文秀等所控，亦不尽系汉人。文秀之未婚妻，即为回人带去窝藏，并杀其妻父，但为署知县嗣代府事之知州恒文所用之家丁名黄溃者为之，并经惨杀其家多命。溯其起衅原因，则缘道光二十五年四月间，有已经歼毙之陕省回匪马大等，在保山板桥地方唱曲讥笑汉民，被逐起衅。汉回互相纠众，仇杀焚掠，经永昌文武带兵往拿。回匪率众拒战，戕害大小营员及兵练多人。各处汉村回塞，彼此互烧。其烧毙杀毙之人，事隔数年，难以追查确数等语。此唱曲，必是山歌。南方山歌，原有专练相骂歌无数，彼此以歌词多而恶毒，层出不穷为胜。若在惯用械斗之处，必为启衅之一大原因。至其助乱壮胆之资，则又有紧皮药，服之刀砍不进，枪打不透，此似即义和拳等方法。今之大刀会、小刀会，亦多有此语。昔之小说所谓金钟罩、铁布衫等法，似亦其类。
道光二十九年，林则徐告病去滇。明年，金田事起，朝廷不暇多问边远事，不成兵祸者不见官书。而于咸丰三年六月，东川府属回起事，总督吴文镕带兵出省剿办，报迭有斩馘，其首匪马二花仍不获。至九月，滇督已易罗绕典，匪尚据东川之翠云寺、小雪山。护总兵王国才奉檄穷剿，擒获马二花及余匪，安插难回一万三千余人，东川、寻甸始平。具见国史馆罗绕典、吴振棫等传。可知回变历年未息。是时中原骚乱，邻滇之黔、桂两省亦群盗纵横。滇省内又有猓夷、囗夷等出掠。朝廷以全力御太平军，远省之兵事饷事，听省自为计。大吏坐困无术，则听将领料民为兵，就地征饷。骄将悍弁，所以对地方者益不可问，五年而杜文秀起迤西之蒙化厅矣。
文秀之起，官书皆甚隔膜。至后专到剿迤西时，始揭其名。同治十一年克大理时，滇督刘岳昭、滇抚岑毓英奏捷疏中言：“杜逆倡乱，历十八载”，则自其年上推十八年，知为咸丰五年也。又同治七年，毓英始擢巡抚，疏陈军事，首言“杜文秀窃踞迤西十有三载，根深蒂固”。自其年上推十三年，乃系咸丰六年。盖五年起事，六年而踞有迤西也。《东华录》于咸丰五六年间，屡言汉回互斗滋事；又言回民抗粮，朝廷与疆吏皆存一敷衍之见。疆吏讳重为轻，朝廷不求甚解。当时总督为恒春，出省剿贵州苗；巡抚为舒兴阿，其奏报谕旨，有如儿戏。如六年五月甲戌（十八日），舒兴阿奏：“楚雄回匪，迭受惩创，剿抚兼施，尚易得手。惟[唯]寻甸悍匪，理喻不从，地方多被扰害，现已飞调昭通、开化各镇兵，相机剿办。”得旨：“寻甸岂不能剿抚兼施？若必期剿洗殆尽，焉有多兵？但不可迁就了事也。”此盖以寻甸属迤东道，逼近川、黔，为省城通内地之后路，不能抛弃；楚雄虽已在大理之东，距省不远，然尚属迤西道辖，意将置之度外，以一抚字掩饰了事。而谕旨，则并不责其兵取迤东矣。是时滇事，朝廷与疆吏互相粉饰，究其实状，乃从旁见侧出之文，略知咸丰六年乱象。刘岳昭等同治十一年折，有追叙文云：“咸丰六年，提臣文祥调川军助剿，克红崖，围宾居，而东西各回围省，退兵还援，则弥渡、云县失矣。”宾居塞在宾川州，红崖当即宾川州之赤石崖，与赵州之白崖为对。弥渡镇在赵州，云县即大理之云南县。据此，知大理初陷，提督尚调邻省兵赴剿。宾川、赵州、云南，皆大理所属州县，而省城于是被围，遂加陷数地。又《史稿·忠义·谈树琪传》：“咸丰六年，以知府候补云南。先是，云南各郡县汉回相杀，回人据大理诸州县。树琪至滇境闻变，遣家属还，间道至省城。次日，城门昼闭。……初，树琪以部郎出守贵州，苗匪乱，办贼有声。……大吏率遣树琪及副将谢周绮防堵碧鸡关。关去城三十里。……树琪旋遇害。时六月二十六日，距至云南仅七十余日。”是即六年省城被围事，而大理则早被回据。树琪于抵滇境时已闻之，必是春间之事。《东华录》于六月十六日辛丑谕，据滇抚舒兴阿有“回匪勾结日众，现饬分股剿办”一折。又另片奏“汉回仇斗，势难姑息，拟次第查办”等诏。八月初二日丙戌，又奏西路剿匪获胜，及剿办海口回匪各一折，并不言省城被围。朝廷亦方饬滇督恒春由黔回滇，仍令其酌度情形，先其所急。初九日癸巳谕，本日侍郎何彤云奏滇省回匪滋事情形，略言：“当汉回互斗之初，自应持平办理；迨至因焚杀而戕官，回已叛逆，汉无此事，地方官力持并剿之议，又尽撤各乡团练，而转募回匪守城。现在迤东、迤西各属，回势燎原。海口、碧鸡等处，逼近省垣，回皆屯踞，非大加惩创，不能使之畏威敛迹。”并保前任知府彭崧毓及在籍侍郎黄琮、御史窦垿、总兵周凤岐等，办团练佐兵力；劾从前纵回袒回诸员，责令恒春、舒兴阿查照商办；并询恒春能否回滇。旋又谕恒春奏贵州剿办吃紧，未便折回，唯为滇请兵请饷，朝廷亦无如何，唯饬四川助兵二千，筹拨三四万金，往资接济而已。九月十九日癸酉谕，乃由恒春奏澄江、临安两府几无完区，海口未能获胜，姚州未复，浪穹失守，大理被焚，开化滋扰等语。于是三迤皆匪区，滇乱不可复掩。诏恒春回滇督剿，而舒兴阿仍奏回方求抚。十二月十五日戊戌，又以恒春奏，迤西大理、永昌，迤东开化、广南，回仍猖獗，责舒兴阿前奏难信。二十四日丁未又谕，有人奏滇回猖獗，总由官意专主抚，致堕术中，大理绅民赴省请剿，舒兴阿置若罔闻，现患怔忡，任信门丁、巡捕，表里为奸，着恒春查奏。七年正月，恒春奏回省调度，依违剿抚之间。谕旨责令出省剿办，恒春覆奏在省可以兼顾，不敢出省。舒兴阿旋乞病回京，回又逼省垣。六月初一日夜，恒春与妻博禹特氏在署皆自缢，乃调前曾任滇抚之川督吴振棫督滇。