“零号机驾驶员已经失去意识！”
“快弹出插入栓！”
“LCL 紧急排水。”
初号机把水中的零号机捞出，强行拔出插入栓，再把零号机的插入栓小心平放在地面，打开插入栓的紧急出口。
“绫波！你怎么样了？！绫波……绫波！”真嗣抱起绫波柔弱的身子着急道。
绫波纤长的睫毛抖了抖，缓缓睁开了红眸，眼神带着喜悦。
地面是染红的焦土，在热气下散发着一股恶心的甜腥味。
“我没事。”
绫波喘了一会儿，看着真嗣担心的样子，不由得心里一暖，回想起真嗣那幅带着笑容的画像，不由得微笑起来，像绽放的昙花般美丽。
这个世界上有两个人的微笑最珍贵，一个是蒙娜丽莎，另一个就是绫波丽了。
“没事就好，以后别说再见那种诀别的话……”真嗣的视线逐渐模糊起来，“我好像看到绫波的微笑，也许是眼花了……”，刚才的战斗实在太烧脑了，特别是在最后的时刻，计算力透支了，现在大脑在自我保护机制下强制关机了。
之前的绫波像一张白纸。
她不知道这个身体是什么。
她不知道自己的真实身份是什么。
她不知道自己活着的原因以及追求是什么。
她什么都不知道……
毫无情感交流，哪怕她有多渴望交流，多渴望爱与被爱，她也无法识别这种情感，更无法为之付诸行动。没关系，这就是老碇想要的状态，够用了，够可靠，也不会引起怀疑。
在NERV僵硬封闭的环境下，绫波丽则冷静地思考着，用着异常理性类似机械的方法来感受这个世界，无用的事不去做，浪费时间的事不去做。所以在他人面前，她从头到尾都是三无。
直到她遇到了真嗣，被迫与他人互动和接触，才意识到“情感”这种复杂的体验。绫波丽的微笑，代表着她的心已经开始解冻。
这大概是她第一次知道内在的情感。
这大概是她第一次知道内在的情感可以表达出来。
这大概是她第一次向他人表露自己的情感。
翌日。
办公室里，老碇正在跟一个男的通话。
“又要欠你人情了。”老碇说，整张脸藏在背光阴影里。
“反正你也不打算还了吧。”对方调侃道，“这是他们以情报公开法为由索要到的资料。但已先混入了假情报。关于那个计划，这边要不要也设法处理？”
“不用，照你的资料来看，应该不会有问题。”老碇道。
“那么，按照剧本行事吧。”对方挂断了电话。
NERV 所属中央医院病房里，真嗣悠悠醒来时，已经是下午三点半了。
“嘶……头好痛，感觉想死……”真嗣只觉得像通宵干了一夜苦力，现在浑身酸软无力，完全不想动。
旁边忽然传来翻书页的声音，真嗣侧头一看，是绫波守候在一边，正好背光看到女神的侧颜。
殷红的眸子不喜不忧，宁静安谧；不急不缓，纯真柔软。
她穿着校服低头俯身坐在椅子上，也许是坐累了，右腿伸在前边，鞋跟轻轻地点地。大小腿的外侧形成了弧，圆柔和顺，好看得就像白鹭撑开了臂弯，左腿却是向里缩垫着脚尖，少女的腼腆可见一般。
而且这款校服的样式，据说是源自老一代女演员的某部作品……真嗣的视线慢慢往上移动。她的双手臂肘亦紧贴腹腰，左手拿着一本书看得入神，右手却柔弱无力般，手背在外，掌面向着心肝。
真嗣看呆了，只想永远守护女神这份宁静安逸。
“还是让绫波受伤了……”真嗣痛恨自己的无能，又觉得自己配不上女神的拼命保护，无以为报……原剧情的绫波，就为废柴真嗣牺牲了两次！
第一次是为了保护废柴真嗣而选择与子宫天使同归于尽，自爆身亡，只留下一只烧焦的手。
第二次是继承了２号绫波情感的３号绫波，明明没有跟真嗣之间的回忆，却莫名地流泪。最后，为了真嗣的呼唤（惨叫）而选择自我牺牲，背叛老碇并融入莉莉丝的身体，从此人神永隔，再也无法跟他作为伙伴一起生活和战斗了。
“绫波……”
“你醒了，感觉怎样？”绫波放下手头的书。
“还好，你没受伤吧？”真嗣尝试坐起来，薄薄的毯子滑落，露出结实的上身肌肉，甚至能看到两条明显的人鱼线……以及六块腹肌。
“我没事，早上就醒了。”绫波侧头答道，显得不好意思的样子
真嗣默默拉起了毯子，不知道是不是医院的大妈帮忙脱的衣服。
“谢谢你一直陪在我身边。”真嗣是发自内心的，别人对他一点好，他都强烈地想要回报对方，何况女神救了他，现在只想把自己整个世界都给她。
“这是我能做的……”绫波的表情一向清冷，但真嗣却能在那双殷红的眼睛里读到信息。
“对了，该吃药了。”绫波拿出一小袋药丸。
“我要吃什么药？”真嗣疑惑了。
“不是，这是我的药。”绫波仰头吞下一口药丸，细嫩的脖子白得耀眼，让真嗣背光的面部蒙上一层柔光。
“你一直都要定时吃药吗？这个药有什么作用呢？”真嗣想了解更多信息。
“这具身体，是赤木博士维护的。”绫波像在描述一个普通的物品，“如果不吃药，就无法维持，会崩溃的。”
这与真嗣了解到的有些区别，小Q从傀儡系统获取到的，有一部分信息是关于绫波的身体维护的，其中提到了“压制本能”的信息，但没有详述，仅仅只言片语，难以琢磨。
“咕噜噜……”真嗣的肚子开始叫唤，真嗣这才感觉饥饿难耐，毕竟睡了大半天。
“我帮你叫营养餐吧。”绫波暂时离开了。
“小Ｑ，NERV 那边有什么新信息吗？”真嗣戴上耳机，开始通过文字信息与小Q交互，表面看起来是在玩手机。毕竟这里耳目众多，鬼知道还有什么隐藏的监控设备。
“有一份文件是关于日本重化学工业共同体所研制的机器人，名为J.A.，全名为‘Jet Alone’。”小Ｑ继续显示，
“这是从删除缓存里截获的，来自司令办公室的终端。相关语音通话记录如下……”小Q播放了老碇与他人的加密通话。
“这样啊，看来J.A.的破坏计划已经部署下去了，老碇决不允许有任何机构挑战NERV的地位，让J.A.在公开测试中出大问题无疑是打脸妙计。”真嗣分析道。
“如果我把这个情报泄露给国会高层，相信会发生一些有趣的事情……”真嗣开始当搅屎棍了。
由第二次浩劫引发的世界经济的混乱与崩溃，至2015年亦无法完全恢复。此时的日本经济，由于水位上涨，平野被淹没，工业生产的确是遭到了致命的打击。然而，国土复兴的工程所消耗的物资，简直就是天文数字，所以政府与民间企业，一直将吞食了大量资产的对使徒军事企业视为大敌，故始终都在寻找可替代 NERV 的廉价企业。
除了国会高层反对势力外，也有许多其他组织看不惯 NERV。而且 EVA 对付使徒的效率不显，稍有不慎便造成大灾害，还存在暴走这个大bug，被敌对方定义为半失控的吞金怪兽，维护费用惊人。
迎战使徒并非只是NERV一家独大，无数的企业都想在这乱世之中分得一杯羹，这些企业的目标是研制出胜过EVA的机器人，欲借此取代NERV，也无非是对于名利的盲目追求而已，老碇当然要杀鸡儆猴。
为此在军方和政府的支持下，民间团体也推出了迎击使徒专用无人驾驶机器人J.A.，真嗣很想看到这个无人机甲对付使徒是什么样的表现。