恩师索布恰克竞选市长失败后，普京不愿意为新的圣彼得堡市长效力，于是离开市政府。在经历了短暂的失业后，他准备自谋生路，开始新的生活。就在这时，他人生的另一位贵人出现了。一天，曾与他在圣彼得堡共事的阿莱克塞·鲍尔萨科夫给他打来电话，邀他去莫斯科。于是，普京来到了莫斯科，在毫无预兆的情况下，走向了通往权力的巅峰之路。他先是出任总统事务局副局长，负责管理政府外贸事务。后被任命为总统办公厅副主任，一年之后，升任办公厅第一副主任，并逐渐得到叶利钦的赏识与器重。1998年7月，叶利钦任命他为联邦安全局局长。联邦安全局其实就是克格勃的延续，但那时，联邦安全局已成为国家十分重要的强力机构。就在这里，普京展示出了他强硬的行事作风。他在各个方面都拥护叶利钦的政策，并帮助叶利钦打败对其政权有着严重威胁的联邦总理普里马科夫，使叶利钦安然无恙地坐守总统宝座。他的能力与忠诚，也使得他成为叶利钦心中无可替代之人，他成了叶利钦领袖的防御“钢盾”。
莫斯科来了一匹黑马
由于不愿意为新的圣彼得堡市长效力，普京经历了一段时间的短暂失业。但为了养家糊口，他还得出来自谋生路，开始接下来的生活。
上帝总是把机会留给那些有准备的人。1996年，好的机会又一次降临到普京身上。这天，普京手里拿着飞机票正准备登机，到外地寻找之前的旧交，准备做一些养家糊口的小买卖。就在这时，电话铃声突然响了起来。电话的另一头正是原先在一起共事的圣彼得堡副市长——阿莱克塞·鲍尔萨科夫。“听着，弗拉基米尔，你是否打算到莫斯科来？”他问道，“明天我要去见一个非常重要的领导，主要也是谋一份差事，不知道你有没兴趣一起前往呢？”从他的口气中可以听出来，这个一度在莫斯科大街游荡的家伙此时此刻是非常兴奋的。
原来，此时的鲍尔萨科夫已经在叶利钦身边担任了国家副总理。就这样，普京应鲍尔萨科夫的邀请，来到了首都莫斯科，并担任了总统事务局的副局长，专管法律处和俄罗斯境外财产以及政府外贸的相关事项。
1997年3月份，普京又被任命为总统办公厅副主任兼监察局局长一职。这个总统办公厅和总务局可不是一个概念，总务局主管的是具体的物，即房子和房子有关的具体事项，而办公厅则是专门为总统服务的专职部门。
1998年5月，普京得到总统叶利钦的器重，并开始担任总统办公厅第一副主任，在这个过程中，普京与叶利钦建立起了“家人”的关系。叶利钦曾在自己的回忆录《午夜日记》中说过，自己身边的波雷耶娃、丘拜斯、亚历山大·沃洛什、瓦连京·尤马舍夫等人是他的家人。同年7月，普京又被叶利钦任命为联邦安全总局局长。俄罗斯联邦安全局主要是由联邦安全局和对外情报局组成，从某种层面而言，这两个机构就是克格勃的一个缩影，不过这两个机构已经脱胎换骨，成为了俄罗斯十分重要的强力机构。当时的普京军衔不过是预备役中校，叶利钦想把他提拔为将军，可是普京并没有接受叶利钦的这一想法。因为，普京心里明白，从一名中校直接提升为将军，是很不合适的，即便是少将也是不可能的。普京以预备役中校的身份管理联邦安全局让很多人不服气，但普京根本就不在乎这些。上任当天，普京就站在俄罗斯联邦安全总局的大楼，当然也是过去克格勃的总部大楼，说了一句话：“我回家了！”
起初，安全局的其他工作人员对这个任命有着强烈的不满情绪。但在接下来的工作中，他们发现，普京的确是一个业务精通、善于管理的好领导。普京在任期间，对安全总局的机关部门进行了一系列的大改组，将中央机关原有的6000人一下子精简到了4000人，同时还在地方加强了该机关的力量。
1998年9月，叶甫根尼·普里马科夫出任俄罗斯联邦总理，左派人员开始进入政府部门，并且构成了政府核心。普里马科夫对左派人员还是有一定好感的，他一直寻求得到被左派控制的议会支持，同时还通过实际措施提高人民的生活水平，遏制经济的下滑状态。一时间，普里马科夫的呼声明显增高，叶利钦的支持率受到了挑战。
而那时，叶利钦正遭受着国家杜马议员的弹劾，这些杜马议员主要对叶利钦进行了5个方面的质控，主要包括：瓦解苏联、炮打白宫、发动车臣战争、搞垮军队以及军工企业、对俄罗斯人民进行种族灭绝等，并把此项指控交到了杜马理事会审议。加之俄罗斯国内的经济形势逐渐恶化，因此国内“倒叶”的呼声一浪高过一浪。这时，普京又一次显示出了对上司无比忠诚的态度，他没有考虑离开叶利钦，而是帮他度过了重重危机。
1999年3月初，叶利钦一心想要免去总检察长尤里·斯库拉托夫职务，可是遭到了联邦委员会的一致反对。普京为了帮助叶利钦实现这一夙愿，亲自上阵。作为一名资深的克格勃人员，查找斯库拉托夫“不妥”的证据可谓是小事一桩。到了3月中旬，俄罗斯电视台播放了一条新闻消息，消息的内容就是一位酷似斯库拉托夫的人正在与妓女鬼混的场面。这下，罢免斯库拉托夫便有了充足的罪证，普京在这件事上可以说立了大功，叶利钦对其十分满意。
成功处理了“斯库拉托夫事件”之后，普京在叶利钦心目中的地位达到了无人能及的地步。3月29日，普京成功接替了博尔久扎的位置，就任联邦安全委员会秘书，并且继续担任联邦安全总局局长的职务。联邦安全委员会秘书是由总统亲自任命，并且直属于总统，在国安会以及国家机关当中拥有很大权力。普京一个人兼任两项工作，既加强了联邦安全局的工作效率又在某种程度上扩大了安全委员会落实内部决策的可能性。这时的普京，俨然成了叶利钦的“钢铁盾牌”。
可以说，普京成为联邦安全委员会秘书是其政治生涯的巨大转折。此时，车臣战争刚刚结束，而叶利钦的任期还剩一年多的时间，叶利钦本人长时间身体欠佳，媒体也经常曝光他酗酒失态的消息。此时的俄罗斯面临着各种社会问题和经济问题，政治斗争也愈演愈烈。国际方面，北约背离联合国，惨无人道地对南斯拉夫进行了为期78天的远距离轰炸，南斯拉夫无奈从科索沃撤军。美英此举就是想把俄罗斯彻底地从该维和区域排挤出去。
在这种情况之下，刚刚就任安全委员秘书的普京就凸显了其强硬的政治手腕。他对叶利钦的决策坚决维护，并主张以特殊形式解决科索沃问题。其实，早在北约干涉波黑战争时，普京就觉察到，北约所做出的军事行动无非是在“项庄舞剑”，最终目的就是将俄罗斯彻底地赶出巴尔干地区。为此，叶利钦还特别宣布，巴尔干地区是俄罗斯的政治范围。但生性傲慢的美国人并没有理会叶利钦的任何说辞，决定先下手为强，想利用已经集结的军队和便利的交通，抢先控制科索沃局势。可是，正当北约打着如意算盘准备向科索沃首府普里什蒂纳驻军时，一支俄军伞兵小分队，抢在英国人之前如天降神兵一般抢先占领了机场，英国维和部队原本想在此地设立总部基地的。消息一传出，北约盟军总司令，美国上将韦斯利·克拉克命令英军采取措施夺回俄军占领的机场，却遭到了英军司令迈克尔·杰克逊的严词拒绝，他表示：“亲爱的将军，我不想为您点燃第三次世界大战的战火。”通过这一事件我们完全可以相信，在事先筹划这一军事行动的时候，普京身为联邦委员会的秘书、联邦安全局局长，确实是发挥了其应有的作用。
悄无声息地晋升
普京在各方面都表现得很突出，这一切都被叶利钦看在了眼里。1997年7月，叶利钦在回答《消息报》记者的提问时，首次对外透露了有关接班人的消息。叶利钦表示，他已经找好了接班人，但是暂时还不能公布接班人的名字。一时间，各方面都在绞尽脑汁思考，这位神秘的接班人到底是谁。人们列举了很多接班人的名字，谁也没有想到这个接班人竟然会是——普京。
其实，叶利钦是一个眼光挑剔、对人严格的政治家，对于自己的接班人肯定要仔细挑选。在他执政的8年间，身边的谋士和一些高官可以说是换了一批又一批。8年里，叶利钦换掉了7个总理、7个安全局局长、10个财政部长、7个总统办公厅主任、6个安全会议秘书、6个内政部长，只有外交部长和国防部长更换的次数少一些，各换了3个。
1999年5月12日11时33分，俄罗斯电视台正在播出《动物世界》节目。这时，节目突然中断，总统叶利钦出现在了电视屏幕正中，他用十分凝重的语调宣布了自己的一个决定：“今天，我做了一个非常困难的决定，解除总理普里马科夫的职务。”
在解释此决定的原因时，他这样表示，普里马科夫没有按照规定的期限恢复国家经济的正常运营，虽然他本人拒绝辞职，但身为总统的他还得忍痛割爱，不得不解除普里马科夫俄罗斯总理的职务。
普里马科夫不再担任俄罗斯总理的消息，很快就在俄罗斯以及整个欧洲的金融界传播开来。莫斯科的股票指数一时间暴跌10个百分点，被迫暂停了交易；俄罗斯卢布兑换欧元的汇率也下跌了5%，甚至于欧元与美元、卢布与美元的兑换比率也全线下跌，国际货币基金组织不得不向俄罗斯终止30亿美元的新贷款。
根据俄罗斯联邦的宪法规定，叶利钦应该即刻任命俄罗斯第一副总理兼内务部部长谢尔盖·斯捷帕申担任俄罗斯的代总理。在与叶利钦经过短暂的会面之后，斯捷帕申立即召集代理内阁部长们进行上任以来的第一次会议。斯捷帕申强调：“现在，我们唯一的目标就是，推行目标更明确、信心更坚定的市场经济体制改革。”
斯捷帕申在担任俄罗斯总理期间，还是比较有作为的。但是，叶利钦以及“家族成员”都一致认为，斯捷帕申缺少决断，总理这个位置还是不适合他，必须立刻“换马”。尽管斯捷帕申一再央求叶利钦再给他一次机会，但还是被叶利钦果断地解除职务。在达吉斯坦的俄军与武装分子激战正酣的时候，斯捷帕申及全体内阁成员被统统撤职，他们的上任时间仅仅维持了83天。
8月16日，俄罗斯国家杜马一致通过了叶利钦对普京的总理提名。就这样，普京一马平川地走进了俄罗斯总理府，成为了1999年俄罗斯的第三任总理，也是在叶利钦执政期间，唯一一个没有被撤过职的总理。
普京在接受记者采访时，曾这样表示：“说实话，我从来都没有觉得自己是一个公众政治家，倒觉得自己更像是个‘技术维护员’。我在心中曾认真地数了一下，自己是俄罗斯政府的第29任总理。您说我是政府官员，我想是对的，我从来都在当官，开始是军官，后来做文职官员。对于一名政府官员来说，能够当上国家总理，可以说是非常高的级别了，我觉得自己还是很成功的。从这一点出发，在我个人命运的新阶段，也就是担任国家总理这一职位之后，我将会为我的国家做出更多有意义的事，毕竟国家总理这个职位可以最大限度地表现自己。”
普京平日的韬光养晦和低调做事风格，到最终如何崛起成为一国的总理，似乎成了难以解开的谜团。他总是习惯于退居幕后，很少引起人们的注意，但正是这种低调的处事风格，使他屡次得到高层的器重和赏识，并一步步攀上权力的高峰。
车臣，“骨鲠在喉”的痛楚
普京在总统叶利钦的支持下，登上了俄罗斯的政治舞台。在成为国家总理之后，普京就收到了一件非同寻常的“礼物”。
上世纪末的俄罗斯，政局动荡，人心不稳，许多事情如同狂风骤雨一般，变化莫测。苏联解体之后，普京成为了这项遗产的最大继承者，同时他还继承了令人痛楚的“民族矛盾问题”，尤以“车臣问题”最为迫切。车臣主要信奉伊斯兰教，多年来，克里姆林宫一直对车臣的民族分裂主义问题头痛不已。
俄罗斯南部的北高加索山脉东部就是车臣共和国的所在地，所占面积有1.7万平方公里，边界线总长650公里。车臣共和国的南部主要是高山地带，与格鲁吉亚交界，其余部分分别与印古什、北奥塞梯、斯塔夫罗波尔边疆区和达吉斯坦接壤。
有关车臣人最早的历史记录是在公元7世纪以前。所谓“车臣人”这一称呼，最早因阿尔贡河边的村庄“大车臣”而得名，以后逐渐发展成为车臣民族的族称。车臣本民族的人自称是“纳赫乔人”，也就是“平民百姓”的意思。在13世纪，车臣人长期遭受蒙古鞑靼人的侵袭，14世纪末又惨遭中亚帖木儿帝国的蹂躏，一直到15至16世纪金帐汗国解体之后，车臣人才从高原向平原迁徙。16至19世纪，伊斯兰教开始传播到车臣。到了17至18世纪，波斯、奥斯曼、俄罗斯三大帝国开始争夺车臣，在长达两个世纪的时间里，车臣一直处在残酷的血腥杀戮社会环境里。可以说，长久的战争培养了车臣人尚武、善战、好斗的性情。
在经过半个世纪的交锋战斗之后，沙俄于1895年将车臣并入了自己的帝国版图。十月革命爆发，安东尼·邓尼金所率领的白俄军队在伏尔加河流域和高加索地区与红军展开了激战，车臣人对白俄军队的入侵展开了激烈的反抗。后来，此地被莫斯科列为苏维埃山地共和国。1922年改称车臣自治州。20年代末30年代初，苏联展开了轰轰烈烈的农业合作化运动。因为当时的贫苦农民是养不起马的，所以由俄罗斯工人组成的工作队就把拥有马匹的车臣人划分为“富农成分”，不仅要没收他们的马匹，还要将马杀掉。对于车臣的牧民来说，马和枪是男人们生命中的一部分，如果失去了自己的宝马良驹，不如在沙场上持枪战死。于是，在车臣人中间，逐渐出现了反对苏维埃政权统治的现象。1934年1月，车臣与其西面的邻居印古什合并为一家，并于1936年12月更名为车臣—印古什自治共和国。二战期间，寡廉鲜耻的德军为了实现民族扩张的目的，充分利用车臣的民族情绪，并许诺给予这一地区高度的自治权力，进而得到了一些车臣部落的支持，并且成立了所谓的“高加索兄弟特别党”。后来，苏联政府以车臣和德国相互勾结，通敌叛国的罪名将387万的车臣人和91万的印古什人装在闷罐火车上，强行押送到了哈萨克斯坦。
正是这种历史及现实原因，车臣问题成为了困扰俄罗斯的首要民族问题。1991年9月，焦哈尔·杜达耶夫推翻了当地的苏维埃红色政权。10月，车臣就举行了共和国的议会选举和总统选举，杜达耶夫成为了总统。11月，也就是苏联解体前期，杜达耶夫颁布法令，决定成立主权国家——车臣共和国，并以飞快的速度成立起了车臣国民卫队。自此，车臣既不理会1992年的联邦条约，也不参加1993年的俄罗斯议会选举，完全与俄罗斯脱离了关系。
在此之后，俄罗斯视车臣为分裂主义势力，为了维护国家主权和领土完整，1994年12月，俄罗斯政府出动了6万人的军队，对车臣的非法武装进行了严酷打压，车臣反动势力与俄罗斯当局进行了为期一年多的较量。
1995年1月1日，俄罗斯军队兵分三路准备攻打格罗兹尼。最初投入了士兵3.8万人、坦克230辆、步兵战车454辆，火炮、迫击炮各388门，可以说俄罗斯这次出军除了核武器之外，动用了几乎所有的现代化武器装备。
车臣人也对这场战争早就做好了充足的准备。他们通过山地战、游击战和街道巷战对俄罗斯军队进行了非常有效的抵抗。此时的俄罗斯军官，正抱着超级大国的心态做着美梦，对歼灭车臣的非法武装怀着十足的信心。俄罗斯国防部长帕维尔·格拉乔夫也曾当众宣布：“俄罗斯军队可以在短短几天之内拿下车臣首府格罗兹尼。”然而，过程远远不像格拉乔夫想象的那么简单，在格罗兹尼市坚守的那些车臣非法武装们，战术凶狠，抵抗顽强，俄罗斯军队久攻不下。俄军有数百人遭受俘虏，上千人阵亡，格拉乔夫的“速胜论”也沦为了人们的笑柄。
1995年3月初，俄罗斯军队集结重兵再一次攻打格罗兹尼。经过6天6夜的激烈战争，俄罗斯内务部队的600多人才攻下了车臣非法武装在格罗兹尼的最后一个据点——切尔诺列契耶并控制了城内的整个局势，而俄军主力则继续攻打格罗兹尼的外围。
6月14日，车臣非法武装战地的指挥官沙米利·巴萨耶夫带着手下100多人秘密闯入了斯塔夫罗波尔边疆区的布杰诺夫斯克，并扣押了1000多名人质。巴萨耶夫要挟俄罗斯军官，要求他们立即停止一切军事行动，并尽快撤离车臣，否则这些人质将会全部被杀死。经过很长时间的谈判，以叶利钦为首的联邦政府首脑做出了极大让步，迫不得已与车臣非法武装分子达成了最终协议，基本上满足了巴萨耶夫提出来的要求停止军事行动，以此作为释放人质的条件。随即，巴萨耶夫带领手下人员撤出了布杰诺夫斯克，1000多名人质毫发无伤。
这场战争，俄罗斯军队共有400多人阵亡、1.7万人受伤、3000人因此下落不明。车臣方面的伤亡也有10万人之多，而且领导人杜达耶夫在俄军的导弹袭击中不幸丧生。可以说，双方都为这场战争付出了巨大牺牲。
1996年8月31日，俄罗斯联邦政府同车臣非法武装在俄达吉斯坦境内的哈萨维尤尔特达成停火协议，双方共同规定，将车臣的地位问题暂时搁置5年。历时20个月的车臣战争终于以“哈萨维尤尔特和平协议”的签署画上了句号，俄罗斯留守于车臣的最后两支联邦部队也于1997年之前全部撤离。
1997年1月，车臣共和国再次举行总统选举，阿斯兰·马斯哈多夫成功当选。同年5月，俄罗斯联邦共和国与车臣共同签署了《和平与相互关系原则条约》。但是，马斯哈多夫依然坚持车臣为“独立国家”的立场不变，不仅不认真履行和平协议上的相关内容，而且还加紧了分裂活动。他在暗地里支持那些非法的武装部队不断骚扰相邻地区，在制造各种恐怖事件的同时，还极力争取国外宗教势力和极端分子插手介入，分裂活动愈发猖獗。
临危受命，围剿恐怖分子
普京出任俄罗斯联邦政府总理时，正处于车臣恐怖分子猖狂之际，对于普京而言这正是一次显露身手的好机会。当年，车臣恐怖分子在达吉斯坦和莫斯科、伏尔加顿斯克以及布伊纳克斯克等地制造了一系列骇人听闻的恐怖事件，普京闻听此消息，怒发冲冠，一向镇定的他从牙缝里挤出了一句话：“我们必须将打击恐怖分子的工作进行到底，即便是逃进了厕所，我们也要将他们溺死在马桶里！”
可以说，普京能够在俄罗斯政坛长期屹立不倒，与他在人们心目中所树立的“反恐坚强斗士”的形象有着很大关系。普京毫不犹豫地承担起剿灭车臣武装力量的重任，并决定再一次发动车臣战争，命令俄军一定要用重拳打击车臣的叛匪。这一招果然产生了效力，俄罗斯民众的某些舆论也发生了改变，普京的名望在他们的心目中迅速攀升。普京并没有辜负当年叶利钦的嘱托，他唯一能做的就是用政绩来证明自己的实力。
1999年8月中旬，俄罗斯国家杜马召开会议，会议讨论是否正式任命普京为俄罗斯联邦政府总理。会议上，普京就如何处理车臣问题再一次发表声明：“俄罗斯领土完整是一个不容讨论的问题，而且也不可能需要和每一个侵害领土完整者进行讨价还价。”在普京成为总理的第二天，他便发表讲话说：“政府将坚决地、彻底地打击车臣的匪帮。”接着，普京又亲自统领俄罗斯联邦军队，迅速展开了对车臣恐怖分子的大规模围剿行动。
根据普京的战略部署，俄罗斯军队出动飞机和大炮，对盘踞在达吉斯坦的车臣非法武装分子进行了极为猛烈的轰炸。8月18日，俄罗斯军队完全控制了哈拉米山口这一有着重要意义的军事要塞，从而切断了车臣恐怖分子进入达吉斯坦的咽喉要道。
9月16日，大规模围剿恐怖分子的军事行动拉开了帷幕，俄罗斯军队做好了一切应战准备。9月23日，俄罗斯总统叶利钦签署了最高命令，决定在北高加索山区进行反恐特别行动。第二次车臣战争打响了。
10月1日，俄军装甲部队在轰隆的炮火声中兵分三路，分别从达吉斯坦、印古什、斯塔夫罗波尔进入到车臣境内，以此构成三面夹击之势。这是俄军自1997年完全撤离车臣之后，首次前往北高加索共和国。
10月6日，俄罗斯内务部和国防部的机动部队，圆满完成了在车臣境内建立安全区的任务。这次战争总计投入10万兵力，包括宇航部队、空降部队，以及山地特种部队，诸兵种一起联合起来，并肩作战。此外，联邦大军还在车臣的周围建立起了隔离带，并动用了苏-24战斗机、米-24武装直升飞机以及激光制导炸弹等高科技武器，向车臣恐怖分子的据点进行大规模、远距离、非接触性的沉重打击，以求从根本上消灭非法武装的有生力量。
10月16日，反恐武装战斗到了第二个阶段。此阶段的主要任务是，全面、系统地封锁车臣非法武装的集散地，争取将战果扩展到最大。10天之后，将近10万名俄罗斯军人从东、西、北三个方向向格罗兹尼聚拢，很快就将整个城市层层围住，进一步加强了钳形攻势，直逼格罗兹尼。
12月7日，普京发表了声明，车臣除了交出好战领袖之外，其余别无选择，俄罗斯不会向车臣提供任何的政治解决之道。
俄军在战场的节节胜利，赢得了车臣全体民众的一致拥护。许多车臣居民向士兵们献出了自己珍藏的武器和弹药，并表示，十分愿意与俄罗斯军队一道，同车臣恐怖分子作斗争。在围攻格罗兹尼的战斗过程中，前市长甘塔米罗夫领导着车臣的民兵也发挥了非常重要的作用。由于当地民众熟悉那里的地形，他们总是第一个发现非法武装的藏身之处，在及时报告给攻城指挥部之后，俄罗斯空军会立即出动武装直升飞机对其进行打击。12月25日深夜，俄罗斯军队对格罗兹尼发动了总攻。在甘塔米罗夫的引导下，1500名车臣居民配合着俄罗斯特警、内务部部队、特种快速反应部队，从东、东北、西北3个方向进入了格罗兹尼。