼下大军压境，他也不得不忍气吞声。
休之这才向元显行礼。
元显亲自扶他起来，格外亲热，“贤弟，愚兄日日盼你来，你可算来了，一路辛苦了。来人，设宴，为平西将军接风。”
“谢都督。”
“你我兄弟，何必见外，还是叫我‘大兄’。”
原来，不可一世的司马元显，也有这般和蔼可亲的时候。
“军中自有法度，愚弟不敢。”
休之没称元显“大兄”，却自称“愚弟”也算给了点面子。
“都督，不知现在战况如何？”
元显轻叹了口气，背过身去，示意王珣告知休之。
王珣满脸的疲惫，起来说道：“桓玄、杨佺期水陆军五万人，陈兵城外。殷仲堪大军也占了芜湖，正向此逼近。若不是石头城依山靠水，只怕早就被围得水泄不通了。”
元显悲愤地对休之说道：“你看看，这满营众将，谁不是久经沙场，竟然被桓玄那几个人连连杀败，一点办法都没有。我也是几天前才到的，一看这情况，真是叫我失望透顶。”
王珣只得率众将向他行礼：“末将该死。”
“要死，给我死到阵前去！传令，谁能杀败桓玄，本都督赏他官升三级，赏钱百万！”元显赌气说道。
众将唯唯诺诺。
司马休之说：“荆州军虽打了几次胜仗，但他们倾巢而出，劳师远征，历时数月，不能速胜，军粮补给、斗心士气总会有些破绽，未必不能一战。”
王珣说道：“都督，末将无能，这些将士们打了这么久，着实也无力再战。平西将军所部本是精锐之师，又刚刚灭了荆州，平定了北府军，挟数战余威，当可一鼓作气，杀败荆州兵，建此不世之功勋。”王珣是老资格，知道元显不想打仗了，悬赏什么的不过是做做样子，只是瞧不惯司马休之那年轻人的张狂样子，便故意挤兑他罢了。
谁知，司马休之一定要做这根先出头的椽子。“好。待愚弟先去查探敌情，再回来与都督商议对策。”
司马休之只休息了一夜，第二天一早便上了城头俯瞰敌阵。只见城下江水奔流，一望无际的战舰布满江岸，岸上还有数十里连营，船上营中皆是旌旗飘扬，分别写着大大的“桓”与“殷”字。
副将说：“将军，看来桓玄与殷仲堪已经合兵。”
司马休之点点头。
一连几天，元显、王珣等人每天见司马休之每天早出晚归，却并没有要打仗的意思，都私下议论，猜测司马休之也是怕了。元显便想如何给他个台阶下，两边讲和算了。
这天傍晚，元显来找休之，想跟他喝酒叙旧，随从却说，休之命人驾着一艘大船，开往桓玄阵中去了。
元显大惊，一边大声传令戒备，一边慌忙跑上城楼往下看，只见江上起了雾，茫茫一片，又见对岸一片火光，绵延数十里，就像天上的星河，是敌军阵营中的火把。江中也有点点灯火往对岸漂去，看那情形，像一艘楼船，又隐约听到有鼓乐声，休之如此大张旗鼓地去敌营，他是投降去了吗？元显恨得用拳头直捶城头垛口。
那时天色已晚，江面上风平浪静，江水深不见底。渐渐地起了微风，雾气稍散，敌营越来越近，敌军战船也越来越近，船上士兵人数多少，位置如何，战船如何排布，休之都看得清楚。
荆州军都被惊动了，在水岸沿途加设了不少火把，“警戒”之声此起彼伏，响彻四野，将领们纷纷出阵，船上、岸上都站满了，前排的士兵满弓搭箭，瞄准休之，只待上头一声令下，就要放箭。
司马休之站在船头，把这些情形一一看在眼里。他身边的随从浑身发抖，哀求休之回船舱去。休之摇摇头，反命他拿酒来。
于是敌军的注目下，司马休之在船头把酒慢饮，他一身便装，没穿铠甲，显得潇洒出尘，如天人降世一般。
不远处就是敌军旗舰，许多人簇拥着一个白衣将军走上了船头，也抚着船舷，往下望他。休之知道，那便是桓玄了。
两船最近时相距不到两丈。两人在船头，遥相对望，互相拱手致意。
休之想象不到，桓玄如今看着自己这个昔日好友，是何种心情。他想起当日上元节朝会，他与桓玄志同道合，相约辅佐朝廷，没想到，再见面，已经是两军对阵。休之怪自己看错了人。
正想着，一支冷箭射来。休之闪身一躲，脸上还是被箭尖划破，休之用手摸了一下伤口，见已有血迹，便冷笑一声，更向前迈了一步，大声说：“桓军箭法，不过如此。”
随从们忍着惊恐，大声喊了两遍：“桓军箭法，不过如此！”
就听旗舰上桓玄大喊，“住手！谁让你射的！”
随后桓玄身边的将官向不同方向喊话，“桓公有令，不得放箭！违令者斩！”靠近旗舰的船便再依次向远处其他船只喊话。
在一声接一声的喊话中，休之的楼船从容不迫地驶出桓军水阵。随从费了半天劲，才从楼船桅杆上拔下那只冷箭，呈给休之。休之结果一看，箭杆上刻着“刘毅”二字，半天才想起了这个老部下，哼，既然随侍在桓玄左右，多少也是个人才吧。