朱逷先先生曰：『漳州海门之战，清兵由漳港、同安港两路出师，而各有重要人物主持。此书对于两港主要敌师，既不明叙，已无知彼知己之明，又不能先提纲领，再为分叙，遂致两港人物，时有混淆。如叙漳港之师，而言黄梧、施琅等不敢前进，只在观望。而阮旻锡叙此战则较明晰。如云：「漳州港内，先遣大船一百号，配以汉兵，部院李率泰同海澄公黄梧督之，出海澄港。同安港收拾小船，满将军达素同同安总镇施琅，配以满兵，横渡高崎」（见海上见闻录上）』。
二十日，拔前协何义为虎卫左镇，拔陈广入侍卫管效缺。
二十五日，报达素回省，传令各船并舵梢暂发回候，七月有令再吊（调）。
藩集诸将议曰：『此番达虏来侵，虽被我杀败，其船只所失无几，满虑领先锋者所擒杀亦不多。伪朝既吊（调）数省兵马船只，动费许多钱粮，若此一战，达素、率太亦难回奏，势必凑集再决胜负。但舵梢囗吊（调）齐，动京（经）数月，我师粮费浩繁，岂能坐待其战？尔等各归原汛，就地养兵，又须囗家眷囗浯州、金门，并空思明以待之。诸将但囗听令派札汛地』。遣左先锋札佛潭桥，宣毅右镇札铜山、古雷，宣毅左镇、右冲〔镇〕札云霄，义武镇、游兵镇札旧镇、杜浔，智武镇、前冲镇札南溪、钱山、龙井，援剿右镇札海门，礼武镇札三都，援剿左镇札崇武，奇兵镇札湄洲，正兵镇札南日，宣毅前镇札海坛，后劲镇札诏安、玄钟，援剿前〔镇〕札高崎，左冲镇札新城，前提督札思明州，亲军等镇随本藩驻札浯州。
六月初囗日，藩驾驻浯州后埔城。其思明州将领官兵家眷一尽移金门、浯州、烈屿等处。居民有搬移过水者，听其自便，不禁。
藩发谕与达素并伪院李率太，约其合兵再战，仍遣以巾帼，不敢再战则受之。差礼武镇、犯罪中军吴亮并罪犯俞承二人，俱持巾帼，并谕赴达素等二处投递。达素、率太答书俱受巾帼，厚待差员。而回书谕俱在礼科。
七月，藩驾驻后浦城。
初五日，藩差员特颁左冲镇黄安银三百两赐之，以孤城锁钥，前临大敌，尤（犹）拨出陈广为水师，得功受赏。其自守城池，固如金汤。兹番大队出征，并空思明，又独任而不请代，真良将也。左冲镇望北拜受，仍以三百两颁分将领官兵，均沾藩赐，三军倍为欢腾。
初十日，遣右武卫周全斌提督亲军骁骑镇马信率左右虎卫镇、后冲、中冲、正兵、奇兵等镇北征，略地取粮。囗吊（调）囗劲囗协防漳港。
二十日，右武卫周全斌等攻破囗顽寨。其寨依山近水，我师湾泊，时常恃囗阻梗，出没牵我哨船，至是平之，藉其资重粮米甚多。
八月，藩驾驻后浦城。
初八日，吊（调）回奇兵镇札兴化一带地方，正兵镇札福清一带地方，宣毅右镇黄元统领仁武、义武二镇札澄海、小埕、长乐一带地方，联络征饷。
九月，藩驾驻后浦城。
初三日，思明知州邓会条陈：
『思明附城内外百姓未有回家，惟有禾山四都一二贫民妇女窃自逃回。据百姓纷诉：「本藩令谕搬移，出于爱民，敢不遵依。第搬移日久，风餐露宿，百苦备尝，搬回出于不得已也」。职思狡虑既已败回，再犯必奉伪旨。百姓搬出已久，若不放其归回，四民失业，未困于敌，先死于饥也。除搬回者暂准安住，其未回者听从民便』。
藩批曰：『是』。繇（由）是思明百姓并将领家眷络绎而回。
二十日北征右武卫等班回，藩令各镇修葺船只，轮番出征。
十月，藩驾回驻思明州。报达素回京，各水师尽吊（调），俱阁在岸边。
催各镇修葺船只，限月终报竣，赴十一月出征。
十一月，藩驾移驻金门城。
初二日，遣右武卫周全斌为总督，提调左右虎卫镇、援剿后镇；以马挂印为副督，提调罗蕴章；仍以宣毅后镇吴豪暂统宣毅前镇、殿兵、游兵等镇及后冲副将张华；以中冲镇暂统领宣毅左镇、右卫等镇；以援剿前镇暂统领英兵、后劲二镇；而后冲镇总领水师官兵；前往南下取粮。
是月右武卫等师到潮阳县，进入和平贵屿取粮。攻破凤囗，杀败潮州援虏。各船俱取有粮米称是。
十二月，藩驾驻金门，吊（调）右武卫等南征大师班回。
十五年辛丑（一六六一）正月，藩驾驻思明州。传令大修船只，听令出征。集诸将密议曰：『天未厌乱，闰位犹在，使我南都之势，顿成瓦解之形。去年虽胜达虏一阵，伪朝未必遽肯悔战，则我之南北征驰，眷属未免劳顿。前年何廷斌所进台湾一图，田园万顷，沃野千里，饷税数十万，造船制器，吾民麟集，所优为者。近为红夷占据，城中夷伙，不上千人，攻之可垂手得者。我欲平克台湾，以为根本之地，安顿将领家眷，然后东征西讨，无内顾之忧，并可生聚教训也』。时众俱不敢违，然颇有难色。惟宣毅后镇吴豪京（经）到此处，独言『风水不可，水土多病』，藩心含之，谓其有阻贰师也。独协理中军戎政杨朝栋倡言可行，藩嘉与之，故于事平日任以府尹事，诛吴豪。
二月，藩提师札金门城，候理船只，进平台湾。时船只修葺未备，派首二程而行。首程本藩并文武亲军右武卫、左右虎卫提督骁骑镇、左先锋、中冲〔镇〕、后冲镇、宣毅前后镇、礼武镇、援剿后镇等刻期先行。令镇守澎湖游击洪暄前导引港。以兵官前提督居守思明州，户官居守金门。藩亲祭江，传令船只尽驾到料罗澳，催官兵候齐听令，下船开驾。
三月初十日，藩驾驻料罗候顺风囗，囗多以过洋为难，思逃者多。随委英兵镇陈瑞搜获捉解。
二十二日，催官兵在船。
二十三午，天时霁静，自料罗囗。
二十四日，各船俱齐到澎湖，分各屿驻札。藩驻埘内屿，候风开驾。
二十七日，大师开驾，至柑桔屿阻风，又收回彭湖埘内屿。时官兵多不带行粮，因何廷斌称数日到台湾，粮米不竭，至是阻风乏粮。藩令户都事同洪游击就彭湖三十六屿囗取行粮囗正供。时吊（调）集各澳长追取接给，各澳长搜索二日，回称：『各屿并无田园，可种禾粟，惟蕃薯、大麦、黍稷，升斗凑解，合有百余石，不足当大师一餐之用』。藩惊乏粮，又恐北风无期，随于三十晚传令开驾。时风报（暴）未息，风雨阴雾，管中军船蔡翼并陈广等跪禀：『暂候风雨开驾』。藩谕曰：『冰坚可渡，天意有在。天意若付我平定台湾，今晚开驾后，自然风恬浪静矣。不然，官兵岂堪坐困断岛受饿也』？是晚一更后，传令开驾，风雨少间，然波浪未息，惊险殊甚。迨至三更后，则云收雨散，天气明朗，顺风驾驶。
四月初一日黎明，藩坐驾船即至台湾外沙线，各船鱼贯络绎亦至。辰时天亮，即到鹿耳门线外。本藩随下小哨，繇（由）鹿耳门先登岸，踏勘营地。午后，大船齐进鹿耳门。先时此港颇浅，大〈舟宗〉船俱无出入，是日水涨数尺，我舟极大者亦无囗，囗天意默助也。是晚，我舟齐到，泊禾寮港，登岸，札营近街坊梨囗镇督虎卫将坐铳船札鹿耳门，囗水师甲板，并防北线尾。
是晚，赤崁城夷长猫难实叮发炮击我营盘，并焚马囗。其赤崁街系我民居草厝，藩恐被焚毁粮粟，特差户都事杨英持令箭委同杨戎政督同援剿后镇张志官兵看守堵御，不许官兵混搬，亦不可致红夷焚毁，候明日分派发给官兵粮食。繇（由）是各街米粟看守完全，无敢侵扰。次日，即令户都事杨英将街中米粟，一尽分发各镇兵粮，计匀足半个月。
初三日，宣毅前镇囗官兵札营北线尾，夷长揆一城上见我北线尾官兵未备，遣战将拔鬼仔率鸟铳兵数百前来冲囗，被宣毅前镇督率向敌一鼓而歼，夷将拔鬼仔战死阵中，余夷被杀殆尽。
初四日，赤崁城夷长猫难实叮以孤城援绝，城中乏水，欲降。先一日，其弟同妇外囗游，被我兵捉获解藩，藩慰谕囗，加意囗送归赤崁城，与兄实叮道述德意。至是日议降，藩遣番通事吴迈、李仲同杨戎政招谕之，誓无杀害之意。遂赴藩前纳降，仍令原驻城中，并厚赐唐山土仪。藩遂遣实叮往台湾城招揆一来降。令谕招我百姓回家乐业。
初五日，夷王揆一遣我民充番通事胡兴同揆一人囗藩说和，藩谕令夷长来见。
初六日，揆一遣夷长囗等同实叮囗见，藩赐宴厚礼之，令何廷斌问：『揆一何日出降』？答云：『揆一无降，若藩主兵将抽回，年输囗税若干万并土产囗货随意听从，年年照例贡纳。至此番大师船只俱纳囗归官兵，愿送劳师银十万两』云云，余无敢言。藩却之，令发回。
各近社土番头目，俱来迎附，如新善、开感等里，藩令厚宴，并赐正副土官袍帽靴带。繇（由）是南北路土社闻风归附者接踵而至，各照例宴赐之。土社悉平，怀服。
时红夷尚有水师甲板在港。藩遣宣毅前镇、侍卫镇陈广并左虎协陈冲等为水师攻打甲板一囗，囗击沉甲板一只，烧焚甲板一只，走回一只。自后甲板泊宿台湾城下。