且运河本籍山东诸泉，不资黄水，惟当仿正统间二洪南北口建闸之制，於镇口之下，大浮桥之上，吕梁之下洪，邳州之沙坊，各建石闸，节宣汶、泗，而以小浮桥、沂河口二水助之，更於镇口西筑坝截黄，开唐家口而注之龙沟，会小浮桥入运，以杜灌淤镇口之害，实万全计也。”报可。
二十六年春，从杨光训等议，撤鈇，命一魁兼管漕运。六月，召一魁掌部事，命刘东星为工部侍郎，总理河漕。
二十七年春，东星上言：“河自商、虞而下，由丁家道口抵韩家道口、赵家圈、石将军庙、两河口，出小浮桥下二洪，乃贾鲁故道也。自元及我朝行之甚利。
嘉靖三十七年北徙浊河，而此河遂淤。潘季驯议复开之，以工费浩繁而止。今河东决黄堌，由韩家道口至赵家圈百馀里，冲刷成河，即季驯议复之故道也。由赵家圈至两河口，直接三仙台新渠，长仅四十里，募夫五万浚之，逾月当竣，而大挑运河，小挑浊河，俱可节省。惟李吉口故道尝挑复淤，去冬已挑数里，前功难弃，然至镇口三百里而遥，不若赵家圈至两河口四十里而近。况大浮桥已建闸蓄汶、泗之水，则镇口济运亦无藉黄流。”报可。十月，功成，加东星工部尚书，一魁及馀官赏赉有差。
初，给事中杨廷兰因黄堌之决，请开泇河，给事中杨应文亦主其说。既而直隶巡按御史佴祺复言之。东星既开赵家圈，复采众说，凿泇河，以地多沙石，工未就而东星病。河既南徙，李吉口淤氵殿日高，北流遂绝，而赵家圈亦日就淤塞，徐、邳间三百里，河水尺馀，粮艘阻塞。
二十九年秋，工科给事中张问达疏论之。会开、归大水，河涨商丘，决萧家口，全河尽南注。河身变为平沙，商贾舟胶沙上。南岸蒙墙寺忽徙置北岸，商、虞多被淹没，河势尽趋东南，而黄堌断流。河南巡抚曾如春以闻，曰：“此河徙，非决也。”问达复言：“萧家口在黄堌上流，未有商舟不能行於萧家口而能行於黄堌以东者，运艘大可虑。”帝从其言，方命东星勘议，而东星卒矣。
问达复言：“运道之坏，一因黄堌口之决，不早杜塞；更因并力泇河，以致赵家圈淤塞断流，河身日高，河水日浅，而萧家口遂决，全河奔溃入淮，势及陵寝。东星已逝，宜急补河臣，早定长策。”大学士沈一贯、给事中桂有根皆趣简河臣。
御史高举献三策。请浚黄堌口以下旧河，引黄水注之东，遂塞黄堌口，而遏其南，俟旧河冲刷深，则并塞新决之口。其二则请开泇河及胶莱河，而言河漕不宜并於一人，当选择分任其事。江北巡按御史吴崇礼则请自蒙墙寺西北黄河湾曲之所，开浚直河，引水东流。且浚李吉口至坚城集淤道三十馀里，而尽塞黄堌以南决口，使河流尽归正漕。工部尚书一魁酌举崇礼之议，以开直河、塞黄堌口、浚淤道为正策，而以泇河为旁策，胶莱为备策。帝命急挑旧河，塞决口，且兼挑泇河以备用。下山东抚按勘视胶莱河。
三十年春，一魁覆河抚如春疏言：“黄河势趋邳、宿，请筑汴堤自归德至灵、虹，以障南徙。且疏小河口，使黄流尽归之，则弥漫自消，祖陵可无患。”帝喜纳之。已而言者再疏攻一魁。帝以一魁不塞黄堌口，致冲祖陵，斥为民。复用崇礼议，分设河漕二臣，命如春为工部侍郎，总理河道。如春议开虞城王家口，挽全河东归，须费六十万。
三十一年春，山东巡抚黄克缵言：“王家口为蒙墙上源，上流既达，则下流不可旁泄，宜遂塞蒙墙口。”从之。时蒙墙决口广八十馀丈，如春所开新河未及其半，塞而注之，虑不任受。有献策者言：“河流既回，势若雷霆，藉其势冲之，浅者可深也。”如春遂令放水，水皆泥沙，流少缓，旋淤。夏四月，水暴涨，冲鱼、单、丰、沛间，如春以忧卒。乃命李化龙为工部侍郎，代其任。
给事中宋一韩言：“黄河故道已复，陵、运无虞。决口惧难塞，宜深浚坚城以上浅阻，而增筑徐、邳两岸，使下流有所容，则旧河可塞。”给事中孟成己言：
“塞旧河急，而浚新河尤急。”化龙甫至，河大决单县苏家庄及曹县缕堤，又决沛县四铺口太行堤，灌昭阳湖，入夏镇，横冲运道。化龙议开泇河，属之邳州直河，以避河险。给事中侯庆远因言：“泇河成，则他工可徐图，第毋纵河入淮。淮利则洪泽水减，而陵自安矣。”
三十二年正月，部覆化龙疏，大略言：“河自归德而下，合运入海，其路有三：由兰阳道考城至李吉口，过坚城集，入六座楼，出茶城而向徐、邳，是名浊河，为中路；由曹、单经丰、沛，出飞云桥，泛昭阳湖，入龙塘，出秦沟而向徐、邳，是名银河，为北路；由潘家口过司家道口，至何家堤，经符离，道睢宁，入宿迁，出小河口入运，是名符离河，为南路。南路近陵，北路近运，惟中路既远於陵，且可济运，前河臣兴役未竣，而河形尚在。”因奏开泇有六善。帝从其议。
工部尚书姚继可言：“黄河冲徙，河臣议於坚城集以上开渠引河，使下流疏通，复分六座楼、苑家楼二路杀其水势，既可移丰、沛之患，又不至沼砀山之城。
开泇分黄，两工并举，乞速发帑以济。”允之。八月，化龙奏分水河成。事具《泇河志》中。加化龙太子少保兵部尚书。会化龙丁艰候代，命曹时聘为工部侍郎，总理河道。是秋，河决丰县，由昭阳湖穿李家港口，出镇口，上灌南阳，而单县决口复溃，鱼台、济宁间平地成湖。
三十三年春，化龙言：“丰之失，由巡守不严，单之失，由下埽不早，而皆由苏家庄之决。南直、山东相推诿，请各罚防河守臣。至年来缓堤防而急挑浚，堤坏水溢，不咎守堤之不力，惟委浚河之不深。夫河北岸自曹县以下无入张秋之路，南岸自虞城以下无入淮之路，惟由徐、邳达镇口为运道。故河北决曹、郓、丰、沛间，则由昭阳湖出李家口，而运道溢；南决虞、夏、徐、邳间，则由小河口及白洋河，而运道涸。今泇河既成，起直河至夏镇，与黄河隔绝，山东、直隶间，河不能制运道之命。独朱旺口以上，决单则单沼，决曹则曹鱼，及丰、沛、徐、邳、鱼、砀皆命悬一线堤防，何可缓也？至中州荆隆口、铜瓦厢皆入张秋之路，孙家渡、野鸡冈、蒙墙寺皆入淮之路，一不守，则北坏运，南犯陵，其害甚大。请西自开封，东至徐、邳，无不守之地，上自司道，下至府县，无不守之人，庶几可息河患。”乃敕时聘申饬焉。
其秋，时聘言：“自苏庄一决，全河北注者三年。初泛丰、沛，继沼单、鱼，陈灿之塞不成，南阳之堤尽坏。今且上灌全济，旁侵运道矣。臣亲诣曹、单，上视王家口新筑之坝，下视朱旺口北溃之流，知河之大可忧者三，而机之不可失者二。河决行堤，泛溢平地，昭阳日垫，下流日淤，水出李家口者日渐微缓，势不得不退而上溢。溢於南，则孙家渡、野鸡冈皆入淮故道，毋谓蒙墙已塞，而无忧於陵。溢於北，则芝麻庄、荆隆口皆入张秋故道，毋谓泇役已成，而无忧於运。
且南之夏、商，北之曹、濮，其地益插，其祸益烈，其挽回益不易，毋谓灾止鱼、济，而无忧于民。顾自王家口以达朱旺，新导之河在焉。疏其下流以出小浮桥，则三百里长河畅流，机可乘者一。
自徐而下，清黄并行，沙随水刷，此数十年所未有，因而导水归徐，容受有地，机可乘者二。臣与诸臣熟计，河之中路有南北二支：北出浊河，尝再疏再壅；惟南出小浮桥，地形卑下，其势甚顺，度长三万丈有奇，估银八十万两。公诸虚耗，乞多方处给。”疏上留中。时聘乃大挑朱旺口。十一月兴工，用夫五十万。
三十四年四月，工成，自朱旺达小浮桥延袤百七十里，渠广堤厚，河归故道。
六月，河决萧县郭暖楼人字口，北支至茶城、镇口。三十五年，决单县。三十九年六月，决徐州狼矢沟。四十年九月，决徐州三山，冲缕堤二百八十丈，遥堤百七十馀丈，梨林铺以下二十里正河悉为平陆，邳、睢河水耗竭。总河都御史刘士忠开韩家坝外小渠引水，由是坝以东始通舟楫。四十二年，决灵璧陈铺。四十四年五月，复决狼矢沟，由蛤鳗、周柳诸湖入泇河，出直口，复与黄会。六月，决开封陶家店、张家湾，由会城大堤下陈留，入亳州涡河。四十七年九月，决阳武脾沙堽，由封丘、曹、单至考城，复入旧河。时朝政日驰，河臣奏报多不省。四十二年，刘士忠卒，总河阅三年不补。四十六年闰四月，始命工部侍郎王佐督河道。河防日以废坏，当事者不能有为。
天启元年，河决灵譬双沟、黄铺，由永姬湖出白洋、小河口，仍与黄会，故道湮涸。总河侍郎陈道亨役夫筑塞。时淮安霪雨连旬，黄、淮暴涨数尺，而山阳里外河及清河决口汇成巨浸，水灌淮城，民蚁城以居，舟行街市。久之始塞。三年，决徐州青田大龙口，徐、邳、灵、睢河并淤，吕梁城南隅隐，沙高平地丈许，双沟决口亦满，上下百五十里悉成平陆。四年六月，决徐州魁山堤，东北灌州城，城中水深一丈三尺，一自南门至云龙山西北大安桥入石狗湖，一由旧支河南流至邓二庄，历租沟东南以达小河，出白洋，仍与黄会。徐民苦淹溺，议集赀迁城。
给事中陆文献上徐城不可迁六议。而势不得已，遂迁州治於云龙，河事置不讲矣。
六年七月，河决淮安，逆入骆马湖，灌邳、宿。
崇祯二年春，河决曹县十四铺口。四月，决睢宁，至七月中，城尽圮。总河侍郎李若星请迁城避之，而开邳州坝泄水入故道，且塞曹家口匙头湾，逼水北注，以减睢宁之患。从之。四年夏，河决原武湖村铺，又决封丘荆隆口，败曹县塔儿湾大行堤。六月黄、淮交涨，海口壅塞，河决建义诸口，下灌兴化、盐城，水深二丈，村落尽漂没。逡巡逾年，始议筑塞。兴工未几，伏秋水发，黄、淮奔注，兴、盐为壑，而海潮复逆冲，坏范公堤。军民及商灶户死者无算，少壮转徙，丐江、仪、通、泰间，盗贼千百啸聚。至六年，盐城民徐瑞等言其状。帝悯之，命议罚河曹官。而是时，总河朱光祚方议开高堰三闸。淮、扬在朝者合疏言：“建义诸口未塞，民田尽沉水底。三闸一开，高、宝诸邑荡为湖海，而漕粮盐课皆害矣。高堰建闸始於万历二十三年，未几全塞。今高堰日坏，方当急议修筑，可轻言开浚乎？”帝是其言，事遂寝。又从御史吴振缨请，修宿、宁上下西北旧堤，以捍归仁。七年二月，建义决口工成，赐督漕尚书杨一鹏、总河尚书刘荣嗣银币。
八年九月，荣嗣得罪。初，荣嗣以骆马湖运道溃淤，创挽河之议，起宿迁至徐州，别凿新河，分黄水注其中，以通漕运。计工二百馀里，金钱五十万。而其所凿邳州上下，悉黄河故道，浚尺许，其下皆沙，挑掘成河，经宿沙落，河坎复平，如此者数四。迨引黄水入其中，波流迅急，沙随水下，率淤浅不可以舟。及漕舟将至，而骆马湖之溃决适平，舟人皆不愿由新河。荣嗣自往督之，欲绳以军法。有入者辄苦淤浅，弁卒多怨。巡漕御史倪於义劾其欺罔误工，南京给事中曹景参复重劾之，逮问，坐赃，父子皆瘐死。郎中胡琏分工独多，亦坐死。其后骆马湖复溃，舟行新河，无不思荣嗣功者。
当是时，河患日棘，而帝又重法惩下，李若星以修浚不力罢官，朱光祚以建义苏嘴决口逮系。六年之中，河臣三易。给事中王家彦尝切言之。光祚亦竟瘐死。
而继荣嗣者周鼎修泇利运颇有功，在事五年，竟坐漕舟阻浅，用故决河防例，遣戍烟瘴。给事中沈胤培、刑部侍郎惠世扬、总河侍郎张国维各疏请宽之，乃获宥免云。
十五年，流贼围开封久，守臣谋引黄河灌之。贼侦知，预为备。乘水涨，令其党决河灌城，民尽溺死。总河侍郎张国维方奉诏赴京，奏其状。山东巡抚王永吉上言：“黄河决汴城，直走睢阳，东南注鄢陵、鹿邑，必害亳、泗，侵祖陵，而邳、宿运河必涸。”帝令总河侍郎黄希宪急往捍御，希宪以身居济宁不能摄汴，请特设重臣督理。命工部侍郎周堪赓督修汴河。
十六年二月，堪赓上言：“河之决口有二：一为朱家寨，宽二里许，居河下流，水面宽而水势缓；一为马家口，宽一里馀，居河上流，水势猛，深不可测。两口相距三十里，至汴堤之外，合为一流，决一大口，直冲汴城以去，而河之故道则涸为平地。怒涛千顷，工力难施，必广浚旧渠，远数十里，分杀水势，然后畚锸可措。顾筑浚并举，需夫三万。河北荒旱，兖西兵火，竭力以供，不满万人，河南万死一生之馀，未审能应募否，是不得不借助於抚镇之兵也。”乃敕兵部速议，而令堪赓刻期兴工。至四月，塞朱家寨决口，修堤四百馀丈。马家口工未就，忽冲东岸，诸埽尽漂没。堪赓请停东岸而专事西岸。帝令急竣工。
六月，堪赓言：“马家决口百二十丈，两岸皆筑四之一，中间七十馀丈，水深流急，难以措手，请俟霜降后兴工。”已而言：“五月伏水大涨，故道沙滩壅涸者刷深数丈，河之大势尽归於东，运道已通，陵园无恙。”疏甫上，决口再溃。
帝趣鸠工，未奏绩而明亡。