（一）相州兵败，痛失兵权
唐军收复两京后，唐肃宗并没有及时组织大军追击叛军，而是忙于大封功臣，庆贺胜利。而退守相州（今河南安阳）的安庆绪便乘此机会，在河北诸郡招募新兵，并收集各地的散兵游勇。不久，安庆绪就重新聚集了六万多人的队伍，固守相州，以对抗唐军。直到乾元元年（758年）七月，唐肃宗才下诏令命郭子仪北征。驻守相州的安庆绪令部将安守忠南下抵抗，双方在黄河北岸展开激战，唐军几个回合就击溃了叛军，俘虏了安守忠等叛将，胜利返回洛阳。郭子仪奉诏回长安献俘虏，唐玄宗亲率文武百官列队相迎，诏封郭子仪为中书令。九月，唐肃宗令郭子仪、李光弼等九节度使统兵二十万，征讨安庆绪。唐肃宗认为李光弼的功劳和郭子仪相当，难以相互统属，所以此次出征并未设元帅，而是以宦官鱼朝恩为观军容宣慰使，负责节度诸军，鱼朝恩实际上就成了这支大军的最高统帅。
十月，郭子仪率兵渡过黄河，进至获嘉（今河南获嘉），击败安庆绪大将安太清，歼敌五千余人，然后继续进军围攻卫州（今河南汲县）。安庆绪倾巢出动，派兵七万分三路增援卫州。郭子仪严阵以待，将三千弓箭手埋伏在营垒之后，并命令士兵说：“我军退，贼兵必追我，你们即可登上营垒，万箭齐发。”然后自己率领部分军队与安庆绪交战，几个回合之后佯装败退。安庆绪不知是计，率兵追击，唐军金鼓齐鸣，箭如雨下，叛军死伤惨重，被迫撤退。郭子仪率兵乘胜追击，斩杀敌军四万余人，缴获铠甲数十万，活捉安庆绪之弟安庆和，收复卫州。而后郭子仪率军继续向相州进发，其他节度使也率所部赶到，将相州城团团围住。安庆绪龟缩在相州城内，走投无路，只得向史思明求救。
十一月，史思明率兵十三万南下，见唐军势力强大难以抗衡，便先派部将李归仁率步骑万人攻占了相州城北的滏阳（今河北磁县），与安庆绪遥相呼应，后又分兵三路南下，攻占了魏州（今河北大名）。史思明在魏州以逸待劳，按兵不动以待时机。乾元二年（759年）二月，郭子仪为了将叛军一网打尽，令士兵挖通相州城墙，引漳河水灌城，相州城顿时变成了一片汪洋。虽然城中叛军粮食奇缺，但安庆绪仍坚守了四个月等待史思明的救援。相州城内，粮食吃尽了，人们就挖野菜，削树皮充饥，后来连一只老鼠都能卖到四千文的天价。本来攻陷相州城已是朝夕之事，但是由于唐军没有统一的号令，诸军各自为战，宦官鱼朝恩又根本不懂军事，围城日久而不见成效，军心早已懈怠。史思明见有机可乘，率兵逼近相州城，令诸将在距相州城五十里的四周扎营，每个军营还配备几百面大鼓，日夜擂击，震慑唐军；而且还让每营选派精锐骑兵，每天轮番骚扰唐军。在叛军的骚扰下，唐军日夜防范，疲于奔命，士气愈加低落。史思明还派人乔装唐军，截击唐军粮车，焚烧了唐军粮饷，致使唐军粮食奇缺，军心浮动。在准确地掌握了唐军的士气后，养精蓄锐的史思明突然率精兵同唐军展开激战。两军正交战时，忽然狂风呼啸，咫尺之间看不清东南西北。双方都阵营大乱，唐军向南溃退，叛军向北奔逃，辎械丢得漫山遍野，郭子仪只得收集残余部队，带领朔方军退守洛阳。史思明集结兵马进入相州城，诱杀了安庆绪，收编了他的军队，留下其子史朝义驻守相州，自率大军返回范阳。
这次战斗，唐军由于缺乏统一指挥，损失惨重，各路王师只得撤回本镇。本次战斗失利，应问罪鱼朝恩，但不明是非的肃宗，不但不斥责鱼朝恩，反而给他封官加爵，更加器重他。鱼朝恩由于得到皇帝的宠爱，越发盛气凌人。他一向嫉妒郭子仪，怕他功高位重，对自己不利，因此常在肃宗面前诽谤郭子仪。为了陷害郭子仪，鱼朝恩硬把相州一战失利的责任推在郭子仪身上。糊涂的昏君，信以为真，竟然夺了郭子仪的兵权，召他回朝，让李光弼代替他指挥朔方军。
郭子仪接到皇帝的命令，连夜返京。由于郭子仪平时对待士兵宽厚仁爱，从不打骂、训斥士兵，因此将士们听说郭子仪要离开他们，都跑来挽留。有的哭哭啼啼，依依不舍；有的要跟他一同去长安。郭子仪也不忍和将士们分离，但又不敢违抗皇帝的命令，他宽慰将士们说：“我是去送京城派遣来的使臣，哪里是离开你们，你们要服从命令。”说罢怅然离去。
（二）重掌帅印终平叛贼
史思明听说郭子仪被夺去兵权后，心中大喜，立即率大军南下，攻占了汴州（今河南开封）、郑州等地，乾元二年（759年）五月带领大军向洛阳进犯。软弱的唐朝廷十分恐惧，无计可施。驻守洛阳的李光弼接连吃了几次败仗，被迫再次放弃洛阳，退守河阳，而洛阳则又重归史思明手中。上元元年（760年）正月，在家闲居年余的郭子仪被起用，任命为邠宁（今陕西彬县）、鄜县（今陕西富县）节度使。鱼朝恩又进谗言不让郭子仪赴任，肃宗便让郭子仪留在长安，成为名义上的两镇节度使。这时朝廷上下议论纷纷，都说：“郭子仪为朝廷立过多次战功，又善于用兵，为什么放着良将不用，让叛军逞凶呢？”肃宗醒悟过来，九月又任命郭子仪为诸道兵马都统，率诸道军七万人出朔方直攻范阳。但诏令刚下达，就被鱼朝恩给拦下了。平日里鱼朝恩就把郭子仪看成眼中钉，常想设计陷害他，因此更害怕郭子仪功劳太大对自己不利，于是这一诏令就又被废止了。
史思明在占据洛阳不久，就被自己的儿子史朝义杀死了。上元二年（761年），李光弼邙山战败，河阳失守，京城长安再一次面临叛军的威胁。伴随着洛阳、河阳的失陷，河东（今山西太原）一带的驻军也骚动起来，太原、绛州（今山西新绛）两地驻军擅杀主帅，朝廷怕他们和叛军连成一气，深以为忧。无奈之下，肃宗不得不再次起用已经年满六十六岁的郭子仪前去平定叛乱，并晋封郭子仪为汾阳郡王。上元三年（762年）三月，郭子仪辞朝赴镇，重病中的肃宗在病榻之上对郭子仪说：“河东的事情，全都委托给卿了。”郭子仪呜咽流涕而出。来到绛州，郭子仪按军法杀掉了王元振等数十人，平息了兵乱，从此河东诸镇将帅皆遵奉国法。功勋卓著的郭子仪带兵接连打了几个胜仗，使低落的唐军士气得到了鼓舞。
在郭子仪被重新起用不久，肃宗驾崩。公元762年四月，代宗李豫（即李俶）即位。宦官程元振自恃拥立代宗有功，飞扬跋扈，干涉朝政，嫉恨功臣名将，更是把郭子仪视为眼中钉、肉中刺，不断地进谗、挑拨，郭子仪再次被解除兵权，担任“山陵使”，负责修建唐肃宗的陵墓。郭子仪深知皇帝受程元振的控制，误了国家大事，为了向朝廷表示自己的忠心，以防再遭程元振诬陷迫害，就将过去肃宗颁发的多篇诏书和代宗为太子时所赐予的千余件赦书交给代宗审阅，并向代宗上书说：“我的功德像蝉翼一样薄，命比鸿毛还轻。我为唐朝的强大披星戴月，南征北战。东西十年，前后百战。天寒剑折，溅血粘衣。野宿魂惊，饮冰伤骨。跋涉难阻，出没死生。请陛下相信我对唐朝的忠心。陛下要亲近贤人，远离奸臣。不然，唐朝就危险了。”代宗看到书信，回想起当年同郭子仪并肩作战，一起收复两京的往事，不禁潸然泪下，终于为这位功勋卓著的老将所遭受的不公所悔悟，于是亲拟诏书给郭子仪道：朕不德不明，让大臣心中忧虑，这是朕的过错，朕甚感惭愧。从今以后，爱卿不要再有什么疑虑了。”
叛军方面，虽然安庆绪、史思明已死，但史朝义还盘踞在洛阳，对唐王朝构成了不小的威胁。代宗即位后，立即任命雍王李适（即后来的德宗）为统兵元帅，郭子仪为副帅，让他们出兵讨伐史朝义。但由于鱼朝恩、程元振的交相诽谤离间，代宗又一次取消了对郭子仪的任命，而改命朔方节度使仆固怀恩担任雍王的副手。雍王李适认为单靠唐军的力量无法消灭叛军，便向回纥借来十万大军，攻打洛阳。史朝义败走莫州（今河北任丘北）。史朝义的部下田承嗣、李怀仙等见大势已去，遂率部下向官军投降。史朝义众叛亲离，走投无路，自杀身亡。至此，这场前后延续近八年的“安史之乱”才算完全平定。“安史之乱”给人民带来了极大的痛苦，造成了成百上千的人流离失所，社会生产遭到严重破坏。唐朝廷经过这次战争，国力也逐渐由盛转衰。
（三）计退吐蕃劝君归京
郭子仪虽然屡遭诬陷，被迫赋闲在家，但他却时刻关注着国家的安危。安史之乱以来，西北边境的驻军大多被调到北方去讨伐叛军，造成了西北边境的防务十分空虚，青藏高原的吐蕃势力趁机向内地扩张，屡屡袭击唐朝边境。郭子仪多次上书，指出：“吐蕃、党项不可忽视，宜早为之备。”但是，朝廷却一直置若罔闻，不予采纳。
上元三年（762年），吐蕃大肆攻唐，占领了陕西凤翔以西、邠州以北的十几个州县。边疆官员的告急公文纷纷送来，但上报朝廷的军情文书都被程元振扣压。广德元年（763年）十月，吐蕃兵又占领了奉天（今陕西乾县），武功（今陕西武功），直接威胁京城长安，朝廷这才获悉情况。代宗皇帝大为震怒，急命郭子仪为关内副元帅，出兵咸阳，保卫京师长安。但是，由于郭子仪长期赋闲在家，其部属大都离散，此次受命赴任，手下无兵无将，只有随行的二十余人。当他们抵达咸阳时，吐蕃军的二十万人马，遍布原野，已经绕开咸阳，渡过渭水，进逼长安。郭子仪急忙派人回京奏报，请求火速派兵增援，但又遭到程元振的阻拦，消息无法传达给皇帝。吐蕃军越过便桥（长安与咸阳之间的渭水桥），直抵长安。警报传来，代宗不知所措，东逃陕州，京城禁军也一哄而散，长安城陷入一片混乱之中。郭子仪获悉皇帝离京，忙由咸阳返回长安，人还未到京城，就遇到射生将王献忠带领五百骑兵，挟持着几个亲王准备去投降吐蕃。王献忠见到郭子仪，便怂恿道：“现在皇上东逃，朝中无主。您身为兵马元帅，废立皇帝之事全在您一句话。”郭子仪将他训斥一顿，并命令他立即率兵去护驾。王献忠对郭子仪一向敬重，马上遵命带兵去追代宗。十月九日，吐蕃大军进入长安，大肆洗劫府库街市，焚烧房屋，长安城被洗劫一空。
长安失守后，郭子仪虽然只有几千兵力，但仍坚守在长安城外，阻挡吐蕃大军的乘势东进。为了壮大军事力量，郭子仪派人四处招抚溃逃的唐兵。逃兵听说郭子仪来招，喜不自胜，几天时间就招集到四千多人马，军势才逐渐兴盛起来。他激励将士要振奋斗志，收复京城。讲话时郭子仪声泪俱下，令众将士深受感动，一致表示，愿听从他的指挥，拼死为国效力。虽然各地支援郭子仪的兵马也先后到达，但和吐蕃相比，仍然兵力悬殊。郭子仪分析了敌强我弱，敌众我寡的形势后，认为只能智取，不可强攻，决定采取声东击西、虚张声势之计。他先派部将段秀实去劝说邠宁（今陕西彬县）节度使白孝德，请他出兵助战；再派羽林军大将军长孙全绪带领二百轻骑，到蓝田城北面，白天擂鼓呐喊，夜晚燃起火把，牵制吐蕃兵力；又派光禄卿殷仲卿率骑兵渡过浐水，在长安城外巡游示威。
吐蕃军见北面和东面的唐军云集而至，不明其中虚实，军心开始浮动。而郭子仪又派人传话给长安城内民众，让他们哄骗吐蕃兵说：“郭令公已率大军从商州赶来，兵马多得不计其数。”吐蕃兵信以为真，开始逐渐从长安撤军。禁军将领王甫奉命潜入长安城内，暗中招集了几百名侠义青年，乘夜在大街上击鼓高喊：“唐朝大军进城了，快快投降吧！”吐蕃兵不知虚实，大为震惊，连夜撤出了长安，弃城西逃。郭子仪率领唐军不战而胜，顺利收复了长安。
此次吐蕃入侵，京城失陷，天下人都将责任归罪于乱政的宦官程元振，谏官也多次参奏他，程元振非常害怕。这次郭子仪又收复了长安，立下大功，威信越来越高。程元振深怕代宗重用郭子仪，所以极力劝代宗在洛阳建都，以达到继续控制朝政的目的。为了国家的利益和朝廷的安稳，郭子仪上书给代宗皇帝：“长安地势险要，前有终南山、华山做屏障，后有泾、渭二水护卫，右连陇蜀（今甘肃、四川地区），左接崤、函（崤山、函谷关），进可攻，退可守。秦汉两朝占领长安称帝，隋炀帝因弃长安而亡。高祖先入关而后定天下，太宗以后鲜有定都洛阳。平定安史之乱，既是天意，也得益于长安得天独厚的地势条件。至于此次吐蕃入侵，乃是人祸所致。长安经过几朝的建设，宫殿华丽，市场繁荣，经济发达。再看洛阳，经过几场战火，满目疮痍，宫殿多被烧毁，又地处中原，无险可据，宜攻不宜守，请陛下慎重考虑。”
代宗看完奏章，禁不住热泪盈眶，对左右文武百官说：“郭子仪尽心于国家，真正是社稷之臣。朕要早日返回京师。”
广德二年（764年）十一月，代宗从陕州返回长安，郭子仪伏地请罪，皇帝将车停下来安慰他说：“朕没有及早用卿，所以才到这种地步……”随后，代宗赐给郭子仪铁券（免死牌），并下令在凌烟阁为其画像，以表彰他挽救社稷的特殊功勋。