许多人自以为在思考，其实只是安排自己的偏见。
——希腊谚语
按说他最不该在这个时候踏进新疆，因为此时，已经占领了大半个新疆的阿古柏[20]与大清西征军前敌总指挥、湘军统领刘锦棠激战正酣。而且，刘锦棠率湘军刚刚攻陷了阿古柏在天山以北最后的堡垒——玛纳斯（Manas）[21]南城，吐鲁番（Turpan）[22]危在旦夕，塔里木的门户库尔勒已经从阿古柏的陪都，变成了战线纵深的防御枢纽。
心大到“用半只蚯蚓就能钓起整条塔里木河来”的阿古柏，是一个名副其实的中亚狂人。作为原中亚浩罕汗国（Khanate of Kokand）官员，阿古柏一直在打亲英与亲俄两张牌，他在新疆立足的基础，就是背靠英俄，对抗大清。考虑到最近战局不利，阿古柏随时有可能请躲在背后的俄国人出面调停。所以，他此时肯定不能冒犯普尔热瓦尔斯基，可他也绝不放心让这支全副武装的所谓考察队，接近自己空虚混乱的战区。于是，闻听普尔热瓦尔斯基进入南疆，他便派出精通俄语的亲信扎曼伯克，前往“陪同”俄国考察队。阿古柏给扎曼伯克交代的任务是：一直陪着他，不能让他接近我们的防区，最好把他引到偏僻荒凉的罗布泊周边去。
扎曼伯克带领几十名随从一到，普尔热瓦尔斯基就失去了自由，不但考察路线需征得“陪同者”同意，就连与当地居民交谈，都要由“陪同者”亲自翻译。
对此，普尔热瓦尔斯基只能耸耸肩，表示接受。好在，这位“陪同”精力充沛得吓人，他在陪同普尔热瓦尔斯基的几个月里，竟然在罗布荒原里一连娶了四次亲，其中最稚嫩的“妻子”才九十公分高，年仅十岁。除了自己忙活，“陪同”也看出，普尔热瓦尔斯基对战争毫无兴趣，也就给了他一定的自由活动空间。这样一来，普尔热瓦尔斯基渐渐摆脱了对方的纠缠，开始一心一意地从事自己钟情的考察事业。
这支庞大的考察队伍，从库尔勒涉过塔里木河，对塔里木河下游地区进行了认真而细致地考察。塔克拉玛干（Taklimakan Desert）[23]沙漠东南的许多古城，是他首先标注在地图上的，如且末的阔那沙尔古城、若羌的瓦石峡古城等。他还推测，米兰遗址（Minlan）[24]就是马可·波罗到访过的罗布城。后来，马尔克·奥莱尔·斯坦因（Marc Aurel Stein）否定了他的这一浪漫假说，因为米兰遗址根本没有元代文物，最晚的遗存属于唐代。
期间，他在罗布荒漠里闯入了“一座极大的城市”，但他是一个动物学家，对考古学兴趣不大。他继续走他自认为重要的路，从而把一个极其重要的发现权拱手让给了下一个探险者。
一天，他在阿尔金山（A-erh-chin Mountains）[25]北麓60公里的区域，见到了两处湖泊，当地人称“喀喇布朗”[26]和“喀拉库顺”（Kalakuxun）[27]。
他躺在苇草上，眯着双眼，耳边仿佛能听到蚂蚁排队行走的脚步声，脑子却在不停地回旋：古史中的罗布泊，是一片碧波荡漾、群鸟翔集的巨大湖泊，可眼前的喀拉库顺深度只有一到两米，有的地方已经露出湖底。而塔里木河最终注入的，明明就是眼前的淡水湖——喀拉库顺。这里到底是不是罗布泊呢？
你可以怀疑一切，但总不能怀疑自己的眼睛吧？最终，探险家的直觉告诉他，眼前的喀拉库顺，就是自己孜孜追寻的罗布泊。
随后，考察队对“罗布泊”进行了地理测绘，结果发现，这座湖在阿尔金山北麓，其地理位置比《大清一统舆图》[28]上标注的纬度偏南大概一度，相差400公里。
回国后，普尔热瓦尔斯基出版了《从伊犁经天山到罗布泊》一书，声称找到了罗布泊，提出塔里木河的终点湖就是喀拉库顺。并且，他凭着俄国人一贯的自负和对大清的不屑，公开断言：“大清地图有误！”
他的“地理新发现”，在国际地理学界激起了轩然大波。因为在欧洲地图上，从罗布泊向南直到昆仑山（Mt.Kunlun）[29]都覆盖着沙漠，根本没有什么阿尔金山。再加上他对罗布泊位置的“准确”测绘，等于纠正了地图上的一大错误。于是，欧洲地理学界颂声迭起。德国地理学家贝姆（Ernest Behm）博士在东方学杂志《通报》上撰文说：“笼罩在罗布泊上空的乌云终于被驱散，我们不久将看到地图上这个湖的位置和它的实际位置相一致了。谁曾料想到，这个湖泊的南边竟然是高耸入云的山脉？我们关于戈壁沙漠的概念也将随之改变。”
由于他对塔里木盆地的测绘符合俄军要求，加上他在地理学上的新发现，俄国给了他极高的荣誉——彼得堡科学院聘请他为名誉院士，甚至俄军竟然将他由一名退役中尉破格晋升为少将。这相当于一名因得不到晋升而退役的老连长，直接晋升为军长。这恐怕在世界军事史上都是绝无仅有的个案了。
就在他被丛丛鲜花包围的时候，有人扔来了一颗臭鸡蛋。