献忠屡败于兴安，求抚，不许。其党托天王常国安、金翅鹏刘希原来降，献忠走入川，良玉追之。嗣昌牒令还，良玉不从。十三年二月七日，与陕西副将贺人龙、李国奇夹击献忠于玛瑙山，大破之，斩馘三千六百二十，坠岩谷死者无算。其党扫地王曹威等授首，十反王杨友贤率众降。是月也，帝念嗣昌，发银万两犒师，赐斗牛衣、良马、金鞍各二。使者甫出国门，而玛瑙山之捷至，大悦，再发银五万，币帛千犒师。论功，加太子少保。而湖广将张应元、汪之凤败贼水石坝，获其军师。四川将张令、方国安败之千江河。李国奇、贺人龙等败之寒溪寺、盐井。
川、陕、湖广诸将毕集，复连败之黄墩、木瓜溪，军声大振。汝才、登相求抚，献忠持之，敛兵南漳、远安间，杀安抚官姚宗中，走大宁、大昌，犯巫山，为川中患。献忠遁兴安、平利山中，良玉围而不攻，贼得收散亡，由兴安、房县走白羊山而西，与汝才等合。嗣昌以群贼合，其势复张，乃由襄阳赴夷陵，扼其要害。
帝念嗣昌行间劳苦，赐敕发赏功银万，赐鞍马二。罢郧阳抚治王鳌永，诏废将猛如虎军前立功。黄得功、宋纪大破贼商城，贺一龙五大部降而复叛。郑嘉栋、贺人龙大破汝才、登相开县。汝才偕小秦王东奔，登相越开县而西，自是二贼始分。
当是时，诸部士马居山谷，罹炎暑瘴毒，物故十二三。京兵之在荆门、云南兵之在简坪、湖广兵之在马蝗坡者，久屯思归，夜亡多。关河大旱，人相食，土寇蜂起，陕西窦开远、河南李际遇为之魁，饥民从之，所在告警。嗣昌以闻。帝发帑金五万，营医药，责诸将进兵。而陕之长武，川之新宁、大竹，湖广之罗田又相继报陷。嗣昌乃下招抚令，为谕帖万纸，散之贼中。七月，监军孔贞会等大破汝才丰邑坪。其党混世王、小秦王率其下降，贼魁整十万及登相、王光恩亦相继降，于是群贼尽萃于蜀中。嗣昌遂入川，以八月泛舟上，谓川地厄塞，诸军合而蹙之，可尽殄。而人龙以秦师自开县噪而西归，应元等败绩于夔之土地岭，献忠势复张，汝才与之合。闻督师西，遂急趋大昌，犯观音岩，守将邵仲光不能御，遂突净壁，陷大昌。嗣昌斩仲光，劾逮四川巡抚邵捷春。贼遂渡河至通江，嗣昌至万县。贼攻巴州不下，嗣昌至梁山，檄诸将分击。贼已陷剑州，趋保宁，将由间道入汉中。赵光远、贺人龙拒之，贼乃转掠，陷梓潼、昭化，抵绵州，将趋成都。十一月，嗣昌至重庆。贼攻罗江，不克，走绵竹。嗣昌至顺庆，诸将不会师。
贼转掠至汉州，去中江百里，守将方国安避之去，贼遂纵掠什邡、绵竹、安县、德阳、金堂间，所至空城而遁，全蜀大震。贼遂由水道下简州、资阳。嗣昌征诸将合击，皆退缩。屡征良玉兵，又不至。贼遂陷荣昌、永川。十二月，陷泸州。
自贼再入川，诸将无一邀击者。嗣昌虽屡檄，令不行。其在重庆也，下令赦汝才罪，降则授官，惟献忠不赦，擒斩者赉万金，爵侯。翌日，自堂皇至庖湢，遍题“有斩督师献者，赉白金三钱”，嗣昌骇愕，疑左右皆贼，勒三日进兵。会雨雪道断，复戒期。三檄人龙，不奉令。初，嗣昌表良玉平贼将军，良玉浸骄，欲贵人龙以抗之。既以玛瑙山功不果，人龙愠，反以情告良玉，良玉亦愠，语载良玉、人龙传。
嗣昌虽有才，然好自用，躬亲簿书，过于繁碎。军行必自裁进止，千里待报，坐失机会。王鳌永尝谏之，不纳。及鳌永罢官，上书于朝曰：“嗣昌用师一年，荡平未奏，此非谋虑之不长，正由操心之太苦也。天下事，总挈大纲则易，独周万目则难。况贼情瞬息更变，今举数千里征伐机宜，尽出嗣昌一人，文牒往返，动逾旬月，坐失事机，无怪乎经年之不战也。其间能自出奇者，惟玛瑙山一役。
若必遵督辅号令，良玉当退守兴安，无此捷矣。臣以为陛下之任嗣昌，不必令其与诸将同功罪，但责其提衡诸将之功罪。嗣昌之驭诸将，不必人人授以机宜，但核其机宜之当否，则嗣昌心有余闲，自能决奇制胜。何至久延岁月，老师糜饷为哉？”先是，嗣昌以诸将进止不一，纳幕下评事元吉言，用猛如虎为总统，张应元副之。比贼入泸州，如虎及贺人龙、赵光远军至，贼复渡南溪，越成都，走汉州、德阳、绵州、剑州、昭化至广元，又走巴州、达州。诸军疲极，惟如虎军蹑其后。十四年正月，嗣昌知贼必出川，遂统舟师下云阳，檄诸军陆行追贼。人龙军既噪而西，顿兵广元不进，所恃惟如虎。比与贼战开县、黄陵城，大败，将士死亡过半。如虎突围免，马骡关防尽为贼有。
初，贼窜南溪，元吉欲从间道出梓潼，扼归路以待贼。嗣昌檄诸军蹑贼疾追，不得拒贼远，令他逸。诸将乃尽从泸州逐后尘。贼折而东返，归路尽空，不可复遏，嗣昌始悔不用元吉言。贼遂下夔门，抵兴山，攻当阳，犯荆门。嗣昌至夷陵，檄良玉兵，使十九返。良玉撤兴、房兵趋汉中，若相避然。贼所至，烧驿舍，杀塘卒，东西消息中断。郧阳抚治袁继咸闻贼至当阳，急谋发兵。献忠令汝才与相持，而自以轻骑一日夜驰三百里，杀督师使者于道，取军符。以二月十一日抵襄阳近郊，用二十八骑持军符先驰呼城门督师调兵，守者合符而信，入之。夜半从中起，城遂陷。
献忠缚襄王置堂下，属之酒，曰：“吾欲断杨嗣昌头，嗣昌在远。今借王头，俾嗣昌以陷藩伏法。王努力尽此酒。”遂害之。未几，渡汉水，走河南，与贺一龙、左金王诸贼合。嗣昌初以襄阳重镇，仞深沟方洫而三环之，造飞梁，设横枑，陈利兵而讥诃，非符要合者不得渡。江、汉间列城数十，倚襄阳为天险，贼乃出不意而破之。嗣昌在夷陵，惊悸，上疏请死，下至荆州之沙市，闻洛阳已于正月被陷，福王遇害，益忧惧，遂不食。以三月朔日卒，年五十四。
廷臣闻襄阳之变，交章论列，而嗣昌已死矣。继咸及河南巡按高名衡以自裁闻，其子则以病卒报，莫能明也。帝甚伤悼之，命丁启睿代督师。传谕廷臣：“辅臣二载辛劳，一朝毕命，然功不掩过，其议罪以闻。”定国公徐允祯等请以失陷城寨律议斩。上传制曰；“故辅嗣昌奉命督剿，无城守专责，乃诈城夜袭之檄，严饬再三，地方若罔闻知。及违制陷城，专罪督辅，非通论。且临戎二载，屡著捷功，尽瘁殒身，勤劳难泯。”乃昭雪嗣昌罪，赐祭，归其丧于武陵。嗣昌先以剿贼功进太子少傅，既死，论临、蓝平盗功，进太子太傅。廷臣犹追论不已，帝终念之。后献忠陷武陵，心恨嗣昌，发其七世祖墓，焚嗣昌夫妇柩，断其尸见血，其子孙获半体改葬焉。
吴甡，字鹿友，扬州兴化人。万历四十一年进士。历知邵武、晋江、濰县。
天启二年征授御史。初入台，赵南星拟以年例出之，甡乃荐方震孺等，而追论崔文升、李可灼罪，遂得留。后又谏内操宜罢，请召还邹元标、冯从吾、文震孟，乃积与魏忠贤忤。七年二月削其籍。
崇祯改元，起故官。温体仁讦钱谦益，周延儒助之。甡恐帝即用二人，言枚卜大典当就廷推中简用，事乃止。时大治忠贤党，又值京察，甡言此辈罪恶非考功法所能尽，宜先定其罪，毋混察典。御史任赞化以劾体仁谪，甡论救，而力诋王永光媚珰，请罢黜。皆不纳。出按河南。妖人聚徒劫村落，甡遍捕贼魁诛之。
奉命振延绥饥，因谕散贼党。帝闻，即命按陕西。劾大将杜文焕冒功，置之法。
数为民请命，奏无不允。迁大理寺丞，进左通政。
七年九月，超擢右佥都御史，巡抚山西。甡历陈防御、边寇、练兵、恤民四难，及议兵、议将、议饷、议用人四事。每岁暮扼河防秦、豫贼，连三岁，无一贼潜渡，以闲修筑边墙。八年四月上疏言：“晋民有三苦：一苦凶荒，无计糊口；一苦追呼，无力输租；一苦杀掠，无策保全。由此悉为盗，请蠲最残破地十州县租。”帝即敕议行。户部请税间架，甡力争，弗听。其秋，我大清平察哈尔国，旋师略朔州，直抵忻、代，守将屡败。总督杨嗣昌遣副将自代州往侦，亦败走。
甡镌五级，嗣昌及大同巡抚叶廷桂镌三级，俱戴罪视事。先是，定襄县地震者再，甡曰：“此必有东师也。”饬有司缮守具，已而果入。定襄以有备，独不被兵。
山西大盗贺宗汉、刘浩然、高加计皆前巡抚戴君恩所抚，拥众自恣。甡阳为抚慰，而密令参将虎大威、刘光祚等图之，以次皆被歼。甡行军树二白旗，胁从及老弱妇女跪其下，即免死，全活甚众。在晋四年，军民戴若慈母。谢病归。
十一年二月，起兵部左侍郎。其冬，尚书杨嗣昌言边关戒严，甡及添注侍郎惠世杨久不至，请改推。帝怒，落职闲住。十三年冬起故官，明年命协理戎政。
帝尝问京营军何以使练者尽精，汰者不哗，甡对曰：“京营边勇营万二千专练骑射，壮丁二万专练火器，廪给厚而技与散兵无异。宜行分练法，技精者，散兵拔为边勇，否则边勇降为散兵，壮丁亦然。老弱者汰补，革弊当以渐，不可使知有汰兵意。”帝然之。又问别立战营，能得堪战者五万否，甡对：“京营兵合堪战。承平日久，发兵剿贼，辄沿途雇充。将领利月饷，游民利剽兑攵，归营则本军复充伍。今练兵法要在选将，有战将自有战兵，五万非难。但法忌纷更，不必别立战营也。”帝顾兵部尚书陈新甲，令速选将，而谕甡具疏以闻。赐果饵，拜谢出。
十五年六月，擢礼部尚书兼东阁大学士。周延儒再相，冯铨力为多，延儒许复其冠带。铨果以捐资振饥属抚按题叙，延儒拟优旨下户部。公议大沸，延儒患之。冯元飙为甡谋，说延儒引甡共为铨地，延儒默援之，甡遂得柄用。及延儒语铨事，甡唯唯，退召户部尚书傅淑训，告以逆案不可翻，寝其疏不覆。延儒始悟为甡绐。延儒欲起张捷为南京右都御史，甡力尼之。甡居江北，延儒居江南，各树党。延儒引用锦衣都督骆养性，甡持不可。后帝论诸司弊窦，甡言锦衣尤甚，延儒亦言缇骑之害，帝并纳之。
十六年三月，帝以襄阳、荆州、承天连陷，召对廷臣，陨涕谓甡曰：“卿向历岩疆，可往督湖广师。”甡具疏请得精兵三万，自金陵趋武昌，扼贼南下。帝方念湖北，览疏不悦，留中。甡请面对，帝御昭文阁，谕以所需兵多，猝难集。
南京隔远，不必退守。甡奏：“左良玉跋扈甚，督师嗣昌九檄征兵，一旅不发。
臣不如嗣昌，而良玉踞江、汉甚于曩时，臣节制不行，徒损威重。南京从襄阳顺流下，窥伺甚易，宜兼顾，非退守。”大学士陈演言：“督师出，则督、抚兵皆其兵。”甡言：“臣请兵，正为督、抚无兵耳。使臣束手待贼，事机一失，有不忍言者。”帝乃令兵部速议发兵。尚书张国维请以总兵唐通、马科及京营兵共一万畀甡，又言此兵方北征，俟敌退始可调。帝命姑俟之。甡屡请，帝曰：“徐之，敌退兵自集，卿独往何益？”逾月，延儒出督师，朝受命，夕启行。蒋德璟谓倪元璐曰：“上欲吴公速行，缓言相慰者，试之耳，观首辅疾趋可见。”甡卒迟回不肯行。部所拨唐通兵，演又请留，云关门不可无备。甡不得已，以五月辞朝。
先一日出劳从骑，帝犹命中官赐银牌给赏，越宿忽下诏责其逗遛，命辍行入直。
甡惶恐，两疏引罪，遂许致仕。既行，演及骆养性交构之，帝益怒。至七月，亲鞫吴昌时，作色曰：“两辅臣负朕，朕待延儒厚，乃纳贿行私，罔知国法。命甡督师，百方延缓，为委卸地。延儒被纠，甡何独无？”既而曰：“朕虽言，终必无纠者，锦衣卫可宣甡候旨。”甡入都，敕法司议罪。十一月，遣戍金齿。南京兵部尚书史可法驰疏救，不从。
明年，行次南康，闻都城变。未几，福王立于南京，赦还，复故秩。吏部尚书张慎言议召用甡，为勋臣刘孔昭等所阻。国变后，久之，卒于家。
赞曰：明季士大夫问钱谷不知，问甲兵不知，于是嗣昌得以才显。然迄无成功者，得非功罪淆于爱憎，机宜失于遥制故耶？吴甡按山右有声，及为相，遂不能有为。进不以正，其能正邦乎？抑时势实难，非命世材，固罔知攸济也。