嘉靖二年四月，始命兴献帝家庙亭祀，乐用八佾。初，礼官议庙制未决，监生何渊上书，请立世室于太庙东。礼部尚书汪俊等皆谓不可。帝谕奉先殿侧别立一室，以尽孝思。礼官集议言：“奉慈之建，礼臣据姜嫄特庙而言。至为本生父立庙大内，古所未有，惟汉哀为定陶共王建庙京师，不可为法。”詹事石珤等亦言不可。不听。葺奉慈殿后为观德殿以奉之。四年四月，渊已授光禄寺署丞，复上书请立世室，崇祀皇考于太庙，礼部尚书席书等议：“天子七庙，周文、武并有功德，故立文、武世室于三昭穆之上。献皇帝追称帝号，未为天子。渊妄为谀词，乞寝其奏。”帝令再议，书等言：“将置主于武宗上。则武宗君也，分不可僣。置武宗下，则献皇叔也，神终未安。”时廷臣于称考称伯，异同相半，至议祔庙，无一人以为可者。学士张璁、桂萼亦皆以为不可，书复密疏争之。帝不听，复令会议。乃准汉宣故事，于皇城内立一祢庙，如文华殿制。笾豆乐舞，一用天子礼。帝亲定其名曰世庙。五年七月，谕工部以观德殿窄隘，欲别建于奉天殿左。尚书赵璜谓不可，不听。乃建于奉先之东，曰崇先殿。十三年，命易承天家庙曰隆庆殿。十五年，以避渠道，迁世庙，更号曰献皇帝庙，遂改旧世庙曰景神殿，寝殿曰永孝殿。
十七年，以丰坊请，称宗以配明堂。礼官不敢违，集议者久之，言：“古者父子异昭穆，兄弟同世数。故殷有四君一世而同庙，宋太祖、太宗同居昭位。今皇考与孝宗当同一庙。”遂奉献皇帝祔太庙。二十二年，更新太庙，廷议睿宗、孝宗并居一庙，同为昭。帝责诸臣不竭忠任事，寝其议。已而左庶子江汝璧请迁皇考庙于穆庙首，以当将来世室，与成祖庙并峙。右赞善郭希颜又欲于太祖庙文世室外，止立四亲庙，而祧孝宗、武宗。以礼臣斥其妄而止。二十四年六月，新太庙成，遂奉睿宗于太庙之左第四，序跻武宗上，而罢特庙之祀。四十四年，以旧庙柱产芝，更号曰玉芝宫，定日供时享仪。穆宗初，因礼臣请，乃罢时享及节序、忌辰、有事奉告之祭，但进日供而已。隆庆元年，礼科王治请罢献皇祔庙，而专祀之世庙，章下所司。万历九年，礼科丁汝谦请仍专祭玉芝宫，复奉宣宗帝后冠服于太庙。帝责汝谦妄议，谪外任。天启元年，太常少卿李宗延奏祧庙宜议，言：“睿宗入庙，世宗无穷之孝思也，然以皇上视之，则远矣。俟光宗升祔时，或从旧祧，或从新议。盖在孝子固以恩事亲，而在仁人当以义率祖。”章下礼部，卒不能从。
亲王从飨
洪武三年，定以皇伯考寿春王、王夫人刘氏为一坛；皇兄南昌王、霍丘王、下蔡王、安丰王、霍丘王夫人翟氏、安丰王夫人赵氏为一坛；皇兄蒙城王、盱眙王、临淮王、临淮王夫人刘氏为一坛，后定夫人皆改称妃；皇侄宝应王、六安王、来安王、都梁王、英山王、山阳王、昭信王为一坛，凡一十九位。春夏于仁祖庙东庑，秋冬及岁除于德祖庙东庑，皇帝行初献礼，时献官诣神位分献。四年，进亲王于殿内东壁。九年，新太庙成，增祀蒙城王妃田氏、盱眙王妃唐氏。正德中，御史徐文华言：“族有成人而无后者，祭终兄弟之孙之身。诸王至今五六世矣，宜祧。”礼官议不可。嘉靖间，仍序列东庑。二十四年，新建太庙成，复进列东壁，罢分献。万历十四年，太常卿裴应章言：“诸王本从祖祔食。今四祖之庙已祧，而诸王无所于祔，宜罢享，而祔之祧庙。”礼部言：“祧以藏毁庙之主，为祖非为孙。礼有祧，不闻有配祧者。请仍遵初制，序列东庑为近礼。”报可。
功臣配飨
洪武二年，享太庙，以廖永安、俞通海、张得胜、桑世杰、耿再成、胡大海、赵德胜配。设青布帏六于太庙庭中，遣官分献。俟皇帝亚献将毕，行礼。每岁春秋享庙，则配食于仁祖庙之东庑。三年，定配享功臣常遇春以下凡八位。春夏于仁祖庙西庑，秋冬于德祖庙西庑，设位东向，遂罢帏次之设。更定三献礼，皇帝初献，时献官即分诣行礼，不拜。四年，太祖谓中书省臣：“太庙之祭，以功臣配列庑间。今既定太庙合祭礼，朕以祖宗具在，使功臣故旧殁者得少依神灵，以同享祀，不独朝廷宗庙盛典，亦以寓朕不忘功臣之心。”于是礼官议：“凡合祭时，为黄布幄殿，中祖考神位，旁设两壁，以享亲王及功臣，令大臣分献。”制可。已而命去布幄。九年，新太庙成，以徐达、常遇春、李文忠、邓愈、汤和、沐英、俞通海、张德胜、胡大海、赵得胜、耿再成、桑世杰十二位配于西庑，罢廖永安。建文时，礼部侍郎宋礼言：“功臣自有鸡笼山庙，请罢太庙配享。”帝以先帝所定，不从。且令候太庙享毕，别遣官即其庙祭之。洪熙元年，以张玉、朱能、姚广孝配享太庙。遣张辅、朱勇、王通及尚宝少卿姚继各祭其父。嘉靖九年，以廖道南言，罢姚广孝。十年，以刑部郎中李瑜议，进刘基，位次六王。十六年，以武定侯郭勋奏，进其祖英。初，二庙功臣，位各以爵，及进基位公侯上，至是复令礼官议合二庙功臣叙爵。于是列英于桑世杰上，张玉、朱能于沐英下，基于世杰下。二十四年，进诸配位于新太庙西壁，罢分献。万历十四年，太常卿裴应章言：“庙中列后在上，异姓之臣礼当别嫌。且至尊拜俯于下，诸臣之灵亦必不安。”命复改西庑，遣官分献。天启元年，太常少卿李宗延言：“前代文臣皆有从祀。我朝不宜独阙。”下礼部议，不行。
王国宗庙
洪武四年，礼部尚书陶凯等议定，王国宫垣内，左宗庙，右社稷。庙制，殿五间，寝殿如之，门三间。永乐八年，建秦愍王享堂，命视晋恭王制，加高一尺。
因定享堂七间，广十丈九尺五寸，高二丈九尺，深四丈三尺五寸。弘治十三年，宁王宸濠奏庙祀礼乐未有定式，乞颁赐遵守。礼部议：“洪武元年，学士宋濂等奏定诸王国祭祀礼乐，用清字，但有曲名，而无曲辞，请各王府稽考。于是靖江王长史具上乐章，且言四孟上旬及除夕五祭所用品物、俎豆、佾舞，礼节悉遵国初定制。”从之。嘉靖八年，秦王充翟言：“代懿王当祔庙，而自始封至今，已盈五庙之数，请定祧庙之制。”礼臣言：“亲王祧庙，古制未闻，宜推太庙祧祔之礼而降杀之。始封居中，百世不迁，以下四世，亲尽而祧。但诸侯无祧庙，祧主宜祔始祖之室，置椟藏之，每岁暮则出祧主合祭。”诏如议。
群臣家庙
明初未有定制，权仿朱子祠堂之制，奉高曾祖祢四世神主，以四仲之月祭之，加腊月忌日之祭与岁时俗节之荐。其庶人得奉祖父母、父母之祀，已著为令。至时享于寝之礼，略同品官祠堂之制。堂三间，两阶三级，中外为两门。堂设四龛，龛置一桌。高祖居西，以次而东，藏主椟中。两壁立柜，西藏遗书衣物，东藏祭器。旁亲无后者，以其班附。庶人无祠堂，以二代神主置居室中间，无椟。
洪武六年，定公侯以下家庙礼仪。凡公侯品官，别为祠屋三间于所居之东，以祀高曾祖考，并祔位。祠堂未备，奉主于中堂享祭。二品以上，羊一豕一，五品以上，羊一，以下豕一，皆分四体熟荐。不能具牲者，设馔以享。所用器皿，随官品第，称家有无。前二日，主祭者闻于上，免朝参。凡祭，择四仲吉日，或春、秋分，冬、夏至。前期一日，斋沐更衣，宿外舍。质明，主祭者及妇率预祭者诣祠堂。主祭者捧正祔神主椟，置于盘，令子弟捧至祭所。主祭开椟，捧各祖妣神主，以序奉安。子弟捧祔主，置东西壁。执事者进馔，读祝者一人，就赞礼，以子弟亲族为之。陈设神位讫，各就位，主祭在东，伯叔诸兄立于其前稍东，诸亲立于其后，主妇在西，母及诸母立于其前稍西，妇女立于后。赞拜，皆再拜。
主祭者诣香案前跪，三上香，献酒奠酒，执事酌酒于祔位前。读祝者跪读讫，赞拜，主祭者复位，与主妇皆再拜。再献终献并如之，惟不读祝。每献，执事者亦献于祔位。礼毕，再拜，焚祝并纸钱于中庭，安神主于椟。
成化十一年，祭酒周洪谟言：“臣庶祠堂神主，俱自西而东。古无神道尚右之说，惟我太祖庙制，合先王左昭右穆之义。宜令一品至九品，皆立一庙，以高卑广狭为杀。神主则高祖居左，曾祖居右，祖居次左，考居次右。”帝下礼臣参酌更定。嘉靖十五年，礼部尚书夏言言：“按三代有五庙、三庙、二庙、一庙之制者，以其有诸侯、卿、大夫上中下之爵也。后世官职既殊，无世封采邑，岂宜过泥于古。至宋儒程颐乃始约之而归于四世，自公卿以及士庶，莫不皆然。谓五服之制，皆至高祖，则祭亦当如之。今定官自三品以上立五庙，以下皆四庙。为五庙者，亦如唐制。五间九架，厦旁隔板为五室，中祔五世祖，旁四室，祔高曾祖祢。为四庙者，三间五架，中一室祔高曾，左右二室祔祖祢。若当祀始祖，则如朱熹所云，临祭时，作纸牌，祭讫焚之。其三品以上者，至世数穷尽，则以今之得立庙者为世世奉祀之祖，而不迁焉。四品以下，四世递迁而已。”从之。