后军都督府
在京
横海卫 鹰扬卫 兴武卫（调北京） 江阴卫 蒙古左卫（革） 蒙古右卫（革）
在外
北平都司
燕山左卫 燕山右卫 燕山前卫 大兴左卫 永清左卫 永清右卫 济州卫济阳卫 彭城卫 通州卫（已上俱改为亲军） 蓟州卫 密云卫（后为密云后卫，属后府） 真定卫 永平卫 山海卫 遵化卫 居庸关千户所（后为隆庆卫已上俱属后府）
北平行都司（后为大宁都司） 大宁左卫 大宁右卫 （二卫后为营州左、右护卫，改延庆左、右卫） 大宁中卫 大宁前卫 大宁后卫（后为营州中护卫，改宽河卫） 会州卫（俱改调京卫 已上俱属后府） 营州中护卫 兴州中护卫（革）
山西都司
太原左卫 太原右卫 太原前卫 振武卫 平阳卫 镇西卫 潞州卫 蒲州千户所 广昌千户所 沁州千户所 宁化千户所 雁门千户所
山西行都司
大同左卫 大同右卫 大同前卫 蔚州卫 朔州卫
北平三护卫
燕山左护卫 燕山右护卫 燕山中护卫（俱为亲军）
山西三护卫
太原左护卫 太原右护卫 太原中护卫（俱革）
后定天下都司卫所，共计都司二十一，留守司二，内外卫四百九十三，守 御屯田群牧千户所三百五十九，仪卫司三十三，（自仪卫司以下，旧无，后以次 渐添设。）宣慰使司二，招讨使司二，宣抚司六，安抚司十六，长官司七十， （原五十九。）番边都司卫所等四百七。（后作四百六十三。）
亲军上二十二卫，旧制止十二卫，后增设金吾左以下十卫，俱称亲军指挥使 司，不属五府。又设腾骧等四卫，亦系亲军，并武功、永清、彭城及长陵等十五 卫，俱不属府。
金吾前卫 金吾后卫 羽林左卫 羽林右卫 府军卫 府军左卫 府军右卫
府军前卫 府军后卫 虎贲左卫 锦衣卫 旗手卫（以上旧为上十二卫） 金吾右卫 羽林前卫（以上北平三护卫，洪武三十五年升） 燕山左卫 燕山右卫燕山前卫 大兴左卫 济阳卫 济州卫 通州卫（旧为安吉卫 已上北平都司七卫，永乐四年升，俱为亲军） 腾骧左卫 腾骧右卫（旧为神武前卫） 武骧左卫 武骧右卫（ 已上四卫，宣德八年以各卫养马军士及神武前卫官军开设） 武功中卫（洪武年间设） 武功左卫（宣德二年设） 武功右卫（宣德六年设）永清左卫 永清右卫 彭城卫（已上北平三卫，改常山三护卫，宣德初复为本卫，又并河南三护卫多余官军于彭城卫） 长陵卫（旧为南京羽林右卫，永乐二十二年改） 献陵卫（旧武成左卫，宣德元年改） 景陵卫（旧武成右卫，宣德十年改） 裕陵卫（旧武成前卫，天顺八年改） 茂陵卫（旧武成后卫，成化二十三年改） 泰陵卫（旧忠义左卫，弘治十八年改） 康陵卫（旧义勇中卫，正德十六年改） 永陵卫（旧义勇左卫，嘉靖二十七年改） 昭陵卫（旧神武后卫，隆庆六年改） 定陵卫 庆陵卫 德陵卫 奠靖千户所（嘉靖二十一年设） 牺牲千户所（属太常寺辖 已上俱不属五府）