马克思说:任何知识领域的发展，不可能不否定自己的存在形式，缺乏辨证的否定，新知识、新事物就得不到充分的发展，将造成学术的老化。思忖中医药近年来的发展，不能不感到忧虑。中药功效认识的成熟经历了一个漫长的岁月，由于历史条件的限制，其存在问题在所难免。以下即从功效认识方法及理论上的局限性进行讨论。

中医对药物功效的认定从方法学的角度审视，实质上是采用黑箱方法。黑箱是现代控制论使用的概念，是指内部结构尚不能(或不便)直接观测，但可以从外部去认识的现实系统。从认识论来讲，世界不存在永远不可被打开的黑箱，但从方法论角度来看，有许多应该打开的现实系统，由于手段和条件的限制，不得不把它作为黑箱来研究。或有些现实系统完全有条件打开，但为了保持其完整和研究的精确严格，也不得不把它作为黑箱来考察。在古代，人类只能依靠感觉器官的直观认识，从宏观整体水平来考察对象。在医学上，由于人体结构与疾病过程的复杂性，决定了中医运用黑箱方法的必然性。如中医辨证施治带有黑箱方法一些最基本特点(它不打开人体，不着眼于揭示内部结构，而在保持人体整体性、运动性的前提下，从外部联系和变化来考察人们和疾病过程的内在规律，其原理与现代黑箱方法是一致的，在本质上是科学的)。而对中药功效总结与归纳实际上也是建立在黑箱方法的基础上，它是将方药作为“小黑箱”输入人体“大黑箱”，考察其对整体的动态调节效果。即以药物作用为信息输入，并从其机体反应的信息输出过程中，结合中医理论，通过思辨的归纳，从而取得药物在机体(大黑箱)内部发挥的作用(主要是中药功效)的认识。

黑箱方法，“黑”是它的长处，但也是它的“短”所在。它撇开了系统内部的结构和物质内容，只考察其外在功能表现和信息变化，必然有其局限性。具体地说，其一，离开物质和能量谈信息，必定不完整、不深刻。其二，从输入输出推导系统内部联系，由于系统的结构复杂，从一组或几组输入与输出的相关性来推知系统内结构和联系是困难的。其三，任何系统的输入与输出都是多维的，用黑箱方法研究事物时只用了一项，忽略了其他，必然带有片面性。更何况虽然是“有诸内必形诸外”，但“病有内同而外异，亦有内异而外同”(《千金方·大医精诚》)，输出和状态缺乏一致联系的情况也较常见，因此，系统的能观性较差，即人体系统状态通过输出量观察的可辨程度低，所有这些方法上的局限又必然反映到中药功效上。

中药功效的归纳采用黑箱方法，由于没有白箱方法的补充，这使中药功效整体性特点停留在自然哲学思辨的水平。对事物的认识直观猜测成分较多，而朴素方法的直观性又限制了对药物作用认识的深度与广度。认识的范畴只能是事物外表现象，或粗糙的形质部分，不能深入了解事物内部深层次的联系。即如明·缪希雍所述:“同一苦寒也，黄芩则燥，天冬则润……柴胡苦寒而升，龙胆苦寒而降;同一咸也，泽泻则泻，苁蓉则补，海藻昆布则消而软坚，马茎鹿茸则补而生齿……”(《本草经疏·药性差别论》)，对存在的这一现象，缪氏发出了“良难究竟”的感叹(“其为差别，本自多途，其间厚薄多少，单用互兼，各各不同，良难究竟”)。清·徐灵胎亦有类似论述:“如同一发散也，而桂枝则散太阳之邪，柴胡则散少阳之邪;同一滋阴也，而麦冬则滋肺之阴，生地则滋肾之阴”(《医学源流论》)，认识到药物作用对机体部位的选择性，但为什么药物之间具有不同选择性，内在机制如何，则“不可解也”。再如对一些药物功效如石膏之“除烦”、黄柏之“坚阴”，山豆根之“止痛”，紫苏生姜之“解鱼蟹毒”等，是药物直接的功效还是隔一隔二的效果，均没有一个令人满意的答案。又肉桂、附子均具有“补火助阳”功效，桑白皮、葶苈子均具“泻肺”功效，但在这相同功效后面，药物间作用机制及临床应用是否也完全相同，均还有待进一步研究。

对药物作用认识的不深入又反映在古代本草对药物牵强的解释上，诸如“连翘似心而入心，荔枝核似睾丸而入肾之类”(《本草备要·药性总义》)，“丹砂正赤，为纯阳之色，心属火，色赤，故能入心，而统治心经之证”，“百合色白而多瓣，其形似肺，始秋而花，又得金气之全者，故为清补肺金之药”等，所有这些又很自然地陷入了“用理想的幻想的联系来代替尚未知道的现实的联系，用臆想来补充缺少的事实，用纯粹的想象来填补现实的空白”(《马克思恩格斯选集》第四卷)的泥潭。张元素的桔梗“舟楫”之说也是“用纯粹的想象来填补现实的空白”。他说(桔梗)“譬如铁石入江，非舟楫不载。所以诸药有此一味不能下沉也”。此论一出，人多宗之，凡属上焦之病，为必用之品，至清·王学权始提出异议:“昔人舟楫之说，最易误人。夫气味轻清之药，皆治上焦，载以舟楫，已觉多事，质重味厚之药，皆治下焦，载以上行，更属无谓”(《重庆堂随笔》)。现代方剂学尚保留桔梗舟楫之说，如血府逐瘀汤、参苓白术散、天王补心丹之桔梗。其实三方使用桔梗均与古人对桔梗作用认识相关。《神农本草经》桔梗“主胸胁痛如刀刺，腹满肠鸣幽幽，惊恐悸气”，从药理研究看，桔梗能镇静、镇痛，抑制胃液分泌和抗溃疡、抑制肠蠕动。对上述诸方方义的阐释，若以桔梗实际作用为依据似较“舟楫之剂”“引药上行”等更为允当。

虽然古人采用了比类取象等方法对药效进行简单说理，但由于药物形质气味与药效间并无必然的联系，所以这种解释也只是对一部分药物适宜，不能穷尽所有药物或一味药物所有效用。徐灵胎在《医学源流论》中也不得不承认“药之治病，有可解者，有不可解者”，“虽圣人亦必试验而后知之”(《神农本草经百种录》)。并发现“药中此类极多”(同前)。顾焉文《本草汇笺》也说“药之治病，尝有不可解者，原不必强解之，阙之可也”。中药用药形式有单方及复方，但以复方的形式施诸临床乃是主流。有道是“药有个性之特长，方有合群之妙用”，所谓“数味相合，自有一种功用”，复方的应用给单味药物功效的归纳带来了一定困难。这使得对一些药物功效提炼上带有片面性，如因小柴胡汤和解少阳而误柴胡“透表退热”为“和解退热”;因小青龙汤、苓甘五味姜辛汤等治寒饮而误细辛“止咳”为“化饮”;因蠲痹汤治风寒痹证而误姜黄“活血化瘀”为“外散风寒”。而诸如血余炭之“补阴”、皂矾之“杀钩虫”、白附子之“燥湿化痰”、礞石之“消痰”、花蕊石之“化瘀”等，是否确有其效，值得怀疑。徐灵胎针对中药功效存在这类问题中肯地告诫后学:“若后世所增之方则尤不足凭者，至其诠释，大半皆视古方用此药医某病，则增注之;或古方治某病，其药不止一品，而误以方中此药为专治此病者有之;更有以己意测而知者;又或偶愈一病，实非此药之功，而强著其效者;种种难信”(《医学源流论》)。

还应当看到的是，中药功效在认识上所采用的黑箱方法，与现代黑箱方法尚有一定距离。中药功效在归纳上多是回顾性总结，缺少有意识，有目的的前瞻性观察。没有进行严格的实验设计和统计学处理，而揣测药物在机体内部发挥作用上也不具备严格的逻辑结构。因此，中药功效在片面性方面存在的问题实际上较一般意义上的黑箱方法还要严重。元·王安道《医经溯洄集》明确指出“凡用药治病，其既效之后，须要明其当然与偶然。能明其当然与偶然，则精微之地，安有不至者乎?惟其视偶然为当然，所以循非踵弊，莫之能悟，而病者不幸矣”。

从《神农本草经》载药365种到现行《中药大辞典》收药5767味，药物总数增15倍而有余。药物的功效也由无到有，由少到多，由简单到复杂，并形成了现代中药功效立体网络。其变化可谓不小。徐灵胎解释说:“迨至后世，一药所治之病愈多而亦效者，盖古人尚未尽知之，后人屡试而后知。所以历代本草所注药性较之《神农本草经》所注功用增益数倍，盖以此也”(《医学源流论》)，然中药功效的发展，除依赖于用药实践外，还受到中医理论的制约。即药物的应用需经中医理论“加工”才能上升为功效。随着用药经验的积累，主治范围的扩大，一些药物作用由于与传统认识或基本理论发生冲突而不能上升为大众所能接受的功效。如乌梅与诃子，药性收涩，对久泻泻痢，正已虚而邪不甚者，发挥“涩肠止泻”功效。而对痢疾之初，正盛邪实，单纯收敛之品有“闭门留寇”之嫌，故宜禁用。然实际的情况却并非如此，《本经逢源》乌梅“今治血痢必用之”。临床应用表明两药对痢疾早、中、晚期均有较好作用。怎样看待乌梅、诃子治痢作用?在“涩肠止泻”不能包容这一主治时，是否该由这一新应用升炼新功效，却有待认识的进一步深入与统一了。

再如大蒜，从《名医别录》始即认为性“温”，且古人对大蒜辛温之性非常强调，《医林纂要》《随息居饮食谱》等甚至认为“性热”，《本草经疏》“凡肺胃有热，肝肾有火……均勿沾唇”。但大蒜对湿热痢疾疗效卓著。对于热毒疮痈，内服外用均有较好疗效。对这些应用，怎样归纳出功效，可能有待理论的深化与突破。

中药功效从近代开始进入了系统整理与研究阶段，由于现代科学的介入，新方法、新手段及新仪器等被广泛采用，药物新剂型的引进与研究，中药新功能也在不断被发现被认识。可以预言，随着现代科学理论、技术的渗透、引进，将会有越来越多的现代科学术语成为中药新功能的表述工具。而这些术语往往没有适合的传统功效语言可以替代，如苦参升白细胞，汉防己肌松作用以及青皮、枳实升压抗休克作用等。免疫药理也是一个例子，许多中药具有促进(或刺激)免疫功能的作用。有人指出增强免疫功能是中医扶正固本理论的物质基础。也有认为增强免疫与扶正一致，抑制免疫与祛邪一致。但是大枣是补益药，却具有免疫抑制作用;南五加扶正固本，却有明显的抗排异作用。特别是一些药物所表现的“免疫双相调节作用”则更加不能与补泻功效直接联系。这种传统中药功效所反映出在理论上容量的不足是一门古代科学相对于现代科学必然的局限，是历史的必然。

另外，金元时期学术争鸣，促使当时论治模式从辨病或辨症论治为主转向辨证论治为主，使临证医学由重经验转而重视理论。这淡化了人们对病的研究，阻碍了中医对病认识水平的提高。对药物作用的观察也从“对病”或“对症”的应用转而重视“对证”功效的总结，这种转变又形成了后世“对证”功效为主流的中药功效网络。客观上造成了“对病”应用不能向“对病”功效转化(事实上中医没有形成“对病”的功效系统)，而“对证”功效与“对病”功效在临床却相互不能取代。从“异病同治”的角度去审视两类功效，因辨证施治原则要求，只要“证同”，病虽异，治亦同。故“对证”功效主治疾病范围较对“对病”功效更广泛。治疗上只针对“证”而不重病。然而不同疾病有不同特点，即便“证”同，由于各疾病在发生发展上的差异，必然在同“证”后面隐藏着不尽相同的因素。“对证”功效在遵循“异病同治”时，不可避免地要忽略疾病的特殊性。治疗上必然有一定局限性，而这种局限性本当由“对病”功效予以弥补。但金元证治模式的转变致使“对病”应用仅被内化为“对证”等功效而没有独立地发展起来。后世功效系统对药物应用经验的归纳并非完美无缺，药物主治升炼受理论制约，同时，一些虽临床卓有成效的应用，因在“证”或“症”等方面难以找到直接的联系(如桔梗“主腹满肠鸣幽幽”、威灵仙治“诸骨哽咽”)，从而不能上升为功效。经验仍以主治的形式流传。而功效项对这些应用的概括缺如。如《中药大辞典》把功用与主治列为一项而未单列也解决不了这一现实的问题，事实上此类情况在古代本草及方书中大量存在。而问题是随着功效在临床中药学核心地位的确立，人们已习惯从药物功效入手选药，这又不可避免地造成对那些尚未上升为功效的应用经验的遗弃，所谓中医“乏术”与“失传”，这不能不说是一重要原因。