元代的教育制度大体上与唐宋时代相同，学校分为中央学校和地方学校两大类。中央学校有国子学、蒙古国子学、回回国子学，地方学校有路学、府学、州学、诸路小学、诸路医学、诸路蒙古字学和诸路阴阳学等。诸路医学有专门的提举司管辖，直接隶属于太医院；学官有提举，负责行政，另设教授，专门负责讲授医学。

元代战争频繁，战斗中骑士最容易因坠马而造成骨折和脱臼，所以，当时骨科和外科颇受重视。加上13世纪中叶阿拉伯医学正骨术的传入，因此元代的骨伤医学有了很大的发展，正骨科也发展为独立的学科。

元代的专业设置分科较细，初为13科，即大方脉、风科、妇产科、小方脉、口齿科、咽喉科、眼科、杂医科、金疮科、正骨科、禁科、祝由科和针灸科。后将大方脉和杂医科合并为大方脉杂医科（内科），口齿科和咽喉科合并为口齿兼咽喉科，禁科和祝由科合并为祝由书禁科，新设疮肿科，加上原有的小方脉科（小儿科），风科（神经精神病科）、眼科和针灸科等，共为10科。

与唐代相比，元代专业设置突出二级学科的建设，并根据实际需要和医学发展做出了必要的调整。

课程设置方面，此时出现一种趋势，即注重医学生基础知识的传授和综合素养的养成。当时曾一度要求医学生“须通四书，务要精通”，并认为医者“必须通晓天地运气、本草药性。运气则必当通晓易道之微；药性则博通《毛诗》《尔雅》之名物。又医者论病以及因，原诊以知证，凡《尚书》《春秋》、三礼等书，固当通晓。”由此可见当时医学教育的准则及其对儒理学问的重视。

关于各科医学生应当学习的专业课程，元代已有专业基础课和专业必修课的划分。各科应以《皇帝内经素问》《难经》和《神农本草》等书作为必修之专业基础课；至于专业课，《圣济总录》一书共200卷，其中各论按疾病分类为66门，每门有统论和分论，元代医学教育要求不同科的医学生学习《圣济总录》中本科相应卷数，以此作为本专业的专业必修课。

元世祖忽必烈至元八年（公元1271年），规定每三年选试一次太医，考试日期各路定为八月。中试后，于次年二月到京城参加省试，省试合格者，奏明朝廷，收充内医，承应差事；府试中选者，补充随路学官，听从省试收补录用。

即使当了医生，每三年仍需参加一次大考，考试合格者方可继续行医。可以说，这是我国执业医师考核制度的发端，就时间而言，比西方医师规范考核早了几个世纪。这一做法，既可以规范医师标准、提升医师水平，也可以提高医学教育质量。

金元时期医学界一个较为突出的变化是医学流派的出现和形成。清代《四库全书》记载，“儒之门户分于宋，医之门户分于金元。”金元时期由于医家们所处的时代、环境、条件不同，临床经验不同，因而学术主张也不同。当时形成了以金元四大家为代表的不同学派学术争鸣的局面，这对活跃学术氛围、丰富医学内容、推动医学发展都有很大作用。

元世祖至元二十二年（公元1285年）出现的三皇庙会，可以说是我国历史上最早出现的医学学术交流活动。根据至元二十二年的规定：每月朔（初一）、望（十五）日，大家齐到三皇庙（医学校），先在圣前焚香礼拜，然后说出各自所行科业，治过的病人；再相互讨论其病因和治疗方法；由各人写出自己曾经治愈病人的姓名、疾病、治法和药方，交予本路教授。然后由州、县医官每月呈报上一级医官讨论。到年终，汇总反馈至本路医学教授，以评判优劣和等第，再呈报上级备录。这种以医学校为基础的医学学术交流活动，对活跃学校学术研究气氛、提高医疗和教学研究水平非常有益。