历史地看，中国近代科学观念变迁的源头，可以追溯到明清之际。这一时期，随着传教士的东来，中西文化开始了具有历史意义的接触。传教士的本意当然是为了布道，但异域信仰与中国固有观念之间的紧张，使外来教义的接受与流播一开始便面临着种种困难。为了叩开华夏精神世界的大门，传教士不得不借助某些宗教之外的手段，科学便是其中重要的一种。相对于终极层面的信仰，科学无疑更多地具有普遍性的特点：信仰作为价值追求，在不同的文化圈可以呈现极为不同的向度，但科学原理却常常超越了价值取向上的差异而普遍地适用于不同的文化圈。科学的这种普遍性品格，使它对不同文化背景下的知识界都可以产生某种向心力；而以科学的引入为前导，则多少能够缓解价值冲突对传教的心理排拒。这样，形而上的天主学说与形而下的科学便戏剧性地走到了一起，二者的这种交融和纠缠，似乎也预示了明清之际中国知识界对科学理解的多重向度。